明朝灭亡后锦衣卫的结局是怎么样的，锦衣卫是一群作风彪悍的人。他们出现的地方，就会掀起一片腥风血雨这并非夸张之语。洪武四大案之中的两个，胡惟庸案和蓝玉案，就是由锦衣卫直接策划并办理的。两个案件前后株连蔓引了4万多人。那可是4万多条活生生的生命啊。
锦衣卫的权力极大，从理论上说，他们除了皇帝本人不敢惹外，有权捉拿任何人：不管你是皇亲国戚、王公贵族，还是统兵大将。所以，再狠的角色，见了他们都只有躲得远远的份。
在电影《绣春刀2》里有这样一幕，锦衣卫三兄弟奉命追杀魏忠贤党羽许显纯时，竟然将两个值夜的五城兵马司校尉吓得抱头鼠窜。平日里，五城兵马司校尉也是横着走的主儿。他们见了锦衣卫都怕得要命，遑论其他人？
除了朱元璋曾经短暂取消过锦衣卫，明朝近300年都有锦衣卫活跃的身影。可以说，锦衣卫真正做到了与明朝同呼吸共命运。那么，1644年，当明朝灭亡时，曾经威风凛凛的锦衣卫去了哪里？
指挥使骆养性投降了清廷
锦衣卫的首领叫指挥使，属于正三品。在朝廷中仅低于正二品的六部尚书。较后一任锦衣卫指挥使叫骆养性，骆养性官至正二品的左都督，就与六部尚书平起平坐了。
骆养性在崇祯朝作出的较大贡献是弹劾出京督师的内阁首辅周延儒谎报大捷，将这位三朝元老扳倒。1644年3月，李自成大军攻陷北京。骆养性被农民军抓获，被追出赃银3万两。后来，多尔衮率领清军赶走李自成，进入北京，骆养性向清廷投降。多尔衮随即任命骆养性为天津总督。
在天津总督任上，骆养性为天津老百姓办了一件大实事。他向清廷请求赦免明朝末年加派的各种税赋钱粮，只征收正额及火耗。多尔衮回复：著严行禁革，如违禁加耗，即以犯赃论！后来，骆养性因擅自迎接南明弘光帝使臣左懋第，遭到革职处理。不过，清廷表示安抚之意，给他加了太子太傅、左都督的虚职。
指挥同知李若琏自裁殉国
锦衣卫的副职首领叫指挥同知，一般设置两人，属于从三品。李若琏是崇祯元年（1628年）的武进士，进入锦衣卫后任职指挥同知。李若琏是锦衣卫里的一个异数。为啥呢？长安士民畏厂卫如虎，见公执公秉正，颂声载道。
李若琏曾经奉旨承办袁崇焕案，审讯一名被怀疑是袁崇焕奸细的木工。李若琏觉得大有蹊跷。因为以袁崇焕的权势，就算有二心，也不用找一个木匠做奸细呀？于是反复审讯，木匠才说出实情，捕营苦刑，叫如此说，不然驳回，当时夹死。我是山西人，在京作木匠，何曾到辽东？
李若琏查实木匠的冤情，据实上报。可崇祯帝不信，命锦衣卫刘侨再审。刘侨审讯回来，汇报木匠的确是袁崇焕奸细。崇祯帝信以为真，将袁崇焕凌迟处死。李若琏因失出降二级。但他不以为然，笑着说：吾不以人命博一官也。
1644年，李自成大军猛攻北京，李若琏坚守崇文门，最终自裁殉国。死前留下绝命词：死矣！即为今日事；悲哉！何必后人知。
锦衣卫机构被清廷收编
除了骆养性和李若琏，其余锦衣卫人员怎么样了？有的跟骆养性一样投降清廷。如堂上指挥王鹏翀、乔可用，都投降了清廷，并在清廷任职。有的被李自成军追赃打死。如西司房提督孙光，西司房堂上指挥刘应袭、马国瑊、齐昌国，北镇抚司理刑指挥梁清宏，东厂掌印指挥使赵泗洲等，在李自成军追赃行动中被拷打至死。
有的逃走，如北镇抚司掌刑指挥吴邦辅，在北京城破后逃往南京。有的拱卫南明小朝廷，如广东都指挥使马吉翔。他先后拥立隆武帝、永历帝，成为锦衣卫指挥使。1657年转职为大学士，后来更是晋升为内阁首辅。马吉翔由此创造了一项纪录：他是大明300年唯一以锦衣卫身份成为内阁首辅的大臣。
清廷入关后，收编了锦衣卫，锦衣卫的官名等一律沿用，只是取消了侦缉、监狱的职能，变成了皇帝的仪仗队。一年后，清廷将锦衣卫改名为銮仪卫。从此，在明朝存在了近300年的锦衣卫从历史长河里永远消失了。
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