据史书记载，嘉祐七年五月，包拯在枢密院视事时，突然得病，在坚持了十三天之后，包拯病逝。包拯死后，宋仁宗亲临吊唁，并为其辍朝一日。
史书上关于包拯的记载只有寥寥数笔，但在1973年出土的包拯墓中的墓志铭上却有着更为详细的记载：“上遣使赐良药，辛未，遂以不起闻”，近臣生病，皇帝赏赐良药并没有什么不对，但奇怪点在于，包拯服用宋仁宗的药之后，不仅没有起到作用，反而没过多久就去世了。
而自古以来关于包拯的死，就流传着“皇帝毒杀”这种说法，包拯墓志铭的出土虽然更加证实了这一点。但这也仅仅只是一种猜测，直到包拯墓的进一步发掘。
1973年合肥钢铁二厂扩建，包拯家族墓群正好位于这附近，于是考古学者对包拯墓进行了抢救性发掘，尤其是包拯的墓志铭，洋洋洒洒三千字，从生平事迹到死后由河南运回合肥的过程都有详细记载。
随着包拯尸骨的进一步出土，在专家检测之后，发现包拯的尸骨钙、铁、汞、砷和铅元素比现代人骨中的含量高，尤其是砷和汞元素含量最大，而在古代汞和砷元素只出现在朱砂和砒霜当中，包拯的死应该是属于慢性中毒，这也应和了宋仁宗赐药，包拯服用后，越加严重，并坚持十三天后离世的记载。
那么为何宋仁宗要毒杀包拯呢，这还要从宋仁宗皇位传承说起，宋仁宗三个儿子全部早夭，等到晚年时仁宗将濮王的十三子收为养子，准备培养他成为皇位继承人。但这件事却遭到了包拯的强烈反对，包拯遵循古朴正统，你仁宗无子这是天意，上天让你将皇位还给赵匡胤一脉。包拯的这种想法无疑触动到了宋仁宗的底线，而包拯在朝堂中颇有威望，为了防止自己死后皇位继承出现问题，便有了毒杀一事。
而这也解释了，为何在包拯墓碑出土之前，正史上对于包拯的死没有过多记载。
