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甲申巨变。大明覆灭。
李自成攻陷京师时，一度拥兵百万，但是军队结构混乱：一、农民军虽多，但都没有经过严格的军事训练，多为乌合之众。二、明朝降军，这是迫于形式而降的，虽有战斗力，但基本上都是骑墙观望。
与此同时，李自成在军事部署上，严重缺乏战略眼光。
一、李自成推翻了明朝，并没有意识到辽东满洲军事势力将是同自己争夺天下的主要对手，没有及时调整战略部署，组织有效兵力迎战清军。对于他的轻视，后来有人说他在围攻京师时，胜券在握，竟然向崇祯帝索要一百万军饷，如果同意，他愿意助明剿灭关外清军。
二、李自成在包括京师在内的占领区，强制推行追赃助饷政策，放纵将士四处劫掠，导致被迫投诚的前明官员和地主士大夫阶层，以及底层百姓出现了严重的抵触、反感甚至仇视情绪。进城后的大顺政权，出现了内部分裂情势。李自成有心做一个好皇帝，却遭到了私设刑堂、疯狂劫掠的部将刘宗敏、李过等地强烈抵制。当李自成责问诸将“何不助孤作好皇帝”时，得到的回答是：“皇帝之权归汝，拷掠之威归我，无烦言也。”（《甲申传信录》）而以牛金星为首的文官集团，一边组织登基演练，一边利用选官拉帮结派，最后导致内讧不断，激化李自成在败逃途中擅杀有能力的大将李岩，逼走大军师宋金星，刘宗敏愤怒分兵出走。
三、李自成认为他的福地在西安，而非京师，故把大批主力部队分布在西北、湖广、河南等地，并分散在山西、畿辅、山东等地，没有及时调集有效主力，所率东征迎击吴三桂与多尔衮的联军，而不足以抵御对手。
四、占领紫禁城的李自成，暴露出麻痹轻敌思想，对京师山海关一线并没有派出嫡系部队镇守，而是仍命前明降将率旧部接手辽东防务，如对投降不久的密云唐通、辽东巡抚黎玉田委以重任，并对拥兵自重扼守山海关的吴三桂招降却暗行迫害全家的手段，对于他们骑墙观望、迎风而倒并没有设防。
李自成既想招降吴三桂，送去了四万两银子劳军，却又没及时制止刘宗敏拷掠吴父、霸占陈圆圆，导致吴三桂虚与委蛇，暗通清军，最后屈膝降清，联合清军在一片石战役中将仓皇东征的李自成击败。
结果，李自成败归紫禁城，仓皇演了一次登基大典后，第二天一早仓皇西逃。
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当时，清摄政王多尔衮准备逐鹿中原的各旗旗兵和壮丁，不过12万人，另加上蒙古2.4万人、汉军3.3万人，总共近18万人。
多尔衮自知实力不济，故在1644年正月，特遣使者借道蒙古前往陕西，希望与刚建大顺政权不久的永昌王李自成联合攻明：“欲与诸公协谋同力，并取中原。倘混一区宇，富贵共之。”（《明清史料》丙编第一册《清帝致西据明地诸帅书稿》）
不巧，李自成已率五十多万大军东征，没有给多尔衮任何回复。多尔衮与李自成的相逢，则是在李自成攻陷京师，率军东征吴三桂时。多尔衮迫降吴三桂，联合击败李自成，于是一路追击，迫使李自成让出北京城，仓皇而逃。
多尔衮进入了紫禁城，接受了大学士范文程及洪承畴、宋权等前明降臣的建议，打住联明剿闯的旗号稳住还很强大的南明军队。于是，多尔衮打出了“吊民伐罪”“为崇祯帝复仇”的旗号，契合了南明弘光政权君臣“借虏平寇”的心理和政策。
弘光政权派出左懋第使团北上议和的时候，清廷决定派英亲王阿济格等率军进攻陕北，追逃李自成的大顺军，同时命豫亲王多铎等率另一支大军南下进攻南明。清兵分兵作战，大顺军在河南怀庆反击，多尔衮急调多铎大军暂停南下，进军怀庆，攻陷大顺军的陕西门户潼关，继而占领西安，迫使大顺军退入河南、湖北。顺治二年五月初，李自成遭隶属南明的地主武装突袭，牺牲于湖北九宫山。
此后，大顺军分崩离析，虽然主力部队随李锦、高一功投效南明隆武政权，打出了“联明抗清”的旗号，但也遭到何腾蛟等南明权臣的排挤。此时，多铎大军早已南下，在内奸陈洪范的配合下，攻陷南京，先后俘杀弘光帝和史可法。
南明集结了百万大军，各自为政，争权夺利，内讧不断，即便张献忠的养子李定国、刘文秀等投靠南明永历政权后，在两广地区打了不少胜仗，创造了两蹶名王的佳绩，但内部矛盾加剧，大将具奏降清的事件不断，最后使得如丧家狗的南明君臣，被满洲大将和吴三桂、尚可喜、耿继茂诸前明降将的合力剿灭。
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清军之所以能逐步强大，成为最后的胜利者，其内部合力对外是一个原因，另外有前明降官的自亏投效的原因。而南明军、李自成和张献忠势同水火、内部倾轧、争权夺利、临阵倒戈，干了不少自我削弱以资敌的蠢事。
而作为清廷的实际统治者，天纵英才的多尔衮，无疑是这个时代伟大的领导者，其能力绝非吴三桂、李自成、张献忠之辈及自视清高的南明君臣们所能及。
当大明崇祯十七年（大清顺治元年，大顺永昌元年）四月，多尔衮、吴三桂和李自成争霸斗智一戏，足以看出多尔衮的杰出。
大顺政权的永昌皇帝李自成已攻占了北京，大清国摄政睿亲王多尔衮陈兵关外意图入关，而驻守山海关的前明宁远总兵、平西伯吴三桂，李自成与多尔衮，都在拉拢吴三桂，前者派人送去了四万两银子和封侯的承诺，后则则是要对其裂地封王、世袭罔替。
吴三桂却打着自己的算盘，两面和谈。他既想接受李自成的招降，毕竟他的家人都在李自成的手中，同时他有不想当汉奸的顾忌，但他想与李自成以黄河为界，分治关内。对于多尔衮，他想得最多的还是借兵复国，报君父之仇，同时考虑画地分治。
斗智就是博弈，理由则是借口。
李自成本来有机会招降吴三桂，吴三桂也想臣服李自成。但是，李自成的大将刘宗敏，改变了僵局：他掳占了吴三桂的爱妾陈圆圆，并对吴襄进行数以十万计的拷掠助饷，还将吴襄及家人进行拘押。
消息走漏，吴三桂怒斩李自成招降的使者，打出了复仇的旗号，激怒李自成统兵东征，要进行武力征服。
吴三桂一面组织迎战，一面向清求援。当吴三桂与李自成在山海关展开大战，多尔衮却在一旁做壁上观。吴三桂不敌李自成，只好向多尔衮臣服。多尔衮当即派兵攻击李自成的左翼。李自成战败，一路向西溃败，回京后仓皇而逃。
吴三桂成为了清朝的平西王，而多尔衮成为了最大的赢家。多尔衮并不相信吴三桂，曾在顺治二年，李自成兵败身亡后，命吴三桂赴镇锦州，五年四月才迫于南明抗清势力高涨，重新起用吴三桂，出镇关中，同时留其长子吴应熊为质子。
