西元1259年，蒙古蒙哥汗驾崩。和南宋皇帝驾崩后，南宋朝廷可以通过各种成熟的规矩来很快确立继承人不同，蒙古的大汗驾崩后，蒙古朝廷需要召集王爷贵族们开会来推举出一个新的大汗出来。按照蒙古诸王的主张，新的大汗应该是阿里不哥。忽必烈也很清楚蒙古诸王的主张，所以压根不参与大会推举，而是宣布在汉地自立为大汗。随后不久，阿里不哥也宣布登基为蒙古大汗。一时间，蒙古出现了两个大汗并存的局面。而内战也随之爆发。
经过一番内战，忽必烈最终打败了阿里不哥。那么，为什么在蒙古贵族眼里被视为正统的阿里不哥，会被忽必烈打败？
1、暗流涌动
其实早在蒙哥汗时代，蒙古汗国的高层们就有了各自的盘算。大致归纳起来，由于自己掌握的资源不同，所以这些蒙古贵族们的想法也就不同。有的蒙古贵族认为应该坚守蒙古传统，维持之前的格局。这部分贵族一般都是留守在蒙古本土的贵族，希望能维持蒙古本土汲取各大占领区的财富，来维持自己的富贵生活。
有的蒙古贵族主张各自占领一方。比如在东欧、西亚占领一方的蒙古贵族，渴望能够有机会切断和蒙古本土的联系，这样自己的地盘自己当老大，自己享受荣华富贵。
此外就是主张采取中原治理模式的派别。忽必烈就属于这一派别的代表。
蒙哥汗去世后，蒙古贵族们的矛盾也随之显露出来。于是有了阿里不哥和忽必烈的冲突。
2、阿里不哥的溃败
阿里不哥得到了蒙古贵族们的支持：阿里不哥主张维持蒙古传统，而主张各自割据一方的蒙古王爷们对阿里不哥主体上也表示支持。所以从形势上来看，忽必烈无疑是非常不受支持的。
而且忽必烈的势力也只是局限于原先金国故地的一部分区域。因此忽必烈和阿里不哥PK，大范围来看，是非常不利的。
但是即便如此，忽必烈还是坚持自立为大汗，还和阿里不哥爆发了战争。而阿里不哥本来占据优势，但是随着战争的爆发，阿里不哥的短板也逐渐显现出来。
首先是军事方面。忽必烈常年跟着蒙哥汗在外打仗，这客观上锻炼了忽必烈的军事能力。反倒是阿里不哥在军事方面的历练较少。所以在双方开打初期，忽必烈就在军事上多次打败阿里不哥的军队，还占领不少阿里不哥的地盘。其实当时倘若阿里不哥具备战略眼光，单就利用自己手里的资源以及地理优势，就可以压制住忽必烈。
其次是经济方面。蒙古本土物产贫瘠（不穷的话也不至于有胡人热衷南下），所以财富需要汉地和中亚、西亚等地的输入。随着忽必烈和阿里不哥开打，阿里不哥的物产补给只能依靠西域、中亚、西亚方面的输出。而阿里不哥也没能处理好和这些区域的领主关系，所以随着战争深入，阿里不哥和这些领主的关系逐渐恶化，导致失去了补给支持。最终导致自己溃败——毕竟，军事上的溃败还可以靠经济优势来维持，而一旦经济崩溃，那军事优势也将不复存在。
第三就是管理方面。阿里不哥没能处理好自己团队成员内部的矛盾。所以和忽必烈交战期间，阿里不哥的团队也内耗不断。这也在很大程度上限制了阿里不哥一方的实力发挥。
而随着忽必烈战胜阿里不哥，蒙古汗国事实上也开始解体：西亚、东欧等地的蒙古王爷们，也都开始各自为政。忽必烈成为了只能号令中原和蒙古高原的蒙古大汗。
