一、问题提的不准确。万历皇帝三十年不上朝。但是万历皇帝没有三十年不理政。
二、首先要了解明朝的制度设计。明朝实行以内阁为核心的文官治国制度。
1.明朝内阁对最终决策权的影响还是很大的（虽然没有监督六部执行决议的权力，所以内阁只有决策权，没有行政权，行政权在六部各寺）。
内阁的票拟是最终决策的篮本，朱批也一般不会完全跳出票拟。当然皇帝可以责令内阁改票甚至退票重拟，但内阁也可以封还皇帝的内出中旨（杨廷和，就多次封还皇帝的中旨），除了内阁，六科给事中也是具有封驳权，也可以封驳皇帝的诏旨。
明朝文官治国标志内阁制是当时世界上最为先进的政治制度。通过明朝几代皇帝的努力，明朝曾经形成了一套完整的内阁政务体系，它在权力平衡方面堪称完善。
明朝中后期的皇帝尤其是万历皇帝皇帝被历史学家称之为怠政慵懒的皇帝。但是正是因为有了内阁制这一有效的体制使得国家的政治经济生活得以以一种较为安定的模式运行下去。皇帝怠政，首辅几乎掌握了国家的大权，仅仅在这一点看来，这和现代的君主立宪制的首相领导下的内阁制有很大的可比性。
明朝文官集团部分限制了君权，使得国策制定实行存在部分民主科学性。明代朝廷如果有大事，各部不能单独决定，而是由所有部门在皇帝面前公决，这叫做廷议。
廷议这种制度虽然决策采纳权完全在皇帝手中，但是这种讨论的方式有利于决策的科学性。在皇帝怠政的时段，内阁和拥有披红权的内监掌握实权。
三、综合分析。
1.万历皇帝只是不上朝，缺少了廷议这个环节。
2.大事决策操作流程。（1）内阁针对事件票拟决议。（2）票拟决议交掌印太监，掌印太监读与皇帝听。（3）皇帝出台最终决议，由掌印太监抄写或直接盖皇帝印玺。（4）由太监带圣旨给相关人部门宣读执行。
在这一流程中皇帝不能直接草拟圣旨，圣旨必须出自内阁。内阁对皇帝圣旨有封驳权。
3.万历虽然没有早朝。但不等于不见大臣。重大事情通过内阁合议和太监传达。重大事件决策权一直属于万历。
4.万历通过人事任免奖惩等权术控制朝臣。利用党争，利用文臣与太监这些矛盾达到平衡控制时局。
5.利用明朝东厂锦衣卫等特务机构加强对朝臣控制。
明朝皇帝没那么坏，是满清政府黑的太厉害。
