在明清易代之际，南明政权可谓是一个极为特殊的存在。它延承了明代的正统，也曾经奋力的想要抵抗清军的入侵，但是令人遗憾的是，它的反抗并没有成功的抵御满清的入侵，最后只能在三十九年后黯然退出历史舞台。
平心而论，南明并不是想通常人们想象的那般弱小，相反不论是经济实力还是军事实力，南明都有着不俗的实力。即使是无法将满清驱逐出关内，想要守住江南一带，像南宋一样偏安一隅也并不是一件难事。无论是前期金声桓反正，李成栋反正，姜襄反正，还是后期李定国两蹶名王，郑成功反攻南京，都让满清的统治岌岌可危。但是历史就是这样充满了戏剧性，即使是拥有过如此多的机会，南明却依旧因为遗传自明朝的痼疾而导致功败垂成。
南明的败亡除开自身在政治，军事上的低能，其实与朱元璋在开国时期的政策密不可分。朱元璋在开国时设计明朝的制度时，就为明朝留下了重大缺陷，其中经济就是最为致命的问题。
在财政收入上，朱元璋认为将地方的税收统一收归中央，再由中央分配资源，是一件极其浪费的事情。所以在创立财政制度时，朱元璋让地方可以截取维持地方开支后，剩下的部分再上交国家。这样造成的结果是地方上财政差距进一步拉大，南方尚好，而北方某些地方甚至连本身运行的资金都缺乏。同时中央对于整个国家的经济控制力大大减弱，缺乏足够经济支持的中央，在面对超大型工程时，常常后继乏力。
现在我们在读明清史的时候，常常都有一个疑问，明朝中央财政通常只有四五百万两，即使是张居正改革后的巅峰时期也不过千万两，而清朝在康熙初年财政收入就达到了3800万两，到了1908年，清朝的财政收入达到了中国历史最高的3亿两白银。这近百倍的财政差距并不是因为清朝国力远胜于明代，而是由于明朝国家财政现状决定的。明朝税中包括大量的粮食，布匹一类的实物，实际价值也是超过三千万两白银，而白银只有小部分的占比。
而地方截留开支，自然也是截留价值稳定的白银，最终送到中央的大量实物税又被各级官员上下其手，高卖低买，真正中央获得的不过是真实价值的十之二三。这样的后果就是明朝税收去掉必要的俸禄开支后几乎分文不剩，甚至常年拖欠俸禄，以至于有明一代不止一次出现闹响的问题。
本身明朝财政已经如此糟糕，而朱元璋还给明朝财政添上了一个巨大包袱——宗藩。朱元璋自身出身贫苦，自然不愿意自己的后代也是如此，他规定自己的子孙后代”不授职任事“，并按照血缘的亲疏设立了从奉国中尉到亲王的逐级爵位，以爵位高低发放俸禄。这一制度在朱元璋时期并无大的问题，毕竟朱元璋子嗣不过三十余人，对于国家财政的压力微乎其微。但繁衍到隆庆年间，明朝的宗室已经超过了三十余万人，每年所需俸禄就占据了总收入的三分之一，而崇祯年间，宗室的数量更是突破了百万。
然而拥有俸禄的宗室并不比其他百姓过得轻松，不到总数的百分之一的高阶宗室（亲王，郡王）占据了超过了百分之九十以上的俸禄，而大多数处于底层的宗室只能靠微薄的俸禄过活，甚至因为朱元璋祖训无法从事正常的工作。一旦中央想要削减俸禄，这群数量庞大的底层宗藩在有心之人的怂恿下，大闹宗人府，致使一次又一次的改革失利，这也导致了明代宗藩成为了国家财政越来越沉重的包袱，几乎吃空了明朝财政。
在商业上，由于朱元璋自身出身异常鄙视商人，甚至连商人的钱也一并鄙视了。明朝商税很低，并不意味着商人的负担减轻。事实反恰恰相反，商人低税收的同时，只能拥有着最为低贱的社会地位。有钱的商人就像是养肥的猪羊，一等到国家财政困难就被拉出来宰杀，不管是否合法。因此从本质上朱元璋时期的抑商政策还停留在汉朝，但实际上社会发展程度却远不是汉朝可比。
自朱元璋去世后，由于祖训的约束抑制商人就成为了国策保留了，而结果就是官商勾结，商人为了保护自身的财产安全，将大量的财富献与当权者以获得托庇。同时又通过培养读书人来充当自身利益的代言人，如山西晋商，东南海商，都通过了这种方式培养了大量的利益人代言人。如嘉靖时期的吏部尚书杨博，兵部尚书王崇古，内阁首辅张四维都是此中的代表人物，而最终官商两者利益互相交织，不可分割。
为何明朝开海以及打击走私如此困难，因为一旦中央朝廷如此做，面对的几乎是来自整个官僚阶层的压力。这也是崇祯年间，崇祯宁愿加三响也不敢去改革财政制度的原因。可以说由祖制与整个官僚集团组成的庞大阻力，让任何明朝的经济改革都无法成行。就算是到了南明存亡之际，马士英想要通过加征东南商税，弥补国用，也被弹劾得体无完肤。
《衡论》有言：“国亡有七，曰天灾，曰外戚，曰宦官，曰财政，曰外患，曰叛乱，曰党争，得三则国有倾覆之险。”而明独得其六，除外戚几乎全占。南明因沿袭正统得以存活，又因为痼疾而灭亡，所谓成也萧何，败也萧何，不外如是。归根结底朱元璋在建立明朝时已经埋下了南明灭亡的伏笔。
