元朝的一些军阀仍然占据着甘肃、陕西、山西、东北等部分地区，明朝的统一战争便因此又陆陆续续进行了二十多年。
在占领北平之后，1369年也就是朱元璋登基后第二年，占领元上都，元顺帝遂向北退至应昌，也就是如今的内蒙古克什克腾旗西部，并在第二年去世，即位的北元昭宗放弃应昌，逃向漠北。
1372年，朱元璋发动了一次大规模的北伐战争，分为三路大军，东路大军由李文忠率领，从应昌出发，与中路军统帅徐达一起讨伐漠北，但中路军被扩廓帖木儿所击败，东路军胜负持平。
率领西路军的冯胜战果颇丰，基本上平定了甘肃。此后十多年间，明朝在北方以防御为主，基本上没有与北元发生过大规模的战争。
此时北元昭宗已死，他的儿子脱古思帖木儿在逃亡途中被部下杀死，此后北元几任君主都死于非命，北元政权也变得名存实亡。朱元璋在位的后期，在明朝疆土北境分封的各位亲王逐渐承担起征讨以及防御蒙古的重要任务。
建文四年也就是1402年，鬼力赤夺取汗位，不再称元，只称蒙古，明廷称之为鞑靼。与此同时，漠西蒙古的瓦剌部正在崛起，并成为了鞑靼以西的重要力量。
永乐初年，阿鲁台杀鬼力赤，立元朝后裔为汗王，明朝派人前去诏谕却被杀。1409年，明成祖命淇国公丘福率精锐骑兵十万北征鞑靼。但丘福轻敌冒进，全军覆没，战况甚惨。
瓦剌向明朝上贡马并请封，明廷封其首领马哈木为顺宁王，但在鞑靼败后，瓦剌自恃势强，多次向明廷要挟，并扣留使臣、南下骚扰。
明成祖于永乐十二年即公元1414年，第二次北征，打败了马哈木的军队，暂时性地遏制了瓦剌势力的增长。
连续用兵多年之后，明廷国力、财力、民力、都已不足，明成祖之后的两位帝王在位期间边疆政策由积极征伐转向收敛防御。对蒙古采取“守其要害，严其防禁，务农以足食，练卒以养威，寇至则御，寇退不追”的策略。
在此期间，蒙古的鞑靼与瓦剌互相争斗不休，并没有多少机会腾出手对明朝发动大规模的进攻。
英宗正统初年，蒙古的瓦剌部逐渐超过鞑靼强盛起来，瓦剌的首领脱欢逐渐统一了瓦剌和鞑靼，并立元朝后裔脱脱不花为大汗，自封为丞相，正统四年也就是1439年，脱欢去世，其子也先即位，自称为太师，瓦剌和鞑靼的实际统治权还在也先手中。
他同时还控制了西域的重要关卡，向东征讨了兀良哈三卫，且不断侵袭辽东，成为了明廷北方严重的外患。瓦剌原本与明廷是朝贡的关系，但其每每假借朝贡之名，大肆讹要明廷财物。
1449年的春天，瓦剌首领也先派遣使者两千人来京贡马，但对明廷谎称使者三千人索要赏品，此时专权的太监王振一反常态的坚持以实际人数奖赏，还压低了马价。
也先知此事后，于该年七月大举南侵，兵分四路，其中也先该路军队进攻大同。王振协英宗率五十万大军亲征，八月初大军抵达大同，但前线各路大军纷纷战败，愈加不敢战。
败讯传来，有部分大臣主张南迁首都，于谦等坚守京师，一方面调兵、调粮拱卫京师，另一方面推举英宗之弟朱祁钰即位，即景泰帝。
同年十月也先率大军协英宗直逼北京城下，于谦石亨等大将陈兵德胜门外关闭城门，背水死战，也先终不得逞，从良乡西出，离开紫荆关北上离去。
关于这场战争，李梦阳在他的诗文中多次提及，如在《石将军战场歌》中，李梦阳用了大量让篇幅直接叙述了当年之事，诗中提到“清风店南逢父老，告我己巳年间事。”便指的这次事件。
“紫荆关头昼吹角，杀气军声满幽朔”，当时蒙古太师也先率领大兵并且挟持明英宗朱祁钰将攻至京城，于谦与石亨为这次京城保卫战所作出的贡献，李梦阳也是给了积极正面的评价。
此后明蒙双方逐渐僵持，但蒙古部落十分想要拥有河套地区北部的控制权。
在公元1473年，边镇守将王越得知河套北部的蒙古主力已向西进入陕甘地区，立刻下令执行突袭行动。“因为之前王越已经密探发现蒙古士兵把家人们留在了红盐池附近，他知道蒙古人肯定不会料想到他能组织起什么像样的防御行动，因此他放弃了以前被动挨打的策略，率军出发去攻击蒙古人的老小营”。
王越的对蒙战略就是偷袭对方营地，公元1480年，蒙古部再次南下侵扰，王越与监军的汪直奉命出击。同样的策略，在咸宁海之战再次起了作用，明廷军队所获颇丰，公元1497年，王越历经宦海沉浮后再次被派往前线，同时拥有延绥-甘肃-宁夏的三镇兵马调度权。
但王越的所有胜利，并不能起到遏制蒙古、改变局势的作用。明朝与漠北蒙古之间动荡的时局，边境的纷扰从此持续不断。
