东汉政权虽然是在下层人民起义的浪潮中诞生的，但是它的主体却是地方豪强势力和军功贵族。这使它从一开始就面对着严峻的皇权、政治新贵和下层人民之间的权利平衡问题。
它的总体政治体制精神是进一步强化皇权，优容新贵，轻徭薄赋。强化皇权的措施包括继续扩大内朝权力，使尚书台在皇帝直接指挥下实行决策并管理国家各种政务。史称“光武皇帝愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下。虽置三公，事归台阁”(《后汉书·仲长统传》）。
这种依靠皇帝的密勿近臣治理国家的体制，在理论上说可以克制权臣篡权，但是在实践上却有巨大的弊端。原因在于，这种体制以皇帝本人为行政首脑，每当皇帝病弱、无能、昏聩、玩嬉、幼小的情况发生，就会出现无法弥补的权力真空，结果极易出现体制外势力控制权力的局面。东汉后期的外戚和宦官把持朝政就是内朝体制的直接结果，而且这个问题在后来的中国历史上反复地表现出来。
强化皇权的另一个措施是加强中央政府控制的军队而削弱地方政府的军事权力，并且用相当于中央特派员的刺史领地方军政大权。这在中央权力有效的情况下支撑着皇权，在中央权力式微的情况下反而成为地方割据的条件。东汉末年的军阀割据正是以刺史制度为基础的。
和所有初建的大一统王朝一样，东汉政权建立以后实行减免租税和安辑流民的政策，并且通过分配土地使用权和资金借贷帮助农民发展生产。同时继续由国家承担重大水利工程等传统政策。
这些措施都收到了实效。尤其是长江中游一线开发迅速。在这个时代，中国人发明了水排、用煤冶铁和造纸术。
东汉政权始终没有能够解决的问题是豪强势力的膨胀。其难点是豪强势力本身既是东汉政权的基础，又在不断地毁坏这个政权统治的社会基础。其中一个突出的问题是，自西汉中期以来就十分严峻的豪强占奴使国家直接控制的人口和财富缩减。
东汉政权为遏止占奴而多次公布释放奴婢或禁止虐杀奴婢的诏令。但豪强的实力得不到根本的控制，这个问题也就难以真正解决。为了解决豪强的土地兼并，东汉初年推行了“度田”法，力图清查天下田土，使之归于国家掌握之下。这项举措因为豪强地主的反抗，不了了之。
豪强地主广占田地，包荫人口，发展起大土地田庄经济。这种田庄中往往是农业、林业、养殖业、手工制造业多种经营，自给自足。其内部社会组织是以豪强地主为宗主，利用宗法血缘关系制定管理体系，用依附农民和奴隶进行生产。这些人口，亦兵亦农，构成庄园主的私人武装力量。
这种合经济、社会和军事为一体的实体使东汉时代的国家政治从内部就变得虚弱，使东汉的国家政治成为宗法色彩极其强烈的豪强政治。国家选拔官像的察举、征辟制度在豪强大姓势力扩张中成为他们委用私人的工具。
公德让位给私恩，形成社会管理阶层内部的私人隶属体系，国中有国。某些大族，累世专攻一经，标榜援引，以谋公卿之地位。于是豪强势力的发展和学术道德的名义又结合为一体，出现门阀把持上下政治权力的局面。
东汉后期出现宦官和外戚专权的时候，豪门权力体制常常和外戚势力重合，使皇权更为衰弱。
东汉后期，官僚士大夫中的“清议”发展成为一项政治运动，其抨击的对象是宦官专政和统治阶层的腐败。结果并没有导致政治局势的改善，却使一大批讲究道德气节的官僚士大夫和太学生遭到政治禁锢。这是中国大一统政治传统中的一个特异的现象。
清议的中心——太学本身就是大一统官僚政治的产物。太学生们作为现实的精英和候补的官僚，积极地参与国家政治，体现了儒家式的政治责任感。同时如范晔在《后汉书·党锢列传》中所指出的，这种激昂清越的政治行为方式，发生在汉武帝崇尚儒学和王莽以巧伪伎俩篡取国家以后，那时土大夫以重气节决定去留，乃至矫枉过正。
东汉王朝与周边民族的和平与战争形式的交往皆多。其中匈奴和汉朝曾发生多次战争，后来匈奴部分内迁，逐渐融入以汉族为主体的文化和社会生活中，另一部分远徙欧洲，对欧洲历史发生了重大的影响。
总体上说，东汉时期周边民族与汉族为主体的中华文明核心区域的关系较之前代大大加强。大量的近边部族内附，西域大体处于汉中央王朝的控制之下。发源于东北的鲜卑在中原文化的影响和吸引下逐步发展，沿北边一线西进，和中原文明密切了联系；东北地区的扶余与东汉通好，高句丽则曾隶属于汉朝的辽东郡；西南地区的哀牢、白狼部分内附。
但是汉王朝对少数民族的压迫也促发了羌族人民的起义。东汉王朝在极端腐败和发生严重自然灾害的情况下，被利用宗教发动起义的农民军队打垮，中国历史开始进人一个军阀混战和民族大融合的历史时期。
作为民间宗教的早期道教对这次起义产生了十分重要的影响。从189年大官僚军阀董卓控制东汉朝廷开始，东汉王朝名存实亡，全国出现军阀混战的局面。从这个时候开始直到589年隋朝统一中国的整整400年间，中国处于一个政治上分裂的时期。
首先，这个时期中华文明演进的主旋律就是中华各民族间以各种方式实现的大融合。与以前时代一直进行着的民族融合相比，这个时代民族融合的规模空前巨大，持续长久。
其次，其主要接触方式不再是汉族共同体明显主导的在中央王朝边缘地区的相互渗透和攻防战争，而是高度发展了国家组织形态的少数民族主动向华夏文明核心区域持续的内向运动。以往华夏文明的核心区域黄河流域在此期间长期处于少数民族政权的管理下，中华民族文化的整体形态因此极大地丰富起来。主要由汉民族创造和发展的国家政治精神在这种冲击中经受磨炼并进一步发展。
再次，由于缺少秦汉时代那样的统一的中央王朝，中华文明呈现出内部区城性和地方民族性的活跃发展的局面，各地区和民族在生产技术、国家制度，社会组织，文学艺术等方面的独创性能够得到比较充分的发展时间和空间，从而为全国规模的再统一创造条件。
最后，佛教和道教在这个时期迅速发展，形成了中国化的宗教文明，也影响了中国精神文化的变迁。
以地方势力的膨胀为基础，东权末年的军阀混战没有导致一个新的大一统王朝的出现。在208年的赤整之战后，形成了魏、蜀、吴三国分立的局面，东汉则在220年彻底灭亡。以鼎立竞争为外部条件，三国各自采取积极措施发展内部经济，完善管理体系，并且各自展开对边缘区域的经营。
和战国时代相似，由于外部的压力，各国都往重以才干取人，所以当时是军事、谋略、经济人才各逞其能的时代，而儒学则处于衰微之中。
魏居北方，打击豪强，兴修水利，实行屯田，招抚流民，劝课农桑，北征乌桓，推动了北方的开发。吴踞东南，画江自守，征抚山越，缓刑宽赋，奖励耕织，兴修水利，浮海夷洲（今台湾)，贸易南海，使江南社会经济稳定发展。但是和曹魏不同，东吴依靠东南豪强大族的支特立国，豪族各拥部曲，宗法家族关系构成重要的社会组织方式。
诸葛亮治蜀，加强法制，打击豪强，整伤吏治，抚定南中，屯田励农，积极北伐，保隙了江汉西南地区的安定和开发。
263年，魏灭蜀。265年，魏国大贵族司马氏纂权，改国号为晋。280年，晋灭吴，重新出现统一局面。
晋初曾经推行有利民生的政策，宽刑息役，奖励农耕，社会略有恢复气象。然而东汉以来膨胀的世家大族势力在三国时期继续发展，曹魏在打击地方豪强的同时却也倚重名门名士，晋朝本身也得力于世家大族的支持。所以魏晋的国家制度，如“租牛客户制”、品官占田荫客制、九品中正制等都体现世家大族的利益。
而且，西晋如汉初实行同姓封王制度，埋下王室争权斗争的祸根。这样，晋代的大豪强门阀的经济和社会权利在国家制度中得到确认，从而形成了门阀士族制度。在这种制度下，世家大族以门第高下为标准，控制了国家政权的选官过程，使家族体制和政治体制重合起来。
随着政治生活中的世袭因素大大强化，社会生活中的政治等级因素也大大强化起来。其发展所至，士族与庶族的政治地位和社会地位差别悬殊。
特权制度导致人的精神退化，晋朝的士族门阀子弟可以“坐致公卿”，丧失了进取的精神，使国家政治走向腐朽。动乱起自因晋惠帝时期的皇后贾南风专权引发的“八王之乱”。这场皇族内部争夺统治权的斗争持续16年之久，使人民遭受巨大灾难。陷于困境的流民纷纷起义。
这一时期，匈奴、鲜卑、羯、氐、羌等少数民族大量内迁，与当地汉族人民相互杂居，改变了中国的民族构成，并在学习汉族文化的同时，开始建立地方性的政权。
4世纪初，西晋被匈奴人刘氏建立的汉国军队推翻。西晋末期的战乱和西晋的覆亡导致4世纪初的人口大迁徙。避难官民从洛阳为中心的区域外迁，或西投凉州，或北入辽西，而最大规模的人群则是迁往江南地区。这是东南开发的一个关键转折，汉族文化社会传统的中心随着人口的迂徙从黄河流域迁往长江三角洲为中心的地区，黄河流域则成为北方少数民族活动的舞台。
西晋宗王司马睿于317年在建康（原建业，今南京）重建了晋宗室为首的政权，史称东晋。这个偏安的朝廷建立在从北方南迁的世家大族和南方士族共同支持的基础上，是一个士族门阀专政的政治体制。
其时外有强敌，遂在内政方面力求安定，休养生息，安抚流民，虽然不足以军事进取统一全国，却使汉族文化和社会生活方式自然延续，形成局部的繁庶。
东晋前期曾有祖逖和桓温等人组织的北伐，但是都没有成功。其原因之一是由于东晋统治集团内部的矛盾使北伐将士受多方掣肘，二是由于军事战略的一些失误，更重要的原因是北方各少数民族政权正处于蓬勒兴起的过程中，其总体的态势尚在向南的推进中。
公元351年，氐族苻氏建立前秦政权，约30年间，国力强盛，统一了北方。383年，前秦苻坚发大军南下攻晋，希图统一全国。但是因为轻敌和骄傲，秦军大败于淝水。前秦政权就此瓦解，北方再度陷于分裂，东晋则获得了比较稳定的生机。此后南北方统治政权各行更迭，而南北方总体上的对峙局面则一直维持到589年隋朝的统一。
