李善长对朱元璋怀疑自己这一点丝毫没有一点儿心理准备，总以为自己是朱元璋的老朋友、老部下，还像从前一样敢说敢谏。当李善长看到朱元璋自从当了皇帝之后大兴土木，修造宫殿，追求享乐的时候，就忍不住批评朱元璋几句，有时还在群臣面前向朱元璋进谏，这就更加深了朱元璋对他的反感。
李善长被处理
朱元璋不但拒不听李善长的劝谏，
反而怒斥李善长目无君主，妖言惑众。
李善长几次劝谏被斥责，心里有怨气免不了私下发几句牢骚。这样一来给锦衣卫的人抓住了话柄，他们又添枝加叶地胡编乱造了一些报告给了朱元璋。
朱元璋自然是信以为真，他派人将李善长及所谓同党一起抓了起来，列举了十二大罪状。随后，那权倾一时，一人之下、万人之上的李善长被杀害了，并且还被满门抄斩，在这次大屠杀中，有三万多人被杀。
但是，在李善长的亲人当中，也有没被杀害的，这就是李善长的长子，他也是朱元璋长女临安公主的驸马。朱元璋经不住临安公主的苦苦求情，这才开恩饶了李善长的长子一命，也算是给李善长保留了一丝血脉、只罚他往江浦流徙。
在李善长死后的第二年，虞部郎中王国用却上书来为李善长叫屈，他说道：
李善长一直与皇帝陛下同心同德，南征北战，冒着千难万险取得了天下。他不愧是大明王朝的第一勋臣，生时被封公，死了被封王。李善长已经是一人之下、万人之上，到了顶级。他这样的一种情况，却要说他图谋不轨，恐怕难以让人相信。现在说他要帮助胡惟庸谋反，实在是荒谬。李善长与胡惟庸，就像是兄与弟的感情，李善长于皇帝陛下，却有着子与女的感情。假使李善长要帮助胡惟庸篡夺帝位，只不过勋臣第一而已，哪里又比得上他今天所得的地位？而且，李善长难道会不知天下是不可以凭了侥幸就可以夺取的……如今李善长已死，再说也没有用，只请陛下能作为一个教训来防止将来再出现这样的事情。
或许是杀了李善长之后，朱元璋自己也有些后悔，当他看了虞部郎中的上书后，也并没有去怪罪他。
无人再敢直言
有一天，朱元璋对身边几个大臣说：“以一个人的智慧计谋，处理全天下的事，朕固知其难。每当诸事纠葛繁复，朕便想，如果左右的人能竭诚尽意，帮助拿个主意该多好。可惜呀，披肝沥胆者少之又少，固位偷安、默而不言者，却大有人在。他们自以为得了为官之道，殊不知百世之后难逃清议。”
大臣们听后，除了连连高喊“吾皇圣明”，谁还敢妄置一词？只求在阿谀奉迎之下来全身保禄。
朱元璋曾经设立过一个机构叫作“执法议礼司”，司内设有白牌若面，上写“执法议理”四个朱红隶字。倘若遇到皇帝处事失误，允许臣手执白牌直言进谏。但是，
对于一个威猛如虎、喜怒无常、干猜万忌的皇帝，又有多少人不顾生死敢冒险直言呢？
这样一来，
更加是离心离德和彼此猜忌
，死气沉沉的空气弥漫在朝廷之上。万岁的呼喊声越高，朱元璋的内心也就越不放心。他知道，要想把臣下都捏在手心之中，最好的办法便是加强监视。战争年代，朱元璋主要是通过广收义子来做耳目。建国后，朱元璋则多用太监来当眼线。
浙江绍兴府有一位老儒名叫钱宰，他已经七十多岁了，还被强征到京城来编书。由于年老力衰，精神怠倦，有些苦不堪言。有一天，钱宰倚在桌上，随口吟出了心中的痛苦和思念：
四鼓咚咚起着衣，午门朝见尚嫌迟。何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时。
第二天，朱元璋在文华殿宴请众臣，老儒钱宰有幸入席。饮酒间，朱元璋不经意地问道：“钱宰，你昨天作诗了吗？”
钱宰愣在了那里，说道：“臣没有作诗，只不过是随口瞎哼罢了。”
“念给朕听听好吗？”朱元璋面带愠色地说道。
钱宰只得战战兢兢复述了一遍。朱元璋嗔道：“朕何曾嫌你迟过？”钱宰吓得慌忙跪了下来。
“看在你年老体衰的份儿上，朕不加罪。你回家‘遂田园乐’去吧。”幸运的老儒，从此以后总算得到了解脱。
而当时被称为文臣之首的宋濂，也是朱元璋不放心的人物。有一次宋濂在府上宴客，朱元璋密遣人监视，察看这个老实人是否表里如一。
第二天，朱元璋问宋濂：“昨天你饮酒了吗？”
“是的。和几个较熟的朋友，在一起聚了聚。”宋濂直言不讳。
“都请了哪些客人？”朱元璋又问道。
宋濂被惊吓得出了一身的冷汗，他不知有什么事将要发生，只好把昨晚喝酒的几个朋友的名字一一都说了。听到宋濂如实地回答，没想到朱元璋哈哈大笑起来，满脸得意地说：“你果然没有骗朕，是个坦荡的君子。”宋濂这才松了一口气，急忙磕头谢恩。
国子监祭酒宋讷也是很得朱元璋信任的。有一天上朝时，朱元璋突然问道：“宋祭酒，昨天，你有什么烦心事？”
“没，没有烦心事呀！”宋讷口吃地回答。
“那，你为何独坐发怒呢？”
宋讷大惊，急忙答道：“昨天，一个监生颠跑而跌倒，摔破了手中的茶具。臣觉得有失斯文，于是喊来训导了一通。皇上是怎么知道的呢？”
朱元璋从袖中递给宋讷一幅画像，原来正是他发怒时的样子，不知什么时候被人偷偷画了下来。宋讷吓出一身冷汗，急忙跪倒在地。从此之后，宋讷在言行上再也不敢有丝毫的马虎。
朱元璋认为，不论是君与臣的关系，还是官与吏的关系，统统都是主与奴的关系，也就是在上者要驾驭在下者。对于朱元璋来说，
威与罚已经渐渐成为了一种思维的惯性和生活的必需
，随着皇权的巩固，他的性情也显得越来越暴躁了。
