大明建文四年（后被改为洪武三十五年）六月十七日，即公元1402年7月13日，燕王朱棣攻破了当时的国家首都——京师应天府（南京），经过惊心动魄的四年，朱棣终于放心了，他成为中国历史上唯一造反成功的藩王。
但是，还有一件事儿让他始终放心不下：建文帝朱允炆在哪里？
是的，攻破了首都，但是却没找到皇帝，《明史》的记载是：宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中。也就是说，朱棣还没打进去的时候，皇宫起火了，皇帝下落没有找到，燕王朱棣派人找到了皇后的尸体，然后呢？他硬要指认这是皇帝的，还以天子礼葬之。
宫廷起火的事情基本可以确定，极大概率是建文帝自己干的，当然朱棣不能这么说，逼死皇帝的锅太大不能背，朱棣登位后在给朝鲜国王的诏书上这么说：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃。“
意思就是：我本来是准备帮皇帝清除奸臣的，但是皇帝竟然被奸臣威逼胁迫了，被迫自己烧了皇宫。
但有一个疑问：朱允炆为何活不见人，死不见尸？
这一点最着急的就是朱棣，对于朱棣来说，虽然表面一定要说朱允炆死了（要不怎么登基），但是，从其事后的表现来看，可能他确实没找到朱允炆的尸体（比如，溥洽是建文帝主录僧，当时传闻他知道建文帝出逃的事，朱棣遂以其它罪名囚禁溥洽长达十余年），而坊间虽然表面不敢忤逆皇帝的意思，但也一直有极大的疑虑。
这个迷雾笼罩了整个明朝，到了中期正统五年的时候，有个和尚在云南广西边境地区谎称自己是建文皇帝，随后被逮捕调查，乃是钧州人杨行祥。当然，后果不用说，痛快地被杀了，和他同行的十二个其它和尚被流放辽东。
甚至，有传闻说，建文帝流亡海外了，郑和下西洋就是为了找他的。
建文帝下落，和清代所谓“孝庄下嫁多尔衮”不一样，后者基本属于野史误传，可信度基本为零；但建文帝的确是自明朝开始就一直争论不休的问题。
那他到底去哪里了呢？目前为止有如下几种说法。首先就是他确实被烧死了，至于尸体的问题也好解释：人都烧成灰了哪能认出来。但是，也有一种更诡异的猜测：朱棣发现了朱允炆的尸体，甚至就是他秘密杀了朱允炆，但是，朱棣在承认朱允炆已经死的同时呢？故意漏出一些破绽，比如朱允炆出逃的线索，让大家以为他没死。这有啥好处？当然有，这就少了弑君的罪名啊，自己的形象能好些。当然，这纯属臆测，没有任何证据，也不一定有可行性。
还有一种说法就是朱允炆没有死了，流传最广的是他出家当和尚去了。
现在甚至有传言法国球星里贝里是建文帝后裔（大误）
不过，说实话，关于建文皇帝出逃下落的一些，实际上绝大多数可信度并不高，因为这些很多都是后世文人编写的奇异小说，毕竟明朝市井文化很发达，而且朱棣是相当严厉的君主，民间本就多对建文报以同情，而明后期社会腐败黑暗，很多人就借用建文帝没死表示对现实的不满，《剑桥中国明代史》就表示：“建文帝传奇故事的流传，反映了人们对建文帝及其所信奉的理想的同情”。
那民间流传的故事主要有什么呢？最主要的是说朱棣派了一个人去找他，这个人叫胡濙（yíng），永乐五年开始，他就在南方各处找人，名义上是找张三丰，但实际就是秘密找建文帝！
明史记载，永乐二十一年的时候：“帝已就寝，闻濙至，急起召入。濙悉以所闻对，漏下四鼓乃出。先濙未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释”。
如果根据这个记载，就是胡濙在南方秘访了十几年，终于知道建文帝下落了，之前有传闻建文帝渡海出逃了，所以明成祖让郑和多次下西洋，现在知道下落了，终于不担心了。也就是说，最终建文帝的下落被在大陆找到了。
至于建文皇帝下落在哪里，众说纷纭，基本南方各省都有传闻，但都没有拿得出手的证据，而近年来，最有影响力的是福建宁德疑似建文陵墓事件。
2008年1月，福建省宁德市金涵乡上金贝村发现了一个和尚墓，这个墓穴也是迄今为止福建发现的最大的和尚墓，当时在登山道施工中，工人意外发现一座堆着上百件石构件的古墓。而宁德当地的地方文献却没有任何有关记载，这显然是不正常的。于是陆续有人认为这是建文帝墓葬，还不乏专家，但这也被很多人认为是一场学术不精与当地政商结合的闹剧，福建文物局2009年9月出来辟谣：此墓和建文帝没有任何关系，墓主人身份为僧人沧海珠禅师。
事实上，有关建文帝的下落，各种说法都有疑点，不过他死了的可能性确实比较高，因为如果说他没死，那首先最大的疑问就是他是怎么逃出南京城的？而且朱允炆本人可不是什么猛人，他从小娇生惯养，不可能有太强的生存能力，他如果出逃肯定是会有随从的，这个规模不可能不被发现。
其实有关朱允炆下落的传言更多是明中期流传出来的，明朝前期，即朱棣时期，没有关于建文帝的任何消息。而关于朱棣本人之后一些行为，事实上并不一定就是找朱允炆，郑和下西洋和找朱允炆关系应该是不大（因为如果朱允炆逃到海外而且几十年没动静，说实话就没有找的必要，而且如果是要找朱允炆，那航海队伍中必然会有知情者，后面的航海活动也应该有相应行程，但这些都没有任何记载），而关于《明史》，这是清朝修的，明朝中后期各种野史很多，对建文帝问题产生很大干扰。比如把胡濙巡游乡邑的故事和建文帝结合，这也是明朝中期之后的民间传闻。
现有史料中，最早直接记录建文帝出亡说的时间是在正德年间（公元1506年——公元1521年），祝允明、黄佐等人的作品，之后百姓将自身的情感融入其中，不断被传奇化，形成了后来的情况。
