虽然朱元璋最大的对手陈友谅、张士诚先后败亡，但是朱元璋的军事行动并没有停止。此时的军事行动主要是针对盘踞在浙江的方国珍。
方国珍虽然占了反元首义的名头，但是似乎海上出身的势力总是首鼠两端，天生就是投降派。往后推三百年，明末的郑芝龙同样如此。方国珍在朱元璋做大后，时而挺朱，时而挺元，反正谁都不得罪。
哪边来人他都好吃好喝地招待着，要钱给钱，要粮给粮。当初张士诚断了大都方面的粮草之后，就是方国珍“忠心耿耿”地从浙江走海路给大都送粮，维持元廷的运行。
这件事后来朱元璋知道后还写信斥责了方国珍，可是方国珍依然是唯唯诺诺，嘴上称是，私底下却并不老实。后来经过几次外交战线的斗争，方国珍答应，只要朱元璋攻下杭州，他就纳地来朝。
至正二十六年十一月，李文忠攻下了杭州，方国珍就装傻，拒绝实现承诺。而且仗着背后有元廷撑腰加官进爵，方国珍渐渐倾向于“元朝正朔”，与老朱渐行渐远。
这谁能忍？恰逢当时徐达等人都在前线围攻平江，朱元璋想想，啊我能忍，暂时没空管他。方国珍这边也不傻，他一直在观察江南的战局，眼见张士诚大势已去，平江城是守不住了，便在至正二十七年三月派人去应天朝贡。
但此人一边对朱元璋朝贡，另一边继续勾结元廷结交陈友定。这次朱元璋就忍不住了，写了封信给方国珍，例数其十二大过，而且让方国珍给交二十三万石粮草。原文如下：
汝初纳款谓杭城克即献土来归，此汝左右之士共保富贵之良谋也，岂意汝怀奸挟，诈阳降阴畔数相愚弄，张士诚与尔壤地相接，取尔甚易然，所以不敢加兵于尔者诚以吾力能制之尔，故得以安处海隅坐享三郡之富是我大庇于尔也，尔乃自爲不祥，背弃信义时遣奸细觇我动静，潜结陈友定以图相援，彼自救不暇何暇救人尔，何惑之甚也。
今明以告尔吾师下姑苏，即南取温台庆元水陆并进无能御也，尔早于此时改过效顺，能尽以小事大之义犹可保其富贵以贻子孙以及下人，如其不然集三郡之兵与我一较胜负亦大丈夫之所爲，不然舍三郡之民爲偷生之计，扬帆乘舟窜入海岛，然吾恐子女玉帛反爲尔累，舟中自生敌国，徒爲豪杰所笑也，非分之恩不可数得，尔宜慎思之。
这封信送到方国珍手上的时候，方国珍看完怕的要死，于是召集手下人等商量该如何应对。
先是郎中张本仁很自信地对方国珍说道：“江左之兵，方围姑苏姑，苏勍敌也，国富兵强高城深池怀必死之志胜负难必，彼安能轻越千里而取我？”
这完全就是没脑子的说法了，那打完苏州朱元璋就不能休息了？还是说这几个人明天就快死了过一天就一天？
另一个谋士刘庸也点头称是道：“江左兵多步骑，步骑平地用也，施诸海滨其如吾海舟何？”
这也不靠谱，朱元璋和陈友谅决战打的是什么？水战啊。朱元璋一个正儿八经的南方政权，国号都是吴，你不能说你比他更南他就是个北方政权，没这样的道理。除非你打定主意跑海上去，那另说。但是郑芝龙那等大海商加大海寇都不愿意，方氏又岂会愿意？
但奇怪的是，这两人发完言，方国珍的那些弟弟侄儿竟然都觉得说得很有道理，都很膨胀表示不用怕，我们海军完爆朱元璋。
只有一个明白人据理力争对方国珍说：“此二者皆非所以爲公福也，惟智可以决事，惟信可以守国，惟直可以用兵，江左一下姑苏出兵南向，乘胜而驱责吾背叛之罪辞，直而师壮吾谁与爲援者将一败涂地矣，莫若遣使奉书明示不敢背德，庶几可以解纷息兵而公得以常保富贵福及子孙不然祸至无日矣。”
忠言归忠言，但是方国珍这家伙蛇鼠两端又遇事犹豫不决，他一直不知道到底是该战还是该降，他觉得先把金银珠宝运到海上是肯定没错的，于是“日夜运珍宝集巨舰爲泛海计。”所以这也是个被时势造出来的假英雄。
朱元璋对方的动作那是一清二楚，只不过目前腾不出手来教训他。至正二十七年九月，平江已下，朱元璋即遣朱亮祖领兵屯驻新昌攻打关岭山寨，不费吹灰之力拿下，进而收取天台县。
这样方国珍的老巢台州就暴露在了朱亮祖面前，朱亮祖马不停蹄地进攻台州，方国珍的弟弟方国瑛出战，方国瑛不敌朱亮祖，没过几天台州沦陷，方国瑛只得乘坐巨舰从海上跑路走人。
为了加快进度，朱元璋又派汤和为征南将军，吴祯为副将军，进攻庆元。朱亮祖则从黄岩方向进攻温州，于温州城南七里列阵。方国珍的儿子方明善出战，这方明善又哪是朱亮祖的对手，没多久就败下阵来，太平寨也丢了，朱亮祖兵临城下。分兵猛攻东西两门，当天就拿下温州，方明善跑路。
朱亮祖不敢怠慢，领兵穷追不舍，一直追到海上一个叫盘屿的位置，当时汤和和吴祯已经攻下了庆元，方国珍也出海跑路，吴祯也追到了盘屿。于是两人合力又大败方国珍。十一月十七日，朱元璋又加派廖永忠增援汤和。
十二月，汤和派人拿信劝降方国珍，方国珍见大势已去也不再顽抗，让他的两个儿子方明善，方明则向汤和交上大印投降，又派另一个儿子方明完亲自去应天谢罪乞降。他亲自写了一封很可怜的谢罪信给朱元璋，原文如下：
臣闻天无所不覆地无所不载，王者体天法地于人无所不容，臣荷主上覆载之恩久矣，不敢自绝于天地，故一陈愚衷知必有以容臣者。
臣本庸才昧于学术，遭时多故起身海岛，非有父兄相藉之势，与众驰逐又非有图成望大之心，不过欲得汤武之君爲之依附而已，向者王师之渡江左霆击电挥至于婺城，远近震惊是以遣子拜师归心效顺，惟时固已知主上有今日矣，所以依日月之末光望雨露之馀泽者也，而主上推诚布公赐手书归质子俾守城邑如钱鏐故事，奉遵约束不敢有违。
岂意从子明善不戒擅构衅端，得罪实深固不可角□羊，今者，守强之吏驰书飞报言天兵远临，闻之不胜骇愕惶惑失措，遂俾守者奉迎王师，然而未免浮海何也，昔有孝子于其亲遇小杖则受大杖则走适与相类窃自咎，十年之间非主上无以至今日，一旦堕坠天下后，世必有以议臣者敢冒斧钺之诛，遣子入侍，伏望複全覆育之恩，更加生成之赐容归老死使子侄辈得全馀生以听驱策实臣万幸。
这封信大概的意思就是臣听闻老天没有哪里覆盖不到的，大地没有什么是他不装载的，臣受主上的恩德已经很久了，不敢自绝于天地，所以现在希望主上知道我的苦衷宽容臣。臣以前就是一个庸才，又没读过什么书，只不过因为一些变故所以才在海岛起家，并没有父兄的势力帮助，臣又没有什么争夺天下的心，只不过想得到一位汤武一样的君王，依附于他，当初主上的军队以雷霆之势攻下婺州，臣就知道主上会有今天这番风光，故而一直依附主上，不敢有违，但是谁料想我那个不孝子明善背着我做了如此大逆不道之事，臣听闻主上大军压境得到时候诚惶诚恐不知所措的去了海上，还命令守城者迎奉王师。我这十余年不是主上照顾，我也不会又今天，臣现在让儿子来侍奉主上，希望主上能够让我安享天年平平安安的度过余生就是臣的万幸了。
我估摸着朱元璋看到这封信的时候心里应该是不屑的。陈友谅命亡流矢、张士诚死守平江。这两个人，不管性格上有多少缺陷，但都称得上乱世反王。
唯独方国珍一直在那里不阴不阳、不战不降，打打不过，恶心，要来恶心别人。不教训一下就以为可以和我掰掰手腕，稍微教训一下你，你就把所有的责任都推给自己的儿子，都是他们背着你干的，你不想这么做。
不过考虑到方国珍在浙江沿海地区根深蒂固，倘若逼急了，他潜入大海天天和你打游击，那真是要烦死，故而还是接受了方国珍的投降，对他的行为既往不咎。至此元末群雄起事最早的方国珍被灭，从头到尾称霸十九年，江浙之地尽归朱元璋之手。
军事和内部制度上完成改革的朱元璋意气风发，当然此时的他也非常大度，平江城里俘虏的有元廷宗室神保大王等九人，朱元璋也不为难他们，直接派人送他们回大都同时还带了一封信给元顺帝。原文如下：
“曩者，天弃金宋，历数在殿下祖宗，故以鞑靼部落起事沙漠入中国与民爲主，传及百年至于殿下，海内兵兴豪杰纷起扰乱中原，邑里萧条，纵有遗民又处朝秦暮楚之时，民庶之不安已十七载矣。
如予者父母生于元初定天下之时，彼时法度严明，使愚顽畏威怀德，强不凌弱众不暴寡，在民则父父子子夫夫妇妇各安其生，惠莫大焉古者帝王混一止乎，中原四夷不治，惟殿下之祖宗四海内外殊方异类尽爲土强亘古所无，岂意辛卯之年妖人横起不三四年间海内海外势如瓦角□羊，殿下屡尝命将征伐国势日衰妖气愈盛，遂令故将大臣服毒而殁临阵而陷十常八九，如以义旗而兴爲将者李察罕张思道李思齐虽能殄灭妖寇，功已高权已重豪杰之志在焉。
殿下不能谁何尤甚于妖人之作乱也，盖其心不异曹操奉汉献帝于许下，殿下岂不知之前妖人之作乱权臣之跋扈，非妖人易于作乱权臣易于跋扈，此盖殿下不能体祖宗所爲故天将弃之，如弃金宋之时，事不可救，予本庶民，因乱起兵保障乡里，官军隔绝遂爲众所推戴，数年以来因辑众抚有江东，两浙湖湘两淮汉沔江西岭广人各生理近，殄灭反侧张士诚于彼得神保天王及黑汉等九人，昔殿下祖宗灭金宋荡除其宗室亲王驸马尽行殄灭亦何忍也，将谓已王天下有万世之永时运在天，岂由人乎，今我则不然所获元氏子孙悉皆放归，望殿下思祖宗之传以善待之。”
这封信其实就是在元顺帝面前无形凡尔赛。在顺帝本纪里没提到过这封信，但是作为今时今日朱元璋送来的信，元顺帝应该还是会看看的。
这封信里朱元璋对于元顺帝的称呼还是很有礼貌的，直呼殿下。直言你蒙古人的衰落是因为天命如此，就如同当年上天放弃金宋帮助你们蒙古人一样，称龙凤政权为妖人，且提醒汉献帝你身边的察罕呀，王保保呀，李思齐这些人固然能够帮你剿灭妖人，但是这些家伙每一个都想当曹操，他们看你就像曹操看汉献帝一样。
我起兵开始只是为了保卫乡里，后来这么多年下来才有今天的势力，当年你的祖先灭金宋之时，对两国宗室屠戮殆尽，这是不对的，现在我也俘获了殿下你的元室子孙，但是我不会和你祖先一样杀了他们，我现在把他们放回来，希望殿下能够好好善待他们。元顺帝看到这封信的内心应该是想骂娘的。
朱元璋虽然对元顺帝的称呼还是客气，但是言语中已经透露出天命不在你的意思，同时还在信中离间了元顺帝同王保保李思齐这些人的关系，针对性很强，堂皇阳谋。
也正是这封信以及其后的表态很多人认为明初明朝是个蒙古化的政权。某些不讲究文献引用格式的日本学者还特别喜欢说朱元璋崇拜蒙古。虽然此信承认蒙元的合法性，称自己曾经的宗主为妖人，把蒙元入主华夏说成天意，但是仔细回头一想其实朱元璋此时也是没有办法，虽然他此时大业初成，但是他还是需要地主文人阶级合作，而且他自己的队伍里元朝的降官可是占据相当重要的地位。
可能朱元璋觉得这个逼装得不过瘾，于是马上又给王保保写了一封信，上次写完信让王保保直接开战，这次我们来看看他写的什么：
“曩者，累遣使皆被拘留，未审合下雅意若何，今都事李节思归特遣人送去，所拘使者亦望发还，方今天下豪杰如萌芽之发尚未长成，合下如存大义宜整师旅听命于朝令四境贡赋入京，或时赴朝廷与君共谋大事以安天下，可也不然，名爲臣子而朝廷之权专于军门，纵此心自以爲忠，安能免于人议，若犹豫不决，恐变生部属，事有难言，合下果忠于君，当以赤心事之，若有他图，速宜坚兵以固境土，予近于九月初八日削平姑苏张氏，江南已定，东连天海西抵巴蜀南及岭广止有闽中一区，已遣偏师征讨，旦夕必下，即目诸军屯驻在内居间养锐，合下如欲借力但遣一使至即时调发应援薄有金织文绮四端用见远意。”
这已经完全膨胀的没有逼数了，直接告诉王保保，你赶快把之前的使者还给我，你要是忠于王事就赶快进京同顺帝商量怎么平定天下，如果你有其他图谋就拥兵自重固守自己的疆土，当然如果阁下想要同我合作我这边也乐意配合。但是此时的王保保只能看着朱元璋在他面前耀武扬威，因为此时的他还在和李思齐较量，而且元廷对他的态度则越来越暧昧了。
办完了这些国事，朱元璋对于有功之臣也必须要赏，九月徐达班师回朝的时候，朱元璋把右相国李善长，左相国徐达，平章常遇春，都督冯胜，平章汤和胡廷瑞，右丞廖永忠，左丞华高，都督康茂才，都督副使张兴祖、梅思祖，参政薛显，赵庸，曹良臣及各卫指挥千百户于戟门，开始大肆封赏功臣。
先是封李善长为宜国公，徐达为信国公，常遇春为鄂国公，当然不只是加官进爵，还是有物质奖励的，那就是彩绢，徐达十一匹，常遇春十匹，胡廷瑞冯胜各九匹，曹良臣各八匹，廖永忠华高康茂才各七匹，薛显赵庸张兴祖梅思祖各六匹，各指挥使五匹，千户四匹，百户人三匹，军人米一石盐十斤。从这里可以看出，有些后起之秀还没有起来，还有继续拼搏爵位的机会。
可能看惯了各种历史小说和电视剧的各位觉得这也太小家子气了，才这么点。但是说真的，这在当时已经很多了。尤其是最后每一位士兵都有一石米差不多114斤，还有10斤盐，这些奖励足以让军心提升一个档次了。
