空印案发生于洪武九年，是朱元璋无意中发现的。此案并不复杂，来龙去脉也非常简单。
根据当时的朝廷规定，各布政司、府、县每年都要派人到户部报告地方税收，钱粮收入和支出账目。而地方账目必须跟户部审核后的结果完全相符，这个工作才算完成。
如果对不上，即使只是一个数字，这个账目就打回去重新填造，更让人为难的是所有重修账册必须要盖上原衙门的印章才算有效。
大明当时的国都在南京，户部当然也在南京。全国各地官员都要来到南京来报送账册。当时上缴的是实物税款就是粮食，在长途运输过程中难免有损耗，出现账册与实物对不上的现象是大概率事件。
但凡出现错误就要打回原籍重新填报，离南京比较近的江浙地区还好说，而云贵、两广、晋陕、四川的官员因当时交通并不发达，来一趟都是跋山涉水，光花在路上的时间都有2个月至多。
如果发回原地重新造册，一来一回光路上的时间都要用掉4个多月的时间。这样肯定耽误相当多的政务，所以各地前往户部审核的官员都备有事先盖过印信的空白文书以备使用。
这原本是前朝惯例，并没有人觉着有什么不对的地方。本朝官员也是人人皆知的事情。唯独一个人不知道，这个人就是朱元璋。
所以朱元璋发现这种做法后，极为不满，甚至达到了敌视的地步。史书记载，朱元璋的反应是“盛怒”，认为使用空印会给贪污大开方便之门。丞相、御史官员人人知道此事的来龙去脉。然而竟无一人敢说话。
于是朱元璋下令，全国所有主印官员处死，副手以下杖一百充军。当时全国共有十三个省，一百四十多个府，一千多个县，这些官员很多都与空印案有关。连各省按察使司的言官也有很多获罪者。前后牵连者有数千人之多。
此时大明王朝刚刚建国不过十年有余，正是百废待兴之时，很多有才干，有清廉之名的官员都被杀掉了，最有名的就是千古忠臣方孝孺他爹方克勤，他是济宁知府，为政清廉，平时肉都舍不得多吃，衣服上满是补丁。
当然空印案相比较明朝初年四大案的其他三个案子，只能是算小巫见大巫了。
