岛屿全军入， 沧溟一战收。降帆来蜃市， 露布彻龙楼。上将能宣力， 奇功本伐谋。伏波名共美，南纪尽安流。——爱新觉罗.玄烨
公元1644年，满清入主中原，取代大明王朝，但忠于明朝的势力依旧坚持抵抗，尤其是占据福建沿海的郑成功集团，他们依托福建沿海多山的地形，充分发挥海战、山地战优势，与清军周旋，并多次打败清军，甚至在大清顺治十六年（公元1659年），南明延平郡王郑成功率领10万大军攻打明朝的陪都南京，整个江南震动，大有恢复江南的形势，但终因各方掣肘、配合不力，加上清军主力及时回援，导致郑成功攻取南京的预想功亏一篑。郑军在南京战役中损失惨重，元气大伤，清军趁郑成功撤退之际尾随追击，郑成功丢失漳州、泉州、潮州等根据地，只能困守厦门、金门等沿海岛屿，粮草匮乏，给养严重不足。
郑成功迫切希望开辟新的根据地，以维持军队的给养，于是郑成功把目光盯上了海峡对岸的台湾。为了获得新的根据地，更为了收复祖国的领土，公元1661年，郑成功亲自率领25000名精锐士兵，发起了收复台湾的光荣战役，经过9个月的艰苦战斗，郑成功大军收复沦陷荷兰38年之久的台湾，台湾重归中华版图，郑成功一战而列民族英雄之列。
郑成功收复台湾后，在台湾积极发展生产，并鼓励大陆移民，开发台湾，郑成功的大军也有了一个稳固的根据地，郑成功试想以台湾为根据地，谋划反清复明大业。可惜天不遂人愿，公元1662年，郑成功在收复台湾后一年逝世，其子郑经即位。同年，南明永历政权覆灭，大明最后一面旗帜永历皇帝朱由榔被吴三桂用弓弦勒死，南明最后的名将晋王李定国闻讯后郁郁而终。这一年，大明彻底失去了最后的希望；这一年恰好是康熙元年，大清国正要步入它的巅峰时代。
康熙二十年（公元1681年），大清王朝平定了历时8年、波及大半个天下的三藩之乱，大清王朝解决了政权内部最后的不稳定因素，再也没有人可以阻挡康熙大帝的步伐。作为一位战略家，康熙深知台湾的重要性，就在三藩之乱结束后的当年，康熙便启用郑成功的部将施琅（郑成功死后，其子郑经猜忌施琅，施琅于是归顺清朝）为福建水师提督，同时任命姚启圣为福建总督，配合施琅收复台湾。姚启圣在福建沿海实施禁海令，切断郑氏集团与福建沿海的联系，此举严重打击了郑氏集团的战争潜力。同时，施琅在福建水师内部实施新的海战训练战法，以适应未来的海战，提升福建水师的海战实力，并打造大批海船战舰，招募熟悉水性的水兵充实水师力量，福建水师的实力得到极大的改观。
康熙二十二年六月十四日（公元1683年7月8日），经过3年的卧薪尝胆，施琅率领一支由24000名官兵、大鸟船70艘、赶缯船103艘、双帆居船65艘组成的庞大舰队，从铜山岛出发，开启收复台湾的战役。施琅击溃盘踞在厦门、金门一带的郑军刘国轩部，刘国轩不得不退守澎湖列岛，施琅尾随追击，至六月二十二日（16日），施琅发起对澎湖列岛的总攻，郑军全面崩溃，歼灭郑军12000人，俘5000余人。刘国轩只得再次率领残部退往台湾本岛，施琅顺利克复澎湖列岛。澎湖海战，清军阵亡329人，伤1800余人，船只无一损失。可谓大胜。
澎湖海战的消息传到台湾，岛内震动。郑军大将冯锡范建议郑克塽（郑经的儿子、郑成功的孙子）逃亡菲律宾，但刘国轩主张在岛上坚持抵抗，双方争执不下。七月十三日（9月3日），施琅率军在台湾登陆，并击败刘国轩残余水师及岸防部队，郑军士气崩溃，大势已去。郑克塽遂于七月十五日（9月5日）向施琅投降，施琅收复台湾全境，台湾正式纳入大清王朝的版图，此时距离大清入关已经过去了整整39年，直到此刻，大清王朝的版图才算是完完整整的。
施琅收复台湾后，大清王朝在台湾设台湾府，下辖台湾、诸罗、凤山三县，隶属福建省。并派兵8000人驻防，设总兵一员，副将二员，澎湖亦派副将一员统兵2000人驻防，台湾重新统一于清朝中央政府的管辖。
