公元十三世纪，忽必烈发兵征伐日本，日本史书称之为“蒙古来袭”或“元寇来袭”。二次伐日，声势之大，兵员之多，失败之惨重，对在欧亚大陆上所向无敌的蒙古军队来说，是元朝外侵史上极少有的。
1206年春，蒙古人铁木真在斡难河源举行大会，被尊称为“成吉思汗”，从此蒙古游牧儿郎，跃马持刀，冲出漠北高原，纵横驰骋于亚欧大陆，战无不胜，攻无不克，横扫千军如卷席，把所有国家都看成黄金家族可以占有的财富。
1227年7月，蒙古人灭西夏。1234年，蒙古军与南宋军联合灭金，蒙古与南宋处于正面冲突状态。1257年，蒙古全面进攻南宋，蒙哥大汗挥师攻四川合州，被守军炮击身亡，蒙古军被迫撤退。1260年，忽必烈即位为大汗，迁都燕京，改国号为元，在对南宋全面军事进攻的同时, 开始觊觎日本。
在蒙古军曾多次出兵攻打南宋均未能得手的情况下，忽必烈认为灭亡西夏、金朝都是采取孤立或骗取南宋的联合进攻而获胜的，那么现在要消灭南宋，也必须采取有效的策略。
策略一是联合当时东邻较为强盛的高丽、日本，灭南宋.
策略二是孤立南宋，灭高丽、日本。
此时的高丽在忽必烈即位前已从属于蒙古，而忽必烈虽多次派遣使者赴日，企图迫使日本称藩臣服、遣使朝贡，但遭到日本的拒绝。于是，忽必烈想通过威胁迫使日本臣服，来支持元朝攻打南宋。软的不行来硬的。在日本屡次拒绝臣服的情况下，忽必烈决意用兵征服日本。
十三世初，日本源赖朝摧毁平氏势力，夺取政权，在镰仓建立幕府，日本从此进入了近700年间的幕府统治时代。发生其间的两次伐日，日本史书分别称为“文永之役”和“弘安之役”。
公元1274年10月3日（日本镰仓幕府文永11年），忽必烈任命风州经略使忻都为东征元帅，高丽军民总管洪茶丘和汉人刘复亨为东征左右元帅，率军3万，大小战船900艘，从高丽合浦(今韩国庆尚道的马山)出发，远征日本。在顺利占领对马岛、壹岐岛后，元军的烧杀抢劫行径激起了日本军民的愤恨，在肥前沿岸岛屿、博多地区(今福冈县附近)等处纷纷各自为战，奋起抗击。幕府向九州地方的御家人下达了动员令，抵抗元军的入侵。
由于日本战法原始，武器简陋，死伤众多，然而日本武士部队的基础是守护地头制（庄头制），这种以家臣私兵主从关系构成的部队，组织巩固，不易溃散，家臣以死于君主马前为荣，战斗顽强，使元军进展缓慢，伤亡很大，兵疲箭尽，再加上疾病流行，元军被迫纷纷离岸登船。当晚，暴风雨突发，博多湾风雨大作，海浪滔滔，元军船舰大部分被风浪所卷，沉没海中，死亡达一万三千余人，为出兵总数的三分之一，大败而归，历史上称之为“文永之役”。
公元1281年，忽必烈第二次出征日本，东路军由忻都、洪茶丘率军4万，兵船900艘，会合高丽将军金方庆统率的高丽军1万，5月初从高丽的合浦出发，攻占对马、壹岐两岛，大肆杀戮。忻都自恃兵力雄厚，不等与南路军会合，也不侦察日军防御状况，就为抢占首功冒然率军，直指九州。先后转战达博多湾、志贺岛、能古岛，都因防守严密，无法攻破。
此时，日本九州的守护部队在总指挥藤原经资和大友赖泰统率下，吸取上次作战教训，学习了元军的战法，集团作战，战术灵活，常驾驶小船夜袭元军的大船，声东击西。元军不习水性，难辨方向，加上天气闷热，瘟疫流行，死者达3千多人。元军学习三国演义火烧赤壁之法，用锁链连结战船，环形相卫，不敢冒然行动。南路军由范文虎率兵10万，3千艘战船抵达平户岛与东路军汇合。日本松浦氏、竹崎季长等豪强武士以数万兵力在壹岐濑河浦与元军遇战。
由于战斗发生在狭长的滩头阵地上，元军不能发挥其所长，却恰好适应了日本武士一人一骑的战斗方式，因而元军伤亡很大。元军由于长期在船上生活和战斗，蔬菜、饮水供应困难，疫病死者有增无减，军心浮动。一夜，突然飓风四起，海啸山震，雷电交加，元军战船大多翻沉，尸体随潮流入港湾，港湾为之堵塞，十万之众得还者只有三人，再以惨败而告终，史称“弘安之役”。
第一次征伐日本发生在灭南宋、统一中国之前，当时蒙古军西征，南伐金朝，东服高丽处处得手，应该说忽必烈是很轻敌的。而出征之前，忽必烈西北平定海都等藩王的武装叛乱，南方攻打南宋襄樊以控制长江中下游，分散了兵力，第一次征伐日本的失败是不可避免的。而第二次征伐日本时南宋已经灭亡，无论是兵力还是物力都大大增强了，但是仍第一次出征一样失败了。
其一，日本的积极准备。日本由于第一次“蒙古来袭”侵扰的残酷政策，使得日本朝野上下震动。当时，日本以龟山上皇为首的皇室和京都的贵族，在强敌压境的情况下，只知道慌慌张张地求神拜佛，和南宋的皇帝及投降派差不多，而以执权时宗为首的幕府和武士。
其一，蒙古人不善海战。骑马战术是蒙古人克敌制胜，纵横亚欧大陆的法宝，而舟师渡海，海风无期，祸害莫测，是号为世界征服者的蒙古人之大忌。忽必烈以为渡海伐日本轻而易举，恰忽略了元军不习水性，不惯海战的弱点。
其二，军兵的内部矛盾。征伐日本的蒙古将领矛盾重重，洪茶丘与高丽军统帅金方庆之间，仇怨甚深，范文虎为南宋降将, 为诸将所轻视，结果元军指挥官间意见分歧，各行其是，指挥不能协调 在半个多世纪的对外征略中，蒙古军队不断收编了大量的各族新分子，他们与蒙古军队素质相异，是被迫当兵或被征调服役, 。特别是宋百姓与高丽民组成的高丽军、新附军，都是被强征来的，甚至有的还被“黥面”充军，蒙元的对外征掠，只能给他们带来灾祸，而非利益，所以许多士兵不愿为蒙元的不义战争卖命而逃遁离队。
其三，日本的顽强抵抗。蒙元入侵，日本举国上下，团结一致，保家卫国，特别是北九洲的人民，为了保卫自己的乡土，坚决地投入了反侵略的战斗。一切军费均由自己负担的日本兵士，参加战斗者竟达四十万人。他们环岸拒守，英勇抗击来侵的元军。镰仓幕府按照军民的意愿，屡次斩首元朝使者，并在取得上次战争经验后作了综合调整，号召军民构筑工事，严阵以待。日本军民昼夜操练，对各沿海要塞倍增警戒，组织“百人决死队”与元军肉搏，所以即使元军有小胜，终未能扩大战果。
其四，内部的反抗频起。为征伐日本，忽必烈征兵、征夫、征粮，民不堪其扰，江南各地起义频发。朝鲜半岛也是爆发了三别朝军的武装反元起义，控制了黑山列岛、济州岛，直接威胁、干扰了元军筹军造船远征日本计划的实施。
其五，两次突如其来的飓风对元兵船的袭击也是一个重要因素。至于飓风，仅是一种自然现象，但日本将此神化为“神风”“八幡宫镝矢西风”“天野明神出阵”等。
由于征日之举，吏民大扰，人民起义蜂起，加之元军征安南战败，忽必烈不得不下诏罢征第三次日本，望洋兴叹道：“今非其时，朕徐思之。”
1274年、1281年, 日本两次成功击溃蒙元侵略军，但也为此付出了沉重的经济代价，导致镰仓幕府灭亡。这两场战争，激发出了空前的民族自豪感与自信心，武士阶级脱颖而出，日本进入了漫长的“战国时代”, 兵燹不休，孕育催生了以菊花与刀为象征的武士文化，从此日本走向了武力扩张之路。
