1402年六月，燕王朱棣攻陷南京，建文帝朱允炆不知所踪。
六月十七日，朱棣正式登基为帝。到七月初一的时候，朱棣废除建文年号，改为洪武三十五年，次年为永乐元年。
明太祖朱元璋年号为洪武，使用三十一年。朱棣延长洪武年号为三十五年，意思是不承认建文帝朱允炆，他就是明朝的第二个皇帝。这还是那个在进入皇宫看着“朱允炆”烧焦尸体，痛哭痴儿的朱棣吗？其实，朱棣从来不是一个心慈手软的人，痛哭无非是作秀罢了。
在篡位之后，朱棣又做了两件事，一是杀戮建文帝朱允炆的兄弟子嗣和旧臣，一是篡改史书。
建文兄弟子嗣和旧臣
朱棣进入南京之后，朱允炆已经烧死于宫中。事实上，这个朱允炆百分之八十没有烧死，而是从皇宫地道逃了出去。朱棣心里也明白，即位后又是派郑和下西洋，又是派心腹走遍各地寻找张三丰，真实目的就是为了追寻朱允炆。
朱允炆虽“死”，但兄弟子嗣还是在的。朱棣对这些有安全隐患的人没有放过，朱允炆三弟朱允熥、四弟朱允熞被废为庶人，禁锢于凤阳，后来朱允熥暴卒，朱允熞也是早早去世；朱允炆五弟朱允熙倒是没被废，但是永乐四年府邸失火被活活烧死。总之，建文帝的三个弟弟就这样莫名其妙地去世了。
朱允炆有两个儿子，分别是朱文奎和朱文圭。长子朱文奎在南京城破后失踪，也有说死于火灾，身为太子的他是永远不可能再现于世的。朱允炆次子朱文圭两岁就被朱棣囚禁，直到朱祁镇复辟才被放出，已经五十七了，而且因为长期禁锢连牛马也不认识。朱文圭之所以能被朱棣留下，恐怕也有朱允炆未死，朱棣掣肘于他的原因。
朱允炆的兄弟子嗣被清除后，就是清理建文旧臣了。这也是很怪异的一件事，朱棣称帝后，建文朝的大批高官出逃，几乎无人依附于朱棣。
这不是很怪异吗？明朝灭亡后，大批官员都投了清朝。这时的朱棣本就是朱元璋的儿子，人家就是家事，大臣竟然都不归顺。难道建文朝的高官这么有风骨？可能是众臣心里也明白建文帝根本没死，不愿意侍奉朱棣这个篡位贼子。
朱棣心里或许也明白，就开始了大肆杀戮。为此，朱棣还列了一个列“奸臣榜”。
何谓奸臣？建文朝的忠臣就是奸臣，死忠者必死。方孝孺宗族亲友死者数百人，还有门生殉难；御史景清被凌迟处死，并实行“瓜蔓抄”，不论亲朋远近，就连左邻右舍也被牵连诛杀；黄子澄和齐泰被杀，株连九族；工部侍郎练子宁被磔尸，族人一百五十一人被诛杀，亲属三百七十一人被戍边流放；礼部尚书陈迪和两个儿子被五马分尸，家人被流放；胡闰被弑杀，连坐死者二百一十七人；监察御史董镛被杀，家族二百多人被流放戍边。
这里只是朱棣杀戮的一部分，建文朝旧臣被灭族的数十人。朱棣更狠的是，建文旧臣的女眷不是发配教坊司，就是给了锦衣卫、浣衣局及习匠、功臣家为奴。尤其是黄子澄和齐泰家族的女眷，朱棣专门吩咐让她们以及后世都在教司坊。后来，直到朱高炽即位，才下诏赦免了建文帝众臣的一些家眷。
另外，《朝鲜李朝实录》里还有记载朱棣连杀三千多宫人。不过，这些记载并不见于中国史书，真实性不可考证，但据《明成祖患病考》所说朱棣此时确实性情狂躁暴戾。
篡改史书
朱棣因为篡位即位，所以对史书记载很是顾虑。
在即位之后，朱棣就开始大肆修改《明太祖实录》等书。建文帝朱允炆的帝号那是绝对不能称呼的，明朝的时候不是称呼建文君，就是直接称呼名字朱允炆。再者朱棣将朱元璋的洪武年号延长至三十五年，完全抹除了建文帝四年，更是销毁了一切真实记载。
抹除建文帝年号和帝号，只是开始。然后，有了这么一段记载：
“先是太祖疾，遣中使召上还京，至淮安，允炆与齐泰等谋，矫诏令上归国。太祖不之知，至是病革，问左右曰：“第四子来未？”无敢应者，凡三问，言不及他，逾时遂崩。允炆矫遗诏嗣位。”
这个记录是说朱元璋病急时，派使者去召朱棣。只不过朱棣到淮安的时候，朱允炆和齐泰等人密谋，假传诏书让朱棣回去了。朱元璋并不知道实情，病危时还在问四子朱棣来了吗？没人敢回应。最终等朱元璋驾崩后，朱允炆又改了诏书，夺了皇帝之位。阴谋篡位的朱棣，转身一变成了正统继承人，朱允炆成了阴谋篡位的贼子。
这个记录简直是可笑，朱元璋对朱允炆的疼爱有目共睹。要不是这样的话，朱棣篡位之后怎么会有一大批死忠于建文帝。其实，朱棣即位后也曾以天子之位安葬朱允炆以证明他死了，虽然最后还是动静大实际没有给朱允炆陵墓，但明显朱棣承认朱允炆的皇帝身份。要是朱允炆真的篡位话，朱棣又何必这样。
更可笑的是，永乐初年有了本史书叫《奉天靖难记》。这本书中燕王朱棣被夸上了天，聪明睿智、仁孝友弟且有文武才，能抚国家。太子朱标和晋王都是被大加抹黑，成了小人。至于建文帝，已经不能说是抹黑了，而是被诋毁成了不忠不孝，骄纵奢侈，贪恋女色的禽兽。至于这本书粗糙不堪的书是谁授意，自然不言而喻，但情节之差但凡看过的人都知道是假的。
正因为朱棣毁灭、修改了建文帝时期的记载，才让这段历史成了谜团。明末钱谦益等人修国史的时候，修到建文一朝时，就伤心的痛哭，实是这段历史虽不算长却没有丝毫真相可证。
永乐大帝朱棣
篡位，嗜杀，篡改史书，这确实是朱棣的一面。不过，朱棣确实属于明朝的明君，也是古代一流的帝王，永乐大帝也不是浪得虚名。
朱棣即位之后，有着不少的丰功伟绩。五征漠北、设立奴儿干都司、营建北京、浚通大运河、郑和下西洋、修《永乐大典》，任何一件都足以为朱棣竖立一座丰碑。
朱棣不是个完美的人，但他绝对是帝王中的佼佼者，他的生平功业也是极其辉煌的，文治武功，堪比汉唐。
