仪鸾司在改置前不过是负责在朝会、巡行时的扈行，还要做好训象所的象奴监管和大象的训练工作。平民出身的朱元璋坚信元朝灭亡的主要原因是官员的腐败和权力的失控，洪武十五年（1382年），仪鸾司变更为锦衣卫，充当为皇权统治保驾护航的“秘密警察”，成为皇帝亲军卫中的十二上直卫之一。
锦衣卫长官称作指挥使，下有指挥同知和指挥佥事，锦衣卫又分南、北两镇府司掌管缉拿和刑狱，专以酷刑镇压贪官污吏，其长官为千户。锦衣卫在监督百官的方面确实起到了不小的作用，它也贯穿了整个明王朝发展的始终。
很多人都只知道锦衣卫当势时的神气和跋扈，对他们的结局倒不甚清楚，也误以为锦衣卫随1644年明朝的灭亡定格于历史长河中。其实明朝灭亡后，锦衣卫仍旧存在了几十年，直到明朝的最后一任锦衣卫指挥使死亡才算延续了二百八十多年的锦衣卫制度真正的消亡。虽然清朝建立初期也延续了明朝锦衣卫制度，但是其职责和权力被大大削弱，名存实亡。
“甲申之变”爆发，锦衣卫指挥同知李若琏死守崇文门，城陷，作绝命词“死矣！即为今日事；悲哉！何必后人知。”遂自缢。明思宗朱由检在李自成破城后自缢于煤山（今北京景山）。清军在吴三桂的帮助下进入山海关，明朝的大多数宗族和文武大臣都逃到了南方。
明思宗的死并不意味着整个明朝政权的消亡，有志气、有实力、有威望的宗室后裔与大臣相继建立起几个流亡政权，为了将它们同朱元璋建立的传统意义上的正统明朝区别开来，后人这些流亡政权合称为“南明”。
其中，由桂王朱由榔于公元1646年年末在广东称帝建立的政权坚持抗清的时间最长，年号为“永历”，故称“南明永历朝”。此时的清军在消灭了其他南明政权后已经占领了中国版图的绝大部分区域，又继续向永历朝发起进攻，为了保护政权，永历朝抵挡不住不得不一路往贵州、广西、云南方向后撤，朱由榔也被戏称为“史上四大跑男”之一。
当时吴三桂带领的清军兵临昆明城下，云南已经是朱由榔的最后阵地，这一战是永历政权能否存续的关键时刻，要投降还是要出国境寻求庇护，朱由榔要尽快做出决定的同时还必须慎重。于是朱由榔决定听听大臣们的意见，其中马吉翔是他最信任的人。马吉翔是从正统明朝投奔到朱由榔政权下并担任永历朝锦衣卫指挥使，也是象征大明帝国锦衣卫制度消亡的最后一任锦衣卫指挥使。
不过这马吉翔可没有已故同僚李若琏一样的品德和气节，早在明朝灭亡前，马吉翔就已经靠嘴舌和金钱拉拢皇帝跟前的大太监高起潜，高起潜走关系让马吉翔随军授职积攒军功。后来明、清战事频发，高起潜害怕清军，时常畏战怯战，等清军屠戮之后，割死尸头颅冒充军功，马吉翔则为虎作伥。
明思宗死时，马吉翔早已被调去广东，明朝灭亡他无处可依，就谎称自己出身锦衣卫世袭之家投奔隆武帝，得锦衣卫佥事职位，加上溜须拍马谄媚逢迎的手段仕途一片大好。后来又听说了永历帝朱由榔在广东继位，又扭头前去投奔，一跃成为锦衣卫指挥使，备受朱由榔信任，权势也更大。
但马吉翔眼里没有君臣忠义只有利益，暗中勾结孙可望架空朱由榔，冤杀朝臣，史称“十八先生之狱”。没多久，孙可望向清廷投降，马吉翔在清军的步步紧逼下决定撤往缅甸寻求庇护，驳回了同行武将提出要坚持手握武器的提议，按缅人要求放下武器入境，不出所料遭到挟制，不过好在并未受到苛待。
但缅人的态度与时局息息相关，当清兵占领明朝绝大部分疆土后，缅人的态度就没那么友好了，缅甸国王遣使者告诉吴三桂，愿以交出朱由榔为见条件，与清军一同攻击掩护朱由榔撤退持兵器未入缅甸的明军。
没几个月，缅甸内部发生叛乱，缅甸国王被弟弟莽白政变击杀，为了让自己继位显得正当，莽白让朱由榔送贺礼以示自己的政治地位获得了明朝皇帝的认同，东奔西逃寄人篱下的朱由榔哪有什么拿得出手的贺礼，以“其事不正”拒绝。明、缅关系彻底恶化，莽白为南明君臣设置了一鸿门宴——咒水盟誓。贪生怕死的马吉翔明知这场渡河赴咒水之约凶多吉少，但人在屋檐下不得不低头。
赴约当日，明方只留了一些宦官、妇女及跛脚的卫兵留守驻地，仅剩的大明君臣到达约定地点等来的不是缅甸国王而是缅甸士兵，一番短暂抵抗和拼杀，明朝仅剩的文臣武将共计四十余人尽数毙命。只会溜须拍马手无缚鸡之力的马吉翔亦横尸当场，剩余的锦衣卫掌事也一并在缅甸做了异国孤魂。
见证了这场虐杀的朱由榔活了下来，因为只要朱由榔活着，那他就是大明的象征，为了利益，缅甸国王莽白自然不会让他死，但这时的朱由榔反清复明的斗志已不复存在。永历十五年(1661年)，吴三桂进攻缅甸并摧毁云南边境剩余明军，缅王将朱由榔献与吴三桂。永历十六年(1662年)，朱由榔在昆明被吴国贵绞死，终年40岁。
