锦衣卫和东厂是明代两大特务机构，虽然它们恶名昭著却被明代皇帝视为心腹，也是维护政权最有力的工具之一。大清入关后，尽管在顺治时期也有锦衣卫这个机构，但其性质却发生了巨大的变化，主要负责一些仪仗方面的事务。这倒不是说清代统治者不需要特务机构，而是不能再走明代的老路，需要有自己的创新。
在发动“靖难之役”夺取了侄子的皇位后，朱棣的精神一直处在高度紧张中，一方面，建文帝未死的流言不是出现，另一方面，朝廷中的很多大臣对新政权并不十分支持。此外，内阁权力逐渐增大，不断与皇室争权。为了巩固政权，朱棣迫切需要一个强有力的专制机构，但他觉得设在宫外的锦衣卫使用起来并不是很方便，于是决定建立一个新的机构。在朱棣起兵的过程中，一些宦官和和尚出过很大力（如著名的郑和、道衍），所以在他心目中，还是觉得宦官比较可靠，而且他们身处皇宫，联系起来也比较方便。
后来雍正帝又给了他们一个额外任务，就是到城里的大街小巷当中探听一些消息，不管什么消息，他都得知道。所以啊，“粘竿处”就是这么来的，其实它还有一个另外的别称，叫“血滴子”，这个大家很熟悉，经常会在影视剧和小说中出现过，但历史上有没有“血滴子”，这个就很难说了，或许有吧，又或许是人为杜撰的。
顺治皇帝虽然年纪轻轻就去世了，但他在位期间，正是清朝由旧时的统治向新制度过度的重要阶段，正是他较为开明的政策才使得他们得以在关内站稳脚跟，并且国运悠长的重要原因。
而朱棣继位以后，对特务机关更为倚重。一来是因为他得位不正，对原本的文臣武将心存疑虑；二来朱允炆下落不明，他担心这个名正言顺的皇帝会东山再起。所以，他办了两件大事，一件就是迁都北京，从原本朱允炆的圈子中跳脱出来，另一件就是不再依赖锦衣卫，而另设东厂。东厂的权力在宦官手中，便于他独立掌握。此时锦衣卫虽然名义上和东厂并立，但实际上却因为和皇帝的亲属，成为了附属关系。
军机处的设置有效的规避了明朝出现的宦官乱政问题。密折制度则始于康熙晚年，在雍正时期得以完善，这既使皇权得以进一步强化，又使得官员之间互相告密，有效避免官员们串通一气欺骗皇帝。
但是清朝不一样了。没有了内外库之分，你的就是我的，我的还是我的。其中最典型的莫过于“和珅跌倒嘉庆吃饱”。这时候，国库成了皇帝的私人钱包，这是封建专制集权的最疯狂体现。
朝廷的臣下几乎都是满族人，是一个即使有一部分汉人也不出台湾的小角色。至少大清初期没有这样的事。也就是说，汉人不进入清朝的核心圈，一直在外面玩。上层核心小组的这些人理解自己的立场。只要让当时的清朝安定下来，自己等人才就会有出路。结果这时的大清是空中楼阁，看上去像在上面，但毫无基础，是个突破性。既然大家都知道自己的立场，他们能死吗？是做大臣和天子争夺权力那样的事吗？只要他们这样玩，天下的汉人就敢和他们一起玩，玩到最后什么结果实在说不好了。而且，这些大臣们也很重视自己难得的特权。
这在明朝以及其他朝代身上都已经得到了验证，可以说锦衣卫这种组织机构，对于维护统治有利有弊，就看统治者自己如何看待。历朝历代的君王都会有替自己打探消息的人，关键就在于这种人一旦摆到明面上来，就会干扰正常的司法程序。如果暗中使用，一来破坏力小了很多，二来能让臣民安心接受。
各地的督抚、提督、学政、驻防将军，布政使、按察使、总兵等等，可以使用密折直接向皇帝上奏。这个制度一方面可以让皇帝直接了解一线地区的具体情况；另一方面，可以让官员之间相互监督，相互约束，让他们成为皇帝的眼睛和耳朵。这和特务机构某种程度上有类似功能。
