仇池杨氏政权自建立、兴盛至衰败虽跨越了三个世纪，几乎可以与整个魏晋南北朝时期相始终。但因其经历了四次的覆亡而非持续不断地发展，且随着国力变化其政治中心不断迁移，加之受到南北政权不同程度的牵制，大致可分为立国前时期、前仇池国时期、后仇池时期、武都国时期以及武兴国和阴平国时期五个阶段。
作为以氐族部落酋帅身份发祥的杨氏政权来说，部落制对其早期的发展壮大起到过重要作用。
早期的部落制
西汉以来，中原王朝在氐羌等少数民族所在之地实行两种不同的行政管理制度：一种是与逐步形成和确立的中央集权制遥相呼应的郡县制，以加强中央对地方的控制，主要管理汉及从事农业经济的少数民族。
另一种则是道制，专门用来管理少数民族事务。所谓道制是以少数民族原有方式来组织和管理少数民族聚集地区。汉武帝元鼎年间以后，汉王朝将南越、西南夷等大片少数民族聚集区域纳入统治范围，此时设道管理的办法已无法适应新的情况。
因此，在以上地区设置初郡代替道，而在初郡内部仍然保留了少数民族原有的统治方式和机构，由初郡的制度可以推想，道与县的最大区别在于行政制度，道以下不设如同县一样的下级行政机构，如乡、里等，以少数民族原有的组织方式对其进行管理，而此时少数民族大多以部落兵制统治部民。因此，仇池杨氏政权早期是以部落形式来组织和管理这里的氐羌等少数民族的。
另外，其政权初期统治者的自号及中原王朝对他们的封号亦可为其政权部落制的存在提供佐证。杨千万被魏封为百顷氐王、杨茂搜“自号辅国将军、右贤王”、晋愍帝封其为“骠骑将军、左贤王”、杨难敌自称左贤王，杨坚头自号右贤王。
“氐王”、“左贤王”、“右贤王”等诸如此类的称号，部落酋帅色彩较为浓厚，作为他们自立的称号，说明其政权组织管理形式并未完全脱离部落形式。
而作为文明程度较高的中原王朝，在赐号之时则亦以“骠骑将军右贤王、征东、征南将军”等号封之，则体现了中原王朝对待来称藩或征服的少数民族部落依其旧俗，即原有的组织形式来管理其内部事务的政策，这恰恰证明了在仇池杨氏政权早期很长一段时间部落制的组织形式是存在的。
自杨初以后，其统治者称号中的刺史、太守等则说明随着民族融合的进一步发展，这一地区氐羌等民族逐渐汉化，部落制逐步消亡，而郡县制逐渐成为其政权的主体组织管理方式。在这一过程中，部落制的消亡与郡县制的实行都不可能是一蹴而就的，二者均有一个发展演变过程。
郡县制的废除与护军制的施行
原本自杨定开始，郡县制已经取代部落制而成为仇池杨氏政权主要的组织管理方式。杨盛却一反前制，彻底废除郡县制，在其国境大力推行护军制。那么杨盛为什么要这么做呢？主要是由以下几个方面的因素决定的：
第一，杨盛时，在仇池杨氏统治下的人口的民族成份日趋复杂，需要可以适应这种复杂情况的制度来解决这些变化所带来的问题，在这种情况下，护军制是最好的选择。仇池国的疆域自古以来就是氐羌等少数民族聚集的地区，但是随着各代不同规模的战争移民，使这一地区的居民的民族成份不断发生着变化。
早在东汉末年建安年间，兴国氐王阿贵和仇池百顷氐王杨千万各率部落从马超为乱，时正值关中大乱，茂搜采取优抚政策，关中人士奔流者多依之。这就使其统治区迁入大量的汉族人口。
在前仇池国灭亡之时，前秦于晋咸安元年，遣将杨安攻伐仇池，徙其民于关中，空百顷之地。粗略计算大概有万家之口被徙居关中。古代社会衡量一个国家的强盛程度，其所控制的人口数量往往是一个极为重要的指标，更何况是像十六国时期各族政权纷争之时，人口数量同时也是其军事力量的评判标准。
这些人口被大量往外迁徙对仇池氐杨政权的影响极大。因此，增强国力，增加人口是重中之重。杨定自高盖处逃归陇右后便“招合夷、晋，得千余家”，这里的“夷”应是世居其地未被迁出的包括氐羌在内的各少数民族，“晋”自然是对汉人的统称。
除了招降以外，杨氏主要以战争征服周边各族以充实人口，增强国势。杨盛时，仇池杨氏辖区内的人口数量因自然繁殖和战争迁入而大量增加，但人口的民族成分却渐趋复杂化。
那些被迁出的人口多为汉、氐、羌豪右及从事农业经济的少数民族，而招纳和降服的又多为非农业著籍人口，且多保留着部落形式，经济发展水平良莠不齐，使整个辖区的经济形势更加复杂，原有的郡县制已无法有效地组织和管理这些人口。
护军起初是作为管理少数民族事务的机构出现的，在这种情况下，采用护军制无疑是最好的选择。
第二，受前秦的影响。十六国时期的前凉、前秦、后秦、西凉、北凉、西秦、赫连夏等政权均在不同程度上施行了护军制。其中对仇池杨氏影响最大的要数苻秦政权，前秦在其境内曾设八护军统民。
这些护军除了统领驻军戍守地方外，又有管理民政事务的职权。如前秦的抚夷护军，从“抚夷”一词字面理解应是用以专治少数民族。当然，也有可能是直接继承了前秦的护军制。
第三，杨盛时处于仇池国重建的初期，国内外形势均较为严峻。杨定于东晋太元十年（公元 385 年）重建仇池国，九年后即被西秦乞伏乾归所杀。杨盛继位时，国内外局势未稳，急需巩固，实行护军制可以在很大程度上暂缓这种紧张局势。
杨盛时仇池国所面临的外部环境较为恶劣，北有后秦的屡次攻伐，西有西秦的不断进攻，南有东晋王朝的震慑。又恰值复国之初，仇池国此时尚未完全立稳脚跟，杨定时拓展的疆域领土需要巩固，肩负能够使仇池国继续立足于南北间的使命。这对军事力量提出极高的要求，而护军制这种以军统民，战时全民皆兵的制度在这个时候就显示出其优越性。
此时，仇池国的内部环境形势也不容乐观。自仇池立国后，统治集团内部矛盾重重，相互攻伐，宗族内部倾轧、夺权常有发生，归根结底是由于其宗室子弟均有自己的部曲、军队，待各部势均力敌时，就会出现互不相服的情况，最终导致宗室倾轧、夺权。
如杨茂搜卒后，杨难敌与其弟杨坚头就分领部曲，各屯驻地；后杨初之所以能“袭杀”杨毅夺权成功，说明杨初也有自己的军队和部曲。
而这在另一方面又为护军制的全面推行提供了便利。因为驻守地方的守令可以统领军队，战时可以随时随地地组织军队进行抵抗，这一传统就为后来要实行的护军镇戍制度奠定了基础。
况且，前仇池国灭亡之时，前秦将其境内的农业人口大部迁出后，至杨盛时期，国家可以掌握的著籍农业人口寥寥无几，郡县形同虚设，在这种战乱频仍的年代，地方长官可以镇守一方的职能显得更为重要，对于这种情况，护军制较之郡县制更能适应。
杨盛全面施行护军制的影响
任何一种制度的消亡必是一个漫长的历史过程，护军制也不例外。如上文所述，杨盛因受仇池国所处严峻的外部环境、内部民族成分逐渐复杂化以及政权统治阶层内部矛盾斗争日趋激烈等各种主客观因素的影响，在境内全面推行护军制，以图强盛。
随着客观历史环境的发展变化，这一制度已亦不能适应不断变化的状况，杨玄时可能继承了这一制度，至杨难当时，随着宋魏对这一地区的争夺日渐激烈，护军制覆盖全境的局面被打破，杨难当降魏后，北魏依其具体情况在这里同时实行镇戍制度和郡县制度。
刘宋王朝则推行郡县制对其控制下的部分仇池国域进行统治管理，而这些行政区划基本上是以仇池旧制为基础的。北魏在击败刘宋独占仇池后，因仇池旧制在此地置镇。
首先，设置仇池镇，以统辖整个仇池地区。在官员配置方面，以镇都大将（同时兼任秦州刺史）为首，配给镇将、副将等管理人员。
其次，除仇池以外，又置建安、修城、固道、武兴、葭芦、武都诸镇，隶属于仇池镇，与郡同级。为了更好地统治这里的氐羌等民族，拓跋魏多以仇池杨氏宗族人员担任镇将。
至西魏北周时，这些镇逐渐被废，均以州郡代之。其中，修城镇改为修城郡；武兴镇则改为东益州，后又改为兴州。
在以镇戍制度管理的同时，北魏王朝又重新在这里推行郡县制，在仇池境内设置广业、广化、阴平、平武、白水等郡，郡守亦多以杨氏后裔为之。
