这其中的原因，还得从土木堡之战后说起，源于他无意间说的一句话：
当时英宗被瓦剌俘虏之后，瓦剌首领也先大为兴奋，想到这下可弄到一个“摇钱树”，于是多次派人往明庭索要巨额财物，前几次都如常所愿，直到有一次也先又派人来要钱，于谦这时候说了这样一句话：
后来大明另立新君，这个时候瓦剌的首领也先觉得英宗在自己手里成了一个烫手的山芋，杀又不敢杀，放又不能放，现在大明又有了新皇帝，不能像之前那样肆无忌惮的索要财物，索性就让大明迎回了英宗皇帝。
英宗回朝后不久，就在徐有贞和石亨的帮助下复辟，重新登上了帝位。这两个人与于谦都曾有过矛盾，此时仗着迎立新皇的功劳，在英宗面前将于谦当时无意间说的那句话添油加醋的描述了一番，说是当时满朝文武都同意迎回您，就于谦一个人不同意，不光如此，二人还诬陷于谦，说他想谋立襄王的儿子为皇太子，英宗听后大怒，下旨将于谦等一干人斩首于东市。
于谦被杀后，朝廷下旨抄没他的财产，官差翻遍了这位原先的朝廷大员的府邸，却没有发现一点多余的财物，屋里屋外都堆满了各种书籍，中间正屋里有一个大铁箱锁的很严实，官差们打开一看顿时愣住了，里面都是英宗当年所赐的各种物品，如帽子衣带等等，都被叠的整整齐齐的收藏其中，也不知道英宗如果亲眼看到这一幕，会作何感想？
