在朱元璋称帝前后，对于把都城建在何处是有很多想法的。例如南京起初只是临时都城。首先要被做成都城的开封、汴梁。但考察之后认为开封已经荒废，所以才临时定都南京，并将开封称北京作为陪都，洪武十一年后废止陪都地位。
清朝对朱元璋形象的回护，使其阉割《明太祖实录》
临时定都南京后，朱元璋又想把都城定在濠州，也就是凤阳地区。洪武六年以后，许多国家级的礼仪都迁到了凤阳。最终才无奈正式定都应天，洪武十一年正式称京师，这一年南京首都地位才巩固。
许多人都说《明史》是清朝污蔑明朝的，但实际上，清朝对朱元璋的回护之处是很多的。《明史》把南京和凤阳（濠州）并列第一的选择，根本就没提北京。但实际上比《明太祖实录》还早的《皇明宝训》（朱元璋在位时亲自主持撰写）中的相关言论和《明史》大为不同。
在《皇明宝训》中，朱元璋认为今天的北京是“若就建业北平现成宫室，虽曰暂省民力，然皆地非中土，亦非长治久安之道。”。
朱元璋的这句话，是在“元朝降臣”提议后说的。在定都问题上，朱元璋请“元朝降臣”提供建议。到了《明史》那里，“元朝降臣”成为“老臣”。
最能证实朱元璋心里话的《皇明宝训》
《皇明宝训》分两种，一为洪武七年版，由翰林学士詹同﹑侍讲宋濂等编成《大明日历》。朱元璋乃复命二人辑为《皇明宝训》﹐使“历代宝之﹐用为大训”。书成五卷四十类。也就是说：“宝训”是作为“皇帝规则”传留下来的，是“实录”的底本。
帝曰:‘汝等所言诚善，然咸阳洛阳周秦汉魏隋唐亦尝定鼎于是，北京（开封）乃五代赵宋之京邑，诚皆可都，但丧乱以来，各部义兵互相仇杀多历年所，中原生齿百不存一，若朕建都于彼，钱粮力役尽资江表，使江表人不堪命，朕悉忍为之；若就建业北平现成宫室，虽曰暂省民力，然皆地非中土，亦非长治久安之道。
朕谓临濠（凤阳）前江后淮，以险可恃，以水可潜，汝当为朕图之。
朱元璋对凤阳一直十分怀念，经常下旨免税，洪武十六年他最终下旨：凤阳府永远免赋役（洪武初年免十年）。
凤阳定都计划实施
凤阳定都计划是从洪武二年开始的，朱元璋命令从江南、山西迁有钱人来调动当地经济发展。建皇陵、大兴土木，调集全国的工匠修建皇陵、宫殿等大规模工程。但问题是，这些移民们没有工钱、赏钱，工作又累结果放入各种镇物。
到了洪武八年工程建设完工，朱元璋甚至准备正式将都城从临时都城迁到凤阳，还为此发布了诰书。
李善长告密，凤阳定都计划流产。薛祥救下铁匠、石匠，所有木匠被杀
就在这时李善长突然上报：听说建造工人因为对工作太苦、太义务（没钱）非常不满，他们下了各种符咒、镇物，中都住不了了。朱元璋一听非常愤怒，连忙派人调查，果然发现了不少镇物。
朱元璋为此大怒，要将参加修建中都工程的工人们全部杀死。就在这时，薛祥（他是俞通海、廖永安的手下，因此，属于海上反元武装）说铁匠、石匠皆不会参与此事，因此，使几千名铁匠、石匠活命。
可惜，木匠活不了了。木匠应该是多数吧，总有数千人。
《凤阳新书·薛祥面折》载:薛祥，庐人，工部尚书。洪武七年，同李善长督建城池宫殿。李善长奏凤阳宫殿人匠厌镇，薛祥面折曰“太师一言坏天下人若此，恐不利于子孙。”乃拣交替不在工者，并铁、石匠不罪，盖蒙其奏活者千数人。
凤阳虽然没有成为都城，李善长、刘伯温等人心满意足了，但却让朱元璋很不满意。对他们更大的惩罚马上就要出现！这就是“明初四大案”。
从行政区划与涉案人员看：朱元璋“空印案”死不了几万人
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朱元璋亲写《大诰》警告官员和百姓：无论是谁都得听话
