三国两晋南北朝时期，佛教和道教得到广泛传播，尤以佛教为盛。汉末以来的长期战乱和儒家学说独尊地位的动摇，为佛教的流传提供了良好的时机。佛教宣扬的灵魂不灭、生死轮回、因果报应之说，适合当权者加强思想统治的需要，也为处于苦难中的广大人民指引了一条精神上的自我解脱道路，因此佛教迅速发展起来。
这一历史时期，由于统治者的大力提倡和中外经济、文化交流的发展，涌现出不少名僧，翻译和整理了大量佛教经典，并撰写了许多佛学著作，发展了佛教思想，也使外来的佛教在传播中开始走上中国化的历程。
西晋时，竺法护遍游西域诸国，收集到大量梵文和西域文佛经，回内地后潜心翻译，译出百余部经典，对佛教的流传起了很大作用。魏晋时期兴建了许多寺院，信奉佛教的人增多，上自王公贵族，下至庶民百姓，以至边疆少数民族，都有大量的崇佛诵经者。
自汉代以来不许汉人出家皈依佛门的政府禁令从此被正式取缔，佛教在北方更为迅速地发展起来，佛图澄的门徒就有上万人，各地兴建的佛寺近千所。佛图澄的弟子道安在前秦组织僧徒传播佛教，主持翻译和整理大量佛经，并编成《综理众经目录》，还制定出僧徒的戒规，为各寺院所取法。
北朝时期，除北魏太武帝拓跋焘和北周武帝宇文邕两度毁佛外，其他统治者都大力提倡佛教，致使佛寺遍布各地，僧尼多到惊人地步。北魏时有佛寺3万余所，僧尼200余万。由于信奉佛教的人越来越多，特别是出家的僧者甚众，所以后秦姚兴开始设置僧官，管理僧众。北魏时，僧官制度发展完备，从中央至州、郡、县以及各寺院都设有僧官，形成了一套完整的佛教管理系统。
这一理论的核心是善恶相报：“一曰现报，二曰生报，三曰后报。现报者，善恶始于此身，即此身受。生报者，来生便受。后报者，或经二生三生百生千生，然后乃受。”慧远宣传的因果报应论，把佛学思想中国化，增强了佛教的吸引力，因而也得到统治者的大力支持，使佛教更为盛行。
梁武帝萧衍是南朝帝王中佞佛的典型代表，他不仅敬重僧侣，大造佛寺，还亲自讲论佛法，著译佛经。他为严格戒律，反对食肉，撰写《断酒肉文》，强令僧尼一律遵守，从此形成中国汉族僧尼吃素的传统习俗。
在佛教思想方面，梁武帝倡导三教同源说，他把老子、周公、孔子都说成是如来佛的弟子。因为佛祖如来和老子、孔子是师徒关系，所以儒、道二教便都来源于佛教。不过他在治国时还是三教并用，并且以儒学为主，佛、道为辅。所谓三教同源于佛教并以佛教为中心，实际上指的是已经儒学化与玄学化了的佛教。
三国两晋南北朝时期，伴随着佛学的传入和流行，也带来了西域、印度的文化，这对中国语言学、雕塑艺术以及天文学、医药学等产生了一定的积极影响。但是，佛教的流行也给社会带来严重的危害。历代统治者广修寺塔，施舍钱财，耗费人民的大量血汗。同时，在佛教的影响下，鬼神迷信思想大肆泛滥，因此一直有人进行反佛斗争。其中，真正从理论上给佛教以沉重打击的是无神论者范缜。
梁武帝时，组织王公朝贵60余人，写出75篇宣扬神不灭思想的文章，对范缜发动了一次大规模的围攻。范缜勇敢地接受挑战，写出《神灭论》，在论战中"摧辩众口，日服千人”。
范缜在《神灭论》中，针对佛教宣扬的人死之后灵魂离开肉体而独立存在的谬论，提出"形（形体、物质）神（灵魂、精神）相即"的观点，认为“神即形也，形即神也。是以形存则神存，形谢则神灭”。
这就是说，人的精神离不开肉体，肉体衰亡，精神也随之消失。范缜还进一步提出"形质神用"思想，认为“形者神之质，神者形之用，是则形称其质，神言其用，形之与神，不得相异也"，即是说肉体是精神存在的依据，精神是肉体所表现的作用，二者是统一的，并且互为依存而不能割裂的。
范缜还认为人的精神活动是以人的生理器官“心”为基础的，而不是灵魂作用的结果。他把人的精神作用分为深浅两个不同的层次，“浅则为知，深则为虑”，人的眼耳口鼻等“七窍”只有感受痛痒的“知”，即知觉、感觉；而“心器”则有辨别是非的“虑”，即思维、判断。这说明人的精神是建立在人体器官这种物质之上的，从而进一步戳穿了佛教宣扬的形神分离、形亡而神不灭的观念。
范缜的《神灭论》不仅把反佛斗争推向了高潮，而且将中国古代无神论思想体系发展到新的阶段。当然，范镇的思想也有其局限性，如他把人的富贵贫贱归结为偶然际遇，还认为人的聪明才智之不同是由天赋形质的优劣所决定。
