明朝将蒙古人赶到漠北，然而北元还不打算服输。太子爱猷识理答腊即位之后，不但拒绝了朱元璋的招降，还选用了一个非常雄心勃勃的年号——“宣光”。这两个字取自杜甫《北征》诗
“周汉获再兴，宣光果明哲”一句，不加掩饰地显示出了爱猷识理答腊意图如同周宣王、汉光武帝那样实现大元中兴的意图。
明朝对此不能熟视无睹。1372年（北元宣光二年，明洪武五年）正月，明太祖兵分三路，共15万骑兵分进出征漠北、河西，意图歼灭王保保，“永清沙漠”，彻底肃清残元势力。
面对明军空前规模的攻势，王保保拯救了岌岌可危的北元。他派遣游骑诱敌深入，成功包围并重创了明军主力名将徐达率领的中路军。明军被困月余，直到五月上旬才得以突围，却已折兵损将数万人。此役是为明军与北元军作战数年来首遭惨败，也意味着节节败退的北元终于稳住了阵脚。
可惜，较之如旭日东升的大明王朝，北元终究已是夕阳西斜。爱猷识理答腊1378年去世，庙号昭宗，能够平安度过余生已属不易。其子（一说为其弟）脱古思帖木儿（年号“天元”）即位后，形势再度急转直下。1381年，明军攻占云南，北元梁王自尽。1387年，明军兵发辽东，北元太尉纳哈出率众20万出降。纳哈出是成吉思汗麾下名将木华黎后裔，辽东方面的地方实力派。他的投降等于斩断了北元朝廷的左臂，使东北地区北元与明朝的力量对比发生了根本的变化。纳哈出刚刚降伏，朱元璋便决定立即乘胜出击，一鼓作气翦灭北元——“肃清沙漠在此一举！”
洪武二十一年（1388），大将军蓝玉率15万之众，出大宁（今内蒙古宁城一带），到达庆州（今内蒙古巴林左旗西），侦察得知脱古思帖木儿就在捕鱼儿海（今贝尔湖）、克鲁伦河一带游牧。四月，蓝玉指挥明军从间道驰进，穿越沙漠，直捣脱古思帖木儿老营。当时捕鱼儿海一带大风扬沙，遮天蔽日，当蓝玉指挥明军发起突袭的时候，北元军队仓促应战，被明军打得落花流水。脱古思帖木儿仅率数十骑狼狈逃跑。明军招降部众7万余人，并获马驼牛羊15万匹。
眼看北元大势已去，明军班师回朝途中，军行所至，生活在今天东北的一些蒙古部众相继归降。明廷在当地设泰宁（起初在今洮儿河畔洮南地方）、福余（起初在今瑚裕儿河、绰尔河之间的齐齐哈尔方面）、朵颜（起初在今绰尔河与嫩江交汇地区）三个羁縻卫所，称为“兀良哈三卫”。他们在形式上内附明朝。明人则称三卫是“不能绝，亦不可绝”的耳目和藩篱。
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