王安石的变法改革，虽然是在宋神宗强有力的支持下，才能陆续推行，但宋神宗本人却既想通过变法改革以达到富国强兵，改变真宗末年以来形成的积贫积弱政局；又在遇到保守派对新法的攻击时动摇不定，有时甚至显得无所适从，意志并不十分坚定。几乎每一个重要新法的制定与推行，宋神宗都要经过一个从赞成到动摇、再到坚持推行的过程。
王安石不得不为此花费极大的精力，从理论到事实的各方面来说服宋神宗进行变法改革。只是出于宋王朝在经济和军事上的重重危机，以及宋神宗对财政入不敷出的窘迫境况，军事上受制于辽朝、甚至受制于名义上臣服小国西夏的尴尬境地深感不满，改革才得以继续进行。宋神宗的动摇不定往往是发生在新法遭到激烈反对之时，这尤其反映在损害城乡高利贷者利益的青苗法和损害皇亲国戚及官僚既得利益的免行法施行时。
熙宁二年九月推行青苗法后，随即遭到保守派的强烈攻击，不仅在朝的司马光、范镇等人，在外的三朝元老韩琦、富弼也群起反对。当时任判大名府的韩琦不仅在他的管辖区拒不推行青苗法，甚至不惜采取“自讽谕诸县言，百姓皆不愿投状”请贷青苗钱的办法，以及放言青苗法是官府放高利贷，遇到荒年即会亏蚀官本等。
王安石据理反驳，但神宗仍动摇不定，以致王安石说：“臣论此事(指青苗法)已及十数万言，然陛下尚不能无疑。如此事尚为异论所惑，则天下事何可为?”次日即称病在家并请求解除政务，随后即发生了司马光在代拟敦促王安石到政府办事的诏旨中，故意激怒王安石的事件。宋神宗在亲笔信中向王安石致歉，之后在接见王安石时又说：“青苗法，朕诚为众论所惑”，反映出宋神宗当时的真实思想。只是在“寒食假中静思，此事一无所害，极不过失陷少钱物尔，何足恤！”
王安石又解释不会失陷钱物之后，才又继续推行青苗法。而市易法、免行法的相继施行，侵犯了皇亲国戚的既得利益，于是内有后官的后妃，外有保守派官僚两方面的攻击。如神宗皇后向氏的父亲“向经，自来影占行人，因催行免行新法，遂依条收入”(指将影占的行人按照免行法归属有关行会)。向经也曾依仗特权“以牒理会”，但(行会)“不见听从”。
又如太皇太后(仁宗后)曹氏之弟“曹佾赊买人木植，不还钱”，太后派往修建曹佾住宅的内臣冒充曹佾家的办事人员投“状云，被市易强买已定下木植”，诬告市易司。皇后等为了自己亲属的利益“乃至泣下”，向宋神宗哭诉。改革派内部的一些人，看到后宫的态度已影响到神宗支持改革的决心，如改革派主将之一的曾布，就联合创议市易法的魏继宗，攻击推行免行法的市易司。
适逢春旱，太皇太后曹氏及神宗的生母皇太后高氏，“又流涕为上言新法之不便者，且曰：王安石变乱天下”，神宗在两宫的强大压力下，即命王安石修改新法，以符合皇亲国戚及保守派的要求，而且他对新法也产生了怀疑，王安石只得恳请辞相。
