建文帝朱允炆是历史上一个很有争议的皇帝，他的个性和他在位时的国内发展情况现已无可信材料可查，因为朱允炆时期的档案文献和起居注记录全遭毁灭，而私家记述又概遭禁止。
但一些旁史杂记中记载：年轻的建文皇帝书生气十足而又温文尔雅，他继承了他父亲的温和、宽慈的脾性。他腼腆，且又毫无国政经验。且不说和他的祖父朱元璋相比，甚至比起他的雄才大略的叔父们，他也没有那种处事的果断和坚强的性格，甚至也没有做一个合格皇帝的能力。
因为这位年轻皇帝的温顺性格和儒家教育，他衷心向往的是实行理想的仁政。他在处理国事时努力实行一些较大的变革，比如削藩，但这些变革却招致了灾难性的后果。
建文二年八月，燕王朱棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧 ”旗号起兵“ 靖难 ”。史称“靖难之役”。朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对峙。在叛乱开始的时期，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有十万人，除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。
南京的建文朝廷有一支数倍于燕王军队的常备军，拥有全国的经济，并且已经废除了几个藩国。但燕王的领导能力、高素质的军队却非朱允炆可比。随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部不团结的缺点严重影响了战局。直至节节败退，许多将领投降了燕王。
建文四年六月，燕军渡江直逼南京城下，谷王朱橞与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。燕兵进京，在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。
但朱允炆的下落终成为一件悬案。谁也无法证明他是否真的被烧死了。当时官方的记载当然只能说皇帝及其长子已死于难中。否则，燕王朱棣就不可能名正言顺地称帝了。
后来对他的帝业抱同情心的历史学家们都说他乔装成和尚逃离南京。朱允炆最后的真正命运仍然是一个谜。
据说，朱允炆逃离京城后，颠沛流离，千方百计逃避追杀，后隐居于古庙、佛堂中，诚心向佛，终了一生。（最有可能的结局）
朱允炆在当皇太孙时，太祖朱元璋曾出上联“风吹马尾千条线“，要他和燕王朱棣对下联。朱允炆对曰：“雨打羊毛一片膻“朱棣则对曰：“日照龙鳞万点金“。从中也看出了朱允炆的懦弱平庸和朱棣的雄心壮志。太祖驾崩后，朱允炆的江山终究被朱棣所得。而上面的对联却成为二人命运的谶语。
多年以后，朱允炆触景伤情，咏联一副：“家从京畿而来，回首五岳峨眉，此等山川甲天下；帝似尧舜以后，伉怀秦皇汉武，如我王孙旷古今。“这既是对美丽风光的衷心赞美，也是对自己一生坎坷命运的高度概括，更是对无奈现实的宣泄、壮志难酬的遗憾的真实写照。
