靖难之役后，朱棣做了皇帝，然而他的皇位在当时的观念里是不具有合法性的，他清楚，百姓们更清楚，再加上朱允炆莫名的失踪，让他一直有一种不安的感觉，于是重新恢复锦衣卫制度，一来可以抓捕对自己不满的人，二来寻找朱允炆下落。
造成锦衣卫总是为什么沦为东厂的附属机构的一个人就是当时的锦衣卫指挥使——纪纲。纪纲跟着朱棣反叛朱允炆，朱棣即位后，他就成为第一任锦衣卫指挥使，典亲军并掌诏狱。
他利用朱棣对他的信任，就开始肆无忌惮，利用手中的权利，排除异己：派人将解缙弄到雪地里活活冻死；和他争美女的阳武侯薛禄被纪纲用铁瓜打得脑裂。不过这个人更过分就是让人呼他为万岁，在朱棣面前上演“指鹿为马”。
纪纲版指鹿为马：某年端午节时，永乐帝招待群臣吃饭，效仿曹操组织射柳比赛。纪纲为了看看群臣是不是都怕自己，就故意没射准柳枝，但是命令下属将柳条折下，大声呼喊说他射中了，然而群臣中有没有敢站出来纠正的。
于是，他也就做起皇帝梦，在家里多蓄亡命之徒，造很多兵器，准备谋反。然而，他被人举报图谋不轨。朱棣回想他做的种种事情，也给自己带来恶名，于是将纪纲凌迟处死，把他全家男女老少发配戍边。
朱棣后来意识到锦衣卫之所以无法无天，是因为没有人监视他们，于是，为了方面使用和监视锦衣卫，朱棣设立了由宦官掌权的东厂，而后陆陆续续有宦官专权，锦衣卫沦为东厂的附属机构。
