朱允炆是朱元璋的孙子，懿文太子朱标的第二子，朱元璋死后登基，史称建文帝。后因削藩致使燕王朱棣谋反。建文四年（1402）六月，朱棣率兵占领南京城，建文帝朱允炆阖宫自焚。但在其死后不久，关于建文帝从皇宫密道出逃的传闻便在朝野内外悄悄地传开。
也有传言说，建文帝逃离皇宫，欲与众大臣相约起兵。但不防有人向朱棣告密，朱棣一怒之下便大肆屠戮建文朝旧臣。
后又有民间传言，建文帝逃亡海外。朱棣于是命太监郑和率领船队出海寻找。
正统五年（1440），有和尚自云南来到广西思恩府，称自己是建文帝。土官知府岑瑛将其送至总兵官柳溥处，然后械送至京。明英宗命三法司会审。经审讯，此人名为杨行祥，河南钧州人，洪武间剃度，历游两京、云南、贵州至广西。明英宗于是将其关入锦衣卫狱，四月而死。
万历初，明神宗朱翊钧对建文之事非常好奇，便询问张居正建文帝是否逃免。张居正答道：“此事史书中没有记载，但是前朝口口相传，当靖难军入城后，建文帝即削发为僧，从小道逃出。此后云游四方，不知所踪。正统间，忽然在云南一酒楼墙壁上题诗，其中有‘流落江湖数十秋’之语。恰逢一御史在旁，察其有异，便询问其身份。老僧坐地不跪，只说：‘我想埋骨故国。’后经多方查问才知是建文帝。于是便将此事上奏。英宗命人将其送至北京。入宫之后一查，果然是建文帝。此时他已七八十岁了。至于后来如何，便不得而知了。”
建文帝为了后世名声，在靖难之役时一直告诫属下，不要使其负杀叔之名。朱棣正因此言多次得以逃出生天。同样的道理，朱棣也非常在乎自己的名声和后世史评。他不仅不想负杀侄之名，更不想在史书中成为一个违背祖训的人。
朱棣发起靖难之役时，打的是“清君侧”之名。所谓“清君侧"指的是清除皇帝身边的奸臣。他自己也时常这样对臣子说，如“朕初举义旅，清君侧之恶，罪止奸臣数人。”他自称的“义旅”是与朝廷中的“奸臣”相对应的，而不是针对王位上的皇帝而言的。
朱元璋封诸子为藩王，是希望他们能相互扶持，共保大明王朝长治久安。因此，他在祖训中单独列出一条通过藩王监督朝廷的规定，以防止因朝中有奸恶之人导致王朝覆亡。这条规定也是朱棣发兵的道义所在。其文如下：
“如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命。天子密诏诸王，统领镇兵讨平之。既平之后，收兵于营，王朝天子而还。如王不至，而遣将讨平，其将亦收兵于营。将带数人入朝天子，在京不过五日而还。其功赏续后颁降。”——《皇明祖训·法律》
朱元璋对于“清君侧”的定义：如果朝廷有奸恶之臣，亲王要整兵待命；在接到天子的密诏之后，统兵讨伐奸臣；讨平奸臣之后，立刻将兵收入大营，只身一人上朝参拜天子；参拜之后，立刻回返封地；如果不方便可以派遣大将来，要求也是一样；功劳赏赐随后再颁至其藩国。
这才是真正的明朝版“清君侧”。而朱棣虽然号称发兵讨伐奸臣，但是一没有接到天子的密诏，自行发兵；二直接率军进入南京城；三是不仅没有以礼参拜天子，还逼的天子阖宫自焚。单纯从这个角度看，朱棣已然完全违背了祖训。
朱元璋吸收元朝灭亡的教训，大力分封诸子为藩王，但是同样担心汉七国之乱的重演，骨肉相残，仇者快，亲者痛。所以他告诫藩王不要妄窥皇位。
他在《皇明祖训》中讲到：古代妄窥皇位者，无一不是自取灭亡，甚而连及朝廷一起覆灭；藩王与天子本是至亲，或因自己不守本分，或因有奸人从中挑拨，导致自家人不和，而外人趁虚而入，英雄便得以有夺取天下的机会；不管是天子还是藩王，只要一方有失，就会造成这样的祸事；希望天子与藩王遵守祖宗成法，不要违背亲亲之义。
朱棣的行为本质上就是在妄窥皇位，本身即是在谋反。而且他逼死了建文帝，更是违背了亲亲之义。这与祖训的要求恰恰相反。
他先是命人重新编纂《明太祖实录》，将其正直、能干、坦荡、得太祖欢心等正面形象贯穿于整个实录，并重新论说其靖难之役的整个过程，极言其正义及对亲亲之情的顾念。其中对朱允炆自焚一事，是如下说的：
在靖难兵将进入南京前，方孝孺曾经向建文帝建议如果南京失守可以先去蜀地即四川布政使司躲避，然后召集义兵，徐图谋复。后来朱棣将进入南京城，诸王及文武群臣、父老一起朝见建文帝，建文帝宣布说准备跟大家一起到城门口迎接燕王进城。之后便将众大臣遣散，独留几个太监在殿中。他在殿中来回踱步，觉得心中甚是惭愧，便对太监说：“我有何面目与叔叔相见啊？”于是最终决定阖宫自焚。朱棣恰恰于此时进城，看到皇宫中起烟，心中感觉不妙，急忙派遣太监去救人。等到太监来到殿前，已经来不及了，他便只得将朱允炆的尸体从火中抬出，并将此事报告给朱棣。等朱棣听到这个消息时，大为悲恸，哭言道：“痴儿，我是来辅佐你的啊！你竟然不见见我，不了解下我的心思，就这样自寻短见了！”这时看到被侍卫捉拿起来的方孝孺，大怒：“都怪你，看你做的好事，一定不让你痛快的死去。”然后命令以帝王礼仪为建文帝办理丧事。
朱棣在文中被描绘成一个重视叔侄亲情、准备辅佐天子清除奸佞、按照祖训办事的可亲、忠诚的叔叔和藩王。而朱允炆自焚之事，则被归过于朱允炆内心对于朱棣的惭愧之情和方孝孺的挑拨离间。
这样的叙述并不严谨，反而更容易引起朝野内外文人大臣的猜疑跟想象。再加上古代文人特别喜欢以这种悬疑宫廷事件为题材，充分发挥自己的想象力。建文帝出逃的传言必然因此广为传播。而这可能就是朱棣想要达到的目的。
后来朱棣又命户科给事中胡濙为采访使，到各地寻访张三丰。这更加重了众人的疑虑，怀疑其可能是去寻找出逃的建文帝。又派太监郑和下西洋，再次加重了这种猜测。就连清朝编纂的《明史》都说郑和兼有到西洋寻找建文帝的任务。针对这些事的传言甚至可能就是朱棣派人外出散播的。毕竟朱棣设立锦衣卫跟东厂这样的特务机构，想要做到这些事很容易。
而按照朱棣对于建文旧臣采取的残酷手段，如果哪位大臣或文人对建文帝之事胡乱猜测，他必然会将其连坐诛杀。但朱棣并没有这样做。甚至宫中及朝臣中都有建文出逃的相关传说，张居正的消息便是得自于此。这从另一侧面反映了朱棣是希望这种传闻传播下去的。
朱棣对于这一传闻的推波助澜正与其在实录中的描述是一致的，目的就是告诉世人：“我是按照祖训行事，我并没有杀自己的侄子，也并没有篡位，希望后世史书给我一个公允的史评。”
