朱棣于建文元年(1399年)起兵反抗，随后挥师南下，史称"靖难之役"。建文帝起用老将耿炳文统兵北伐，又派李景隆继续讨伐，而建文帝也缺乏谋略，致使主力不断被歼。朱棣经几次大战消灭南军主力，于建文四年(1402年)攻下帝都应天(今江苏南京)。
为什么说靖难之役的元凶是朱元璋而不是朱允炆呢？
第一、藩王实力都很强大，给朱允炆留下后患。
明太祖朱元璋在位时，害怕儿子危及到他的地位，就把儿孙分封到各地做藩王，藩王离皇宫都比较远，朱元璋根本控制不了他们，所以藩王的势力日益膨胀。等朱元璋驾崩后，藩王的实力特别是燕王朱棣的实力最为强大。
第二、朱允炆继位，朝廷很多人不服。
中国历代的君位继承一般有三种：第一是兄终弟及，第二种是立爱立贤，第三种是嫡长子继承制。这三种方法朱元璋都曾仔细考虑过，但最终选择了嫡长子继承法。
洪武二十五年，朱标去世，朱元璋很伤心，一夜白了头发、胡须。作为一国之君他不仅考虑自己的丧子之痛，更重要的他担忧国家的安危。后来他多次召集群臣，讨论大明国事，朱元璋正式册立了朱标太子的儿子朱允炆为未来的君位继承人。
但是在朝廷内也有一部分大臣对这个继承人不服，认为朱棣不论在身份上还是能力上都应该强于朱允炆。同时朱棣对父皇的做法也存有不满，这样在朱元璋去世后更是虎视眈眈窥视着皇位。
第三、朱元璋在位时诛杀了很多国家元老，造成人心惶惶。
朱元璋是一位放牛娃，能够成为皇帝，可以说一位是有勇有谋的人物，要不然也不会灭掉了元朝当上了明太祖。可是他天性多疑，自他当上皇帝之后，为了保住自己的皇位，他杀掉了自己很多跟随自己很多年的元老级人物。
相传朱元璋做皇帝后，担心那些与他出生入死打天下的兄弟们夺权，于是建造了一座庆功楼。庆功楼建成那天，他摆下宴席邀诸位文武功臣们前来赴宴庆功，暗地里却派人在楼下埋好大量火药和干柴，准备借机引火烧楼，以除后患。
这事虽然做得很隐秘，但却被刘伯温看穿了。席上，刘伯温坐在朱元璋旁边，悄悄将朱元璋龙袍的一角压在自己的坐椅上。当大家喝得酩酊大醉时，朱元璋悄然离席。由于有衣角牵动，刘伯温顿时警觉，于是跟随皇帝出了门。果然，朱元璋下楼以后，功臣楼便笼罩在滚滚烈焰中。可怜赴宴功臣，全部葬身火海。
以上虽说是传说，但是朱元璋在位时，很多大臣被他诛杀，这是不争的事实。
以上三点导致朱允炆继位后，朝中没有信服的大臣为他效力，各地藩王虎视眈眈，所以说他的后台不是很牢固，导致他的政权不稳。
朱允炆登基后为了巩固自己的政权，开始削藩。这些藩王可都是朱允炆的叔叔，不但有皇室血统而且势力很大，对他的皇位威胁也最严重。朱允炆为了除去这些心头之患，积极联络亲信大臣齐泰、黄子澄等采取一系列削藩措施。
削藩从长远来看是对的，尤其是朱元璋封的这些个个都拥有实权，长此以往难保不成为乱臣贼子。只是朱允炆过于心急，对实力比较差的藩王都被他消灭，但是在燕王朱棣这块就困难了。
朱允炆在北平周围及城内部署兵力，又以防边为名，把明太祖第四子燕王朱棣的护卫精兵调出塞外戍守，准备削除燕王。可毕竟他太年轻，被朱棣渡江直逼南京城下，京师遂破。燕兵进京，南京城内的皇宫大院起了火，建文帝失踪。
朱元璋的打算是很好，立朱棣是太平一代，立朱允炆是太平万代。如果让大家知道做太子是立贤不立长，那后人就有更加正当的理由造反，天下更加不安！
朱元璋规划得很好，想用文韬的建文帝来管理朝政，用武略的朱棣来镇守北疆。不过没想到最后叔侄反目成仇，爷爷把孙子朱允炆推到了断头台上。
因此说“靖难之役”的元凶是朱元璋，而非朱允炆。
