朱棣退朝回宫后，怒气冲冲地说：“朕一定要杀了他！”徐皇后一脸吃惊，问：“陛下要杀谁？”朱棣愤愤地说：“还不是你那个宝贝弟弟，今天满朝文武都上殿朝拜，他却在中山王祠堂哭泣！”
朱棣所说的这个人就是徐妙云的弟弟、徐达的长子徐辉祖。他身高八尺五寸，英俊潇洒，颇有才气，当初徐达作为大将军南征北战，徐辉祖就留守家中，作为宿卫，保卫家人的安全。朱元璋见徐辉祖有一股英雄气概，很是喜爱，曾屡屡重用他，有意把他培养成才，留给后世皇帝用。
徐达去世后，徐辉祖袭封父亲的爵位魏国公，朱元璋把他派往湖广、陕西各卫所考察军士，练兵备边，刻意地锻炼他。
洪武二十六年，此时朱标已经去世。当时，朱元璋听闻北元降将阿鲁帖木儿、乃儿不花别有所图，想起兵反叛，便派徐辉祖北上，与燕王朱棣将阿鲁帖木儿等抓捕，押送南京。回朝之后，朱元璋给他升了个大官——让他掌管中军都督府事务。
朱元璋在洪武十三年杀了胡惟庸后，废除丞相，改革军权，把大都督府改为五军都督府，权利分化，五军都督府分领在京各卫所，惟锦衣等亲军，上直卫不隶五府。及在外各都司、卫所，以中军都督府断事官为五军断事官，朱元璋让徐辉祖掌管中军都督府事务，可见对他有多么赏识。
洪武二十七年，朱元璋又让徐辉祖与安陆侯吴杰前往浙江训练沿海军士，以防备海上倭寇入侵。在此之前，徐辉祖只是懂陆战，此时，朱元璋正要把徐辉祖培养成三栖将军，以便留给皇孙朱允炆使用。
洪武二十八年、二十九年，朱元璋又不停地让徐辉祖去各地练兵。洪武二十九年四月，朱元璋又让徐辉祖与礼部、翰林院官员共同前往国子监，考核国子师生。而且，还让徐辉祖时常陪侍在皇太孙朱允炆左右，学习经书大义、练习书法等。
朱标英年早逝，朱元璋为了让朱允炆能顺利登基，稳坐皇位，可谓用心良苦。朱元璋在短短几年之内，为朱允炆锻造了几十位名将，其中徐辉祖就是其中一员。徐辉祖也深知朱元璋之所以一再提拔自己，是为了让自己日后辅佐朱允炆，他同时也感恩朱元璋对他的重视和栽培，所以他对朱允炆很是忠心。
朱元璋驾崩后，朱允炆即位，拜徐辉祖为太子太傅，尊荣无比。徐辉祖深受朱元璋的恩情，所以在辅佐朱允炆时，尽心竭力，而这就无意中给妹夫朱棣造成了困扰。
朱允炆做了皇帝后，迫不及待地削藩，而众多藩王中，燕王朱棣势力最大。朱允炆和他的智囊黄子澄担心朱棣不好对付，所以就先捡软的捏，把其他弱小的藩王先削掉，把朱棣留在最后。
朱棣本就骁勇、多谋，他见其他藩王一个个沦为阶下囚，怎肯束手就擒，就私下募兵、增加护卫，收买边将，为起兵做准备。朱棣的动作太多，惹得很多官员纷纷上书弹劾他有不轨之举。朱允炆把其他藩王很果断的削了，不知是出于畏惧还是不舍，对朱棣总是迟迟不下手。
这可急坏了徐辉祖，徐辉祖深知朱棣不是个善茬，所以屡屡想用计谋帮朱允炆不懂干戈地除掉朱棣。建文元年，朱元璋忌日，按礼制，朱棣要去南京祭祀。但此时弹劾朱棣有不轨之心的奏折堆满了朱允炆的案头，朱棣深怕自己有去无回，便派三个儿子代替自己去祭祀。
大臣齐泰见机会来了，便请求建文帝把他们扣下，以作人质，胁迫朱棣削藩。徐辉祖也忙说：“我的三个外甥中，只有朱高煦勇猛剽悍而且无赖。他不但不忠于陛下，也会背叛他的父亲，他日一定会成为大患。不如现在扣下三人，再削夺朱棣的藩王，朱棣投鼠忌器，即便造反也心有顾虑，难以成功。”
朱允炆犹豫不决，不知如何是好，便把徐辉祖的弟弟徐增寿和驸马王宁叫来，询问他们的意见。不料，徐达的子孙中，在朱棣和朱允炆的争斗中，站成了对立的两派。一派亲近朱棣，一派誓死保嫡。
大女儿徐妙云是朱棣的王妃，自己和朱棣站在一起，而徐达的小儿子徐增寿也暗地里亲近朱棣，他在南京总是偷摸着把京城的消息传达给朱棣；而徐辉祖和徐妙锦则反对朱棣。
朱允炆还不知徐增寿和驸马王宁早已是朱棣的人，他们二人摆出各种不能扣留人质的理由，而朱允炆最终竟然听从了他们的意见，放朱棣的三个儿子回了北京。纵观历史，不得不说，朱允炆犹如三国时期的袁绍，有人、有钱、有地盘，但他就是不会用人，朱元璋精心为他培养的保嫡将领，不是弃之不用，就是势穷降燕，最后一副好牌，被他打的稀烂。
即便如此，徐辉祖仍然忠心于朱允炆。朱棣起兵后，朱允炆屡屡失误，用人不当，李景隆接连败退，眼看一发不可收拾。关键时刻，徐辉祖率三万京军驰援，在白沟河之战扭转战局，协助溃逃的李景隆全师而还。
建文四年正月，徐辉祖与燕军大战于宿州灵壁县西南三十里的齐眉山，斩杀燕军多位大将，把朱棣逼入绝境。朱棣眼看就要兵败被擒，朱允炆又听信谗言，担心徐辉祖和朱棣有亲戚，就将其召回南京。徐辉祖一走，何福、平安势独，都不是朱棣的对手，南军彻底失败。不久后，朱棣渡过长江，兵围南京。大家见朱允炆大势已去，不是投降，就是逃跑，而徐辉祖仍然率领少有的兵马抵抗。
李景隆打开南京城门，迎朱棣登基为帝，建文旧臣除了像方孝孺个别的大臣殉国外，大都归附朱棣，在大殿朝拜朱棣为帝。而徐辉祖却跑到徐达的祠堂，就是不肯朝拜朱棣。朱棣让徐辉祖写自己的罪过，他却振笔直书：“中山王开国功臣子孙免死。”
朱棣大怒，举起刀就要杀他，但因徐辉祖是徐达之后，徐妙云之弟，众人纷纷劝阻朱棣不宜杀害。朱棣回到后宫，对徐妙云一顿唠叨，但又担心徐妙云伤心，朱棣这才把徐辉祖夺爵，停了他的俸禄，软禁起来。
徐妙云是位贤妻良母，不论是在家庭还是靖难上，都帮了朱棣大忙，所以朱棣对徐妙云很是疼爱，不忍他伤心。朱棣为了徐妙云，暂且没杀徐辉祖。但徐妙云为朱棣的事业操劳过度，于永乐五年，一病不起，随后去世。徐妙云去世后，朱棣性情大变，不久后，被软禁在家的徐辉祖就莫名其妙地死了。不难想象，徐辉祖的死肯定和朱棣有关，因为保护徐辉祖的那把伞已经不再。
