这期间，袁崇焕结识了祖大寿。祖大寿世居辽东，系名将祖逖之后，勇悍于军。孙承宗决守宁远，先遣祖大寿筑城。
他度明军未必有坚守之心，进展缓慢，质量低劣。孙承宗欲斩之，赖袁崇焕力救而免，遂成为袁崇焕最得力的心腹之一。
天启四年（1624年）九月，袁崇焕偕同大将马世龙等率水陆马步军一万两千人东巡广宁。这是明军经过两年操练，业已众志成城的一次战略行动，虽然未与后金合马交锋，但锻炼了胆志，摸清了大凌河、三岔河（今辽河）以及海州（今辽宁海城）、盖州一带的水陆机宜，兵马虚实，为恢复辽西乃至辽东失地作了准备。
东巡期间，袁崇焕建议重建锦州、右屯诸防卫。翌年夏，孙承宗接受了他的主张，派兵遣将分赴锦州、右屯及大小凌河诸战略要地，修缮城郭，练兵屯粮。于是明军的边防从宁远又向前推进了两百里，天启初年的失地已尽数恢复。
然而这时的明廷内部，以魏忠贤为首的阉党与东林党之间的矛盾空前激化。
熹宗热衷于引绳削墨，做木匠活，大权旁落于魏忠贤。魏忠贤等的倒行逆施，激起了东林党一派正直官吏的不满。天启四年（1624年）九月，左副都御史杨涟首劾魏二十四大罪，左光斗等东林志士群起响应。
魏忠贤大兴党狱，将杨、左诸君相继迫害致死，其他东林重臣赵南星、高攀龙、叶向高等亦纷纷罢去，于是阉党横行宫闱，炙手可热。孙承宗也是东林干将之一，魏忠贤等早就视其为眼中钉。
在前线的粮饷、器械等供应上曾多方掣肘。天启五年（1625年）九月，孙承宗麾下大将马世龙贸然出师，遭到一次小小的挫折，阉党便抓住不放，交章论劾，迫使孙承宗不得不解甲归田。
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