建文元年，由于建文帝开始的削藩政策，引来了燕王朱棣发动的靖难之役。
南京城被拿下，满朝文武一看，不好，于是全部投降了。燕王到了南京城后，围住皇宫，结果皇帝不见了。皇帝身边的人也有几个不见了，可是朱棣心里不踏实，于是下令悬赏捉拿这些所谓的奸臣，方孝孺就这样被抓到了朱棣面前。
第一：方孝孺根本没逃出去，建文帝对他言听计从，不杀方孝孺有原因
1：方孝孺没有逃出去，想要去搬救兵，未曾想也被捉拿
抓到方孝孺之后，其实方孝孺根本没有逃出去，真实的目的想要去搬救兵。
可这时候里里外外都是燕王朱棣的人马，想要逃出南京城谈何容易。还是被朱棣手下的卫兵给找到并且抓住，方孝孺于是换上孝服，准备祭奠皇帝。他是建文帝身边的重臣，不过是翰林侍讲。
2：朱棣最恨的是齐泰黄子澄，建文帝对方孝孺言听计从，曾经对朱棣使用过反间计
我们知道朱棣最后以靖难之役起兵对抗朝廷，打着扫除齐泰，黄子澄等人的旗号。
最恨的是这二人，方孝孺对他构不成什么很大的威胁。但是朱棣也没打算放过他，恰恰方孝孺熟读儒家经典，这点和皇帝不谋而合。因此建文帝对方孝孺言听计从，曾经一度为了对抗朱棣，三番五次对朱棣父子兄弟几人使用反间计。朱棣也想通过缓兵之计来议和，不料被方孝孺识破。
3：不杀方孝孺有这两点原因，比较是儒家奇才
朱棣开始抓住方孝孺的时候，并没有要杀他的意思。相反还要重用他，这里面我分析有两点原因。第一点就是朱棣信守承诺，朱棣靖难起兵南下的时候，身边的第一谋臣姚广孝曾经对他说：
“如果您要南下，我有一个不情之请。前往不要杀死方孝孺，如果杀了他，只怕会绝了读书人的种子，对陛下您很不利。”再一个就是要为己所用，准备登基的时候问文武百官：“登基诏书应该谁让草拟？”都一致的说到方孝孺，如果把他给招降，更加有利于自己的统治。
第二：朱棣为什么要灭方孝孺十族，敢和他做对的统统杀掉
1：朱棣好言相劝，未曾想方孝孺却说话难听
曾经朱棣派人到监狱里面劝方孝孺投降，无奈遭到他拒绝。于是朱棣心想还得要自己亲自出面，让方孝孺到殿中等候。方孝孺人还没有到，哭声却已经到了，他是穿着孝服祭奠建文帝的。这让朱棣很不爽，下令换上朝服。朱棣亲切的说
：“你这是何苦，我只不过是为了仿照周公辅佐成王！”方孝孺问成王哪里去了？他说被火烧死了，方孝孺接着说还有他的儿子呢？朱棣说儿子还小，过于年幼。方孝孺接着说还有他弟弟啊，朱棣听后很不耐烦。这是我的家事，就不劳先生你费心。
2：建文朝代表仁政理想，太祖朝代表暴政理想，双方冲突，朱棣支持后面一方
建文朝代表的是仁政理想，这便是仁政和暴政之间的冲突。
仁政之所以被打败，首先是不切合实际的理想主义，采取的很多政策脱离现实；第二是书生误国，所有的大臣全部都是以书生为主，治理国家没有什么经验。有这几个表现，首先便是听信黄子澄的建议放朱棣三个儿子离开；再一个是用人不当，用草包李景隆代替耿炳文，注定失败。最后一点坐失良机，燕军已经打到了长江，有人劝说他们离开南京再图大局，可方孝孺坚持在南京等待救援。
3：朱棣让方孝孺草拟登基诏书，未曾想他直接写讨贼檄文，彻底激怒了朱棣
朱棣让手下在明孝陵前给了他一支笔，要求其写登基诏书。朱棣心想也许方孝孺不好意思，会写这个登基诏书。
哪里知道他写了燕贼篡位这四个字，接着大哭。燕王这时候很不耐烦，难道你不怕我诛灭你九族？方孝孺说诛灭我十族又如何，朱棣于是用刀划破了他的嘴，顿时鲜血直流。我就是要当着你的面诛灭你十族，让你的亲戚朋友跟你一起共赴黄泉。这时候朱棣还抱有一丝希望，毕竟方孝孺影响太大。把几百人押到方孝孺面前，一个个死在他前面。方孝孺则被凌迟处死！
第三：方孝孺为什么誓死不投降朱棣，自古以来一臣不事二主
1：一臣不事二主，方孝孺不可能投降朱棣
在封建时代最重视的其实是名节，特别是明太祖明成祖这两朝的时候，对权利欲望更加强烈。
在他们眼里一臣不事二主，方孝孺忠于建文帝，而不是你朱棣。再者说只有方孝孺才是正统的皇位继承人，你燕王朱棣不过是篡位的身份。
2：方孝孺回报君主的知遇之恩，这个恩情让他终生难忘
朱元璋曾经亲自召见了方孝孺，他主张实施仁政，和朱元璋的刚猛还不一样。朱元璋对太子说道：
“现在还不是用他的时候，于是送了重礼让他回家。”洪武一朝他可谓是怀才不遇，满腹经纶无处施展。建文帝上位之后，很快就不一样。马上去请方孝孺，升任为翰林侍讲，专门讲儒家经典，事事请教方孝孺。建文帝言听计从，这就是知遇之恩。
3：坚守自己儒家的思想，忠君报国
他家断粮了，方孝孺说
：“贫苦的不是我一个，而是安贫之道。”父亲，恩师受到案子牵连被杀，这对方孝孺影响很大。因此更加坚定反对暴政，这和建文帝的理想不谋而合。朱棣在方孝孺眼里就是一个暴君，通过不断的杀人壮大自己的实力。这个大案子一共杀了873人，入狱充军的更是数不胜数。
朱棣在很多人心目中，就是一个暴君的存在。但是和他父亲洪武大帝朱元璋一样，历史给予了他们高度的评价。一个是治隆唐宋，另外一个是远迈汉唐。他们用一生所做的事情证明他们是好皇帝，有些事情用儒家思想去解决反而适得其反。
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