清朝很大程度上其实也是根据形势发展，一步步见机行事的。清朝时候的卫拉特是一个非常强大的势力。
我们总有一个刻板印象，觉得卫拉特分为四部，其实卫拉特四兄弟一直是一家。固始汗与和鄂尔勒克远徙他乡，可以看成是巴图尔珲台吉的胁迫，更是卫拉特四兄弟不愿意打内战，王罕、札木合、成吉思汗是不会有人为了避免战争而迁徙远方的。固始汗与和鄂尔勒克的部下都有其他卫拉特人，迁徙他乡之后彼此还经常通婚，保持着友好的关系。
卫拉特骁勇善战，而且非常团结，战斗力非常强悍。康熙年间，乌兰布通之战清朝惨胜；昭莫多之战凭借绝对优势才打赢；在西藏大策凌敦多布的几千孤军把清朝大军打得损兵折将，最后还率领残部穿越可可西里返回天山草原；光显寺之战还是喀尔喀小宇宙爆发才获胜，满洲兵表现非常丢脸。对这样一股强悍善战的力量，清朝皇帝一直非常忌惮。
康熙年间，清朝满足于控制哈密一带，切断准噶尔和青海和硕特的联系，在漠北获得喀尔喀的效忠，在西藏确保准噶尔无法直接控制拉萨的格鲁派教廷。雍正年间，清朝和准噶尔在几次大战之后双方都精疲力尽，开始议和。乾隆初年，双方以阿尔泰山为界，彼此相安十几年。
1745年（乾隆十年），噶尔丹策零病死，几年之后准噶尔内乱。先是宰桑萨喇尔率部投奔清朝，再是杜尔伯特部三策凌率部投奔清朝，然后阿睦尔撒纳、准噶尔汗达瓦齐部下大将玛木特也先后投降了清朝，引清兵打败达瓦齐。轻松获胜之后，乾隆在天山北路根据卫拉特的传统，分封四部汗王，在伊犁只有班第、鄂容安率领五百士兵驻扎，天山南路也是让大小和卓与各城的伯克们统治，很明显，乾隆当时对于天山南北只希望能够像西藏一样的模式，在少数地方部署象征性的官员和驻军，获取地方首领的效忠，以此来安定地方。
但是阿睦尔撒纳的降而复叛，使乾隆彻底下定决心，对新疆采取尽可能的直接统治。
可以说，一个政权可以接受草原上有不同的游牧部落，但是绝对接受不了有这样一个大帝国，这是一个你死我亡的争斗。康熙征准格尔，雍正征准格尔，乾隆征准格尔，这是一个跨越了几十年的斗争。直到乾隆二十一年，准格尔部才完全被清朝降伏。同年，乾隆秘密下令伊犁将军屠杀准格尔部:“厄鲁特（准部)应俱行屠戮，所余妻子分赏士兵.……”。根据礼亲王爱新觉罗.昭桩撰写的《啸亭杂录》记载， ”(准格尔部)凡病死者十之二;逃入俄罗斯、哈萨克者十之三，为我兵杀者十之五，数千里内遂无一人。”从此之后，一直是蒙古族占多数的北疆，才变成维吾尔族和哈萨克族居住的土地。
清朝第一次收复新疆是必然的，因为准格尔汗国被沙俄和清朝东西夹击是必然的，没有人能坐视草原形成这样一个强大的力量，否则未来被杀的就是自己。准格尔汗国的灭亡也证实了刘慈欣先生的那句话:“宇宙中最大的敬意就是赶尽杀绝。“
所以，针对这个问题，为何清要收复西域？这没有为何，就是简单的满蒙之争，就像以前的汉匈之争，你死我活的战争而已。汉匈开战，打仗，就是打，汉军打下漠南，还要打向漠北，直到打的南匈奴内迁，北匈奴跑的不知踪影为止，军队封狼居胥，政府设立郡县，满蒙也一样，双方就是直接开战，那清军只能一路打过去，打到葛尔丹身死，打到准格尔亡国灭种，打到军队马踏天山，最后设立机构管辖。
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