“顺治三年六月，大兵克绍兴，以海遁入海。久之，居金门，郑成功礼待颇恭。既而懈，以海不能平，将往南澳。成功使人沉之海中。”
1645年，入关的清军继续南下，攻入了南京，将投降的朱由崧押送到北京处死，南明大臣随后迎鲁王朱以海于绍兴，邀请其监国。鲁王政权建立之后，控制浙东绍兴、宁波、温州、台州等地，凭借钱塘江和清朝对峙。
然而遗憾的是，因为鲁王和隆武一朝争夺皇统，势如水火，最终导致势力的崩溃，清军平定浙东之后，鲁王出逃，从此下落不明，而《明史》中如此写到，朱以海在顺治三年跑到了金门，也就是郑成功的地盘上，而当时的郑成功忠于隆武政权，起初对其十分恭敬，后来却又懈怠，为此引发朱以海的不满，于是打算悄悄前往南澳，结果被郑成功沉入海中。
这难免让人感到疑惑，作为抗清英雄的郑成功，真的会做出屠戮宗室的事情吗？《明史》作为中国古代史书上最严谨详细的史料之一，是否会有所谬误呢？
实际上，《明史本纪 卷二十四》另外一部分，就有了自相矛盾的话：“十二月，大清兵趋曹、濮，山东州县相继下，鲁王以海自杀。”这里又交代，朱以海是在根据地陷落之后，主动自杀的，究竟哪一段话属实呢，朱以海的墓找到后，却揭开了真相。
在金门城东的古岗湖旁边，有一座鲁王墓，这是清代兴泉永巡道周凯所认定的，为此后人又在此地修建了碑亭。
然而到了1959年，在金门构工部队于旧金城东炸山采石的时候，随着一处炸药爆炸，人们却吃惊的发现石头中竟然有着三合土堆砌成的遗迹，经过考古人员的挖掘，原来是一处长250厘米，宽140厘米的墓圹，它高出地面20cm，碑面上并没有刻任何的文字。
一直到工作人员进行深入研究之后，才发现了“皇明监国鲁王圹志”八字及全文石碑，这些文物随后被交给迁徙到台湾的胡适进行研究，此时人们才明白，原来那块立在古岗湖旁的墓室，原来是一处假墓。
石碑内容难以置信，上面交代了朱以海生平，朱以海在浙东被攻陷之后，来到了舟山群岛，根据张名振的建议，打算以此作为据点，再联结日本朝鲜等国，意图复国，在此地，朱以海多少恢复了一些元气，通过水师对清军进行制衡，并且派出使节前往日本寻求援助。
不过在1651年，清军发动了对舟山的攻击，朱以海最终还是只能逃跑，从而前往厦门，投奔在此地的郑成功。
郑成功对于朱以海是反感的，在作为隆武政权支持者的他看来，大敌当前，名为监国的朱以海还在和隆武帝内斗，削弱了抗清力量，但是考虑到朱以海是明朝宗室，郑成功还是以礼相待，在1661年，随着永历帝朱由榔在云南遇害之后，朱以海凭借身份成为了呼声最高的明血统继承者，但是郑成功和儿子郑经并不同意，因此朱以海没有继承大统，而在郑成功去世之后，生活在金门的朱以海生活逐渐困顿。
1662年，康熙继位，此时的朱以海最终也病逝在了金门，随后被人埋葬，随着郑成功的孙子郑克塽投降清朝，朱以海的故事逐渐被人遗忘或者修改，从而有了《明史》两处自相矛盾的地方。
不难看出，郑成功在明史当中，定然是被冤枉的，至于冤枉的原因，究竟是无意疏漏还是刻意为之也就难以辨别，但是《明史》的谬误之处依然还有很多，明代官方史料曾经有1000多万份，但是到了乾隆手中只剩下3000多份，章太炎因此而大发牢骚：“东南大学中友人有发愿修《明史》者，仆谓此事甚难。因明人遗著十不存一也”，这样严重增加了考证明史的难度。
