建文元年（1399年），朱允炆即位，改元建文，史称明惠帝。朱允炆一登基，他就着手开始削藩事宜，而为何会削藩，主要是因为“地方王国势力过大，严重威胁到了中央的集权统治”，如此为了维护中央政府的微信，及对地方的统治，建文帝即位第一件事就是削藩。
但因建文帝在削藩时采取了错误的政策，一味的只知武力去威胁，及镇压地方藩王，从而引起了明朝那些开国藩王的剧烈反弹，而后又采取先削弱藩，再削强藩，致使燕王朱棣有了足够的时间去运筹帷幄，排兵布阵。最终在接连的错误下，建文元年（1399年）七月，燕王朱棣以尊祖训、诛“奸臣”齐泰、黄子澄，为国“靖难”为名，起兵造反。
之后在与朱棣的作战中，朱允炆优柔寡断的性格，再加上又任用错误的统帅，最终让他的军队接连惨败于朱棣之手，后在建文四年（1402年）六月，南京被朱棣攻破，建文下落不明。
1402年7月17日朱棣即皇帝位，改元永乐，史称明成祖。永乐登基后，朱标诸子除建文朱允炆下落不明外，还活着的共有三子，即吴王朱允熥、衡王朱允熞、徐王朱允熙。
吴王朱允熥。他是常遇春的外孙，朱标嫡次子，初封郡王，朱允炆登基后封吴王，建藩杭州。1402年朱棣登基，朱允熥被降为广泽王，迁漳州。同年九月，朱允熥得诏还京师，其被废为庶人，禁锢于凤阳。1417年暴卒，死因不明。1645年，南明弘光为朱允熥平反，恢复了其被废去的吴王封号，并追谥为吴悼王，而后隆武又追谥为吴哀王。衡王朱允熞。建文元年封衡王，1402年朱棣登基，朱允熞被降为怀恩王，藩建昌。同年九月，与朱允熥一起被召入京师，不久亦同时被废为庶人，禁锢凤阳。大约在1411年因病去世。1645年，南明弘光为朱允熞平反，恢复了其被废去的衡王封号，并追谥为衡愍王，后隆武改封其为鲁王，追谥为鲁悼王。徐王朱允熙。建文元年封徐王，1402年朱棣登基，朱允熙被降为敷惠王，且“不遣之国”世奉太子祀。他比他的二哥、三哥稍微幸运点，不用被禁锢在凤阳，而是和他的母亲吕氏一起居住在懿文太子的陵墓附近。同时他也没有被废为庶人，而是被改封为瓯宁王。但不幸的是在1406年，他死在了一场大火中，年仅16岁，死后朱棣追谥哀简，如此他也成为了朱标诸子中唯一在永乐朝获得谥号的一个。1645年，南明弘光恢复其徐王封号，同时“于原谥减一字”，是为徐哀王。
总得说，如果单纯的以皇帝的身份来说，朱棣对于朱标诸子还是不错的，至少没有赶尽杀绝，让朱标绝嗣，最多只是将其封为庶人，没有了皇族的身份而已，所以朱棣做的还算是不错的，毕竟成王败寇，千年的封建史为了皇位，子杀父，弟杀兄，兄杀弟的事情可不少见，甚至为了皇位的稳固，皇帝诛杀兄弟全家的事情更是不足为奇，因此朱棣还算是好的。
不过如果单纯的以兄弟的身份来说，朱棣做的可不算好，将从小到大照顾着自己，护着自己的哥哥的孩子逐一废为庶人，还将他们幽禁而死，这属实有些绝情了。
此外，朱棣登基后，朱标还活着的妻子就是继妃吕氏。她是太常寺卿吕本独女，建文帝登基后尊其为“皇太后”。1402年朱棣登基，吕氏复称“懿文太子妃”，此后与幼子朱允熙一起被安置于懿文太子陵中。1406年与幼子朱允熙同时死在了大火之中。
对于吕氏，朱棣做的还算可以并没有过多的为难她，而是将她供养了起来，不过想想也是，毕竟她是一个女子，对朱棣造成不了任何的威胁，所以没必要过多为难她。
