经过《明朝那些事儿》的推广，明宪宗成化帝的万贵妃大大有名，据《明事》的说法，万贵妃迫害成化帝的子嗣，发现怀孕的宫女就杀，导致成化帝一把年纪了还没有太子可立，日后明孝宗的母亲纪氏和宦官张敏被迫秘密把明孝宗养大，曝光以后二人也被万贵妃害死。实则这种说法来自一部笔记小说，是不靠谱的。
成化帝在为各种家事烦恼的同时，还有一个迫在眉睫的问题，就是自己的子嗣关乎大明朝的国本。成化帝之前是有过儿子的，生母就是万氏，成化疼她爱她，她的肚子也很争气。
成化对于与自己心爱女人的结晶，高度重视，派人往山川寺庙祈祷神灵保佑此子，还晋封万氏为贵妃。如果按照这种情形发展下去，只要王皇后无子，万贵妃就可以凭着母以子贵，儿子被立为皇太子，日后登基，她自己也可以效仿英宗朝的孙太后，干预朝政。电影龙门飞甲的原型便是成化立嗣事件。
这一时期恐怕是成化帝最顺心的时光了，就连闹事的大藤峡瑶民也被轻松扫平，后宫相安无事，这使得本来喜欢祥和的他也踌躇满志。
但是天不假其便，皇长子还未取名就夭折，按照古代的医疗条件，出生率高，死亡率也必然高，皇帝自己尚属春秋鼎盛，日后不怕无子。但对于万贵妃来说，这是一个莫大的打击，因为以她的年龄，基本不可能再生子了。
成化帝着急，文武百官比他还着急，在他们看来，皇上一直未有子嗣，与专宠万贵妃有关。再加上，天象示警，出现了彗星，在这个敏感的时刻，科道官员纷纷上疏，题皇帝着急。但无论群臣如何为皇帝着急，成化放不下更不会去伤害万贵妃，言官见成化始终不予理睬，也渐渐松懈了。这时候，却传来贤妃柏氏生下皇子，这原本是宫中内外的大喜事，成化帝竟然不那么兴奋，他拒绝了礼部昭告天下的请求，他的内心要照顾到万贵妃的感情，同样他也有之前皇长子夭折的阴影。
文武百官不会顾及皇帝此时的心情，在他们看来，随便哪位妃嫔生子，都比万贵妃的儿子好，如果万贵妃日后当了太后，叫什么体统？
成化七年，贤妃之子，已经取名朱佑极的皇次子已经两岁，而成化本人也是两岁被立为太子的，所以上下朝臣都酝酿议立太子。于是群臣纷纷建议成化帝立太子。要论咬文嚼字，成化哪里是这帮文臣的对手，但成化就是一个“拖”字决，直到自己老娘周太后的出面。
群臣的这个行动得到了周太后的支持，甚至不排除这就是周太后主使的。在周太后和群臣的双重压力下，成化终于在张懋第三次上书后，下了立太子的决心。
当隆重的册立太子的大典，过去仅仅两个月，皇太子朱佑极忽然病逝，事前无任何征兆，病情来得非常凶猛，这个使得成化最初的担心变成了现实。群臣猜测是万贵妃的毒手。事实上，成化帝在这个时候还有一个不为人知的儿子，就是后来的孝宗朱佑樘。
朱佑樘比朱佑极小一岁三月，关于他的出生，明史有详细的记载：
“ 孝穆纪太后，孝宗生母也，贺县人。本蛮土官女。成化中征蛮，俘入掖庭，授女史，警敏通文字，命守内藏。时万贵妃专宠而妒，后宫有 娠者皆治使堕。柏贤妃生悼恭太子，亦为所害。帝偶行内藏，应对称旨，悦，幸之，遂有身。万贵妃知而恚甚，令婢钩治之。婢谬报曰病痞。乃谪居安乐堂。久之， 生孝宗，使门监张敏溺焉。敏惊曰：‘上未有子，奈何弃之。’稍哺粉饵饴蜜，藏之他室，贵妃日伺无所得。至五六岁，未敢剪胎发。时吴后废居西内，近安乐堂， 密知其事，往来哺养，帝不知也。”
朱佑樘的生母纪氏是广西纪姓土司的女儿，纪姓叛乱平息后，少女纪氏被俘入宫中，管理皇帝私房钱。一次成化偶尔经过，见纪氏美貌聪敏，就留宿了一夜。事后，纪氏怀孕。万贵妃知道后，命令一宫女为纪氏堕胎。
纪氏的人缘很好，派来的宫人不忍下手，回报万妃时就谎称是肚内长了瘤子而不是怀孕，万贵妃仍不放心，下令将纪氏贬居冷宫。
纪氏是在万贵妃的阴影下，于冷宫中偷偷生下了朱佑樘，万贵妃得知后又派门监张敏去溺死新皇子，但张敏却冒着性命危险，帮助纪氏将婴儿秘密藏起来，每日用米粉哺养。被万贵妃排挤废掉的吴皇后也帮助哺养婴儿。
万贵妃曾数次搜查，都未找到。就这样朱佑樘一直吃百家饭长到六岁 。一天，张敏为宪宗梳头时，成化叹息说：“我眼看就要老了，还没有儿子。”张敏连忙伏地说：“万岁已经有儿子了。”成化大吃一惊，忙追问究竟，张敏才说出了真情。宪宗皇帝听了大喜，立即命令去接皇子。
当宪宗皇帝第一次见到自已那因为长期幽禁，胎发尚未剪、拖至地面的瘦弱的儿子，不禁泪流满面，感慨万千。当天召集众臣，说出真相。次日，颁诏天下，立朱祐樘为皇太子，并封纪氏为淑妃。但随之纪氏却在宫中暴亡，门监张敏也吞金自杀。
显然，纪妃与张敏之死皆与万贵妃的迫害有直接关系。成化的母亲周太后担心万贵妃会对太子下毒手，就亲自将孙子抱养在自己的仁寿宫内，才使太子安全地生活在宫中。
上面的这段传闻，在弘治、嘉隆万均不见记载，最早出现于于慎行的《谷山笔尘》，但根据尹直《皇明杂录》的记载：“纪后有娠，万妃恚而苦之，上令托病处安乐堂，以痞报，而属门官照管。既诞皇子，密令内侍谨护。”
这个说法是朱见深知道纪氏有了身孕，但是不想万贵妃不开心，所以把她送到宫外的安乐堂，说是养病，但是一直都派人好好照顾。这个儿子，成化自己是知道的，但是万贵妃不知道，一般大臣们也都不知道，弄得跟私生子一样。
尹直，为翰林院正七品编修。成化中，历任翰林学士、兵部尚书、太子太保，还主持修《英宗实录》，作为整个事情的亲历者，比一百年后的于慎行更具权威性。
看来，成化还是颇有心计的，一方面应付万贵妃，一方面保护自己的儿子，这与他一直以来对万贵妃千依百顺的行为大相径庭。而万贵妃对于朱佑樘的出现也显得高姿态，并没有撒泼打诨，看来万贵妃的确机警，善于讨好成化。比成化的老娘周太后只知道胡搅蛮缠，万氏确有长处，也难怪能得到成化的真心。
而流传的故事中，朱佑樘的大恩人太监张敏死于成化21年，此时离朱佑樘进宫快有十年了，万贵妃要报复不至于等十年后才下手。
许多史书说万贵妃专宠后宫时，凡是妃嫔有孕，百方堕胎，或许有几分真实性。成化总共有十四位皇子，除去皇长子、皇次子早夭，皇三子就是明孝宗朱佑樘，皇四子兴献王生于成化十二年七月，其余子嗣都出生于成化十四年后。
不难推测，在朱佑樘公开身份前，万贵妃可能干过堕胎的事情，但随着朱佑樘被立为太子，地位稳固，而她也再未能生育，可能就心灰意冷，懒得干涉了，成化的皇子们也就一个一个诞生了。
纪妃已死，朱佑樘也已经六岁，群臣再次上表，征得周太后的同意后，成化十一年十一月，成化帝立朱佑樘为太子。
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