1402年六月十三日，燕军攻破南京。在混战中，皇宫起火，建文帝朱允炆不见踪迹。自此，建文帝的下落成了明朝最大的谜案。
按照明朝正史给出的答案，建文帝是自焚而死。在《明太祖实录》中描述，朱棣攻破南京时，朱允炆想要出迎，但是左右的人都逃散了，只剩下几个内侍。朱允炆感叹一句“我何面目相见耶！”说毕，遂阖宫自焚。
《明太宗实录》中亦有描述，建文帝是自焚而死。当时朱棣看见皇宫中起火，连忙派人救火，只是赶到的时候已经来不及了，最终只从火中挖出一具烧焦的尸体。朱棣看见后大哭“果然是痴呆耶，我只是来辅佐你做一个好皇帝的，何以至此啊”。
从这些记载来看，朱允炆就是自焚而死的。不过，《明太祖实录》已经被朱棣给重修过了，建文帝之死的真相已经淹没了。
但是，朱允炆之死没有那么简单，“自焚而死”恐怕不是真相。
城破之时出逃
在民间一直流传有朱棣攻破皇宫时，朱允炆已经逃遁而去了。
在明朝中后期，已经多有一些关于朱允炆出逃的野史记载和传说。
在《致身录》中，详细说了朱允炆逃脱的细节。在燕军攻破金川门后，朱允炆自知没有好下场，就想要自杀。翰林院编修程济拦住了朱允炆，劝他不如逃亡出去。又有少监出来提醒朱允炆说朱元璋曾经留下一个宝匣，让大难时可以打开。朱允炆连忙取出宝匣，里面是袈裟、鞋帽、剃刀、白金十锭，还有三张度牒，上面分别写有应文、应能、应贤，并且写明应文从鬼门出，其余人从水关御道出，薄暮时在神乐观西房回合。
别看朱允炆即将成为亡国之君，忠臣却是有着一大堆。当时在场之人，都愿意追随朱允炆流亡，但朱允炆担心人多不方便，只选了九人跟随自己从鬼门而走，另有十三人从白水沟而走。等到在神乐观回合之后，君臣一行开始了流亡生涯。
这个毕竟是野史描述，太过传奇了，朱元璋竟然早已提前洞悉了一切。朱元璋确实是很厉害的一个皇帝，但要说想到后世之事，还留下度牒，取好名字，就太神异了。
不过，这也并非是空穴来风。朱元璋安排度牒之类的不太可能，但留下紧急逃生方案以备不测还是有可能的，从鬼门出就是指从皇宫暗道逃出。另外这个直通明皇宫的地道并非子虚乌有，确实有直通外面的地道。
对于这个描述，民间也是极为相信的。到了明朝中后期时，这个话题已经广为流传了，明神宗少年时都好奇地问过张居正，建文君是否真的出逃了。张居正回答说，这件事正史没有记载，只是故老相传他化装成僧人逃出皇宫云游四方了。
到后世清朝时，修建出了《明史》。其中也从来不认同朱允炆自焚了，而是记载为“宫中火起，帝不知所踪”，更是多有提及“帝由地道出亡”，或是说“帝乃为僧出亡”、“变僧服遁去”。可见朱允炆从皇宫逃脱的事实应该是真实存在的，只是民间进行了夸张。
现在的史学家基本也是认为建文帝没死，就是出亡了。因为直到现在，并没有一个过硬的史料证明建文帝是死在了宫中。要说建文帝自焚而死的史料，除了朱棣修改的那些史料，也没有任何证据证明建文帝自焚了，倒是流亡的史料有着各种各样。
朱允炆究竟去了哪？
朱允炆逃出了皇宫，那么他去了哪里？最关心这个问题的人不是别人，正是朱棣。
朱棣修改了国史，明面上宣布了朱允炆自焚而死。实际上，在朱棣心中也是相信朱允炆根本没有死于那场大火，而是逃出了皇宫。
朱允炆到底去了哪里？这始终是朱棣心中的一根刺，他一直暗中派人追查。
有人曾告发皇宫的主录僧溥洽和尚，说是他为朱允炆剃度的，知道朱允炆的下落。朱棣就找了个借口，囚禁了溥洽十六年。直到姚广孝病重时，才请朱棣放了溥洽。
溥洽之事只是朱棣在位期间微不足道的一件小事，朱棣还曾多番派人暗中追查朱允炆的下落。
一方面是海面上的搜寻，也就是郑和下西洋。在《明史·郑和传》中有记载：“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强”。
也就是说郑和下西洋是有着目的的，是为了追查朱允炆的下落。这一观点在明清时期有着大量的人认同，流传很广。在这个观点中，认为建文帝跑到了海外，并且很可能拉起了一支不小的势力，所以郑和船队有着大量的军士，就是为了打击朱允炆势力。
郑和下西洋是海路，陆路上朱棣则派出了心腹大臣胡濙。
从永乐五年开始，胡濙就奉朱棣之命遍寻天下州郡乡邑，寻找张邋遢张三丰。实际上，胡濙追寻张三丰是明面的幌子，暗中追查的是建文帝朱允炆的下落。在此期间，胡濙母亲去世，朱棣也不许他回家守丧，可见这并不是简单的追寻张三丰。
这一查就是十几年，胡濙走遍了天下。常年的搜寻之下，胡濙也得到了不少有关建文帝的传闻，间或向朱棣报告一些有用的消息。
到永乐二十一年，胡濙回到朝中。当时朱棣去了宣府，胡濙又骑快马飞驰到了宣府。
等胡濙到宣府时，朱棣已经就寝，但是胡濙还是连夜去见了朱棣。朱棣听闻胡濙前来，也是连忙起来召见，又屏退了左右，只留胡濙一人谈话。
直到四更天时，胡濙方才出来。这一夜胡濙究竟向朱棣密奏了什么，没有人知道，也没有记载。《明史》中只是记载为“先濙未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释。”
其实，胡濙连夜密奏的内容也很明显，自然是有关建文帝的下落。这里基本可以确定的是，胡濙已经追查到了建文帝的真正行踪，否则他也不用飞驰宣府深夜拜见朱棣了。
再从朱棣打消心中疑虑来看，建文帝的下落无非就是两种:
一是建文帝已经死了，朱棣彻底放下心了。
第二就是建文帝已经出家，彻底无心复位了，对朱棣皇位没有了威胁。
对于这两种说法，大多数人基本是更倾向于第二种。
民间多有传闻，朱允炆常年流亡在外，已经成了闲云野鹤的应文和尚。其实在流亡之初，朱允炆还是有复位之心的，他常常以晋公子重耳的故事鞭策自己，希望东山再起。后来朱允炆也发现朱棣能力确实比自己要强得多，就慢慢地打消了复位的念头，还写下对联：“有梦难圆，尘世着魔迷木性；无风易醒，洞泉悟道静凡心。”
皇权富贵，都是过眼云烟，朱允炆的心早已平静了。
那么，朱允炆去了哪里？朱允炆留下《金竺长官司罗永庵题壁》、《逊国后赋诗》两首诗，《逊国后赋诗》中有言：牢落西南四十秋，萧萧华发已盈头。
也就是建文帝是到西南地区出家了，史书中也有相关描述为“滇黔巴蜀间，相传有帝为僧时往来迹”。 到现在西南地区也是多有着建文帝出家的传说和遗迹，但真假难定。
总之，建文帝朱允炆没被烧死基本已经形成了定论，出家为僧也是为人所接受，但具体行踪还是个谜团。
