刘裕篡位登基之后，之所以对司马家族斩尽杀绝，无非是因为以下两个方面的原因：
第一、刘裕是汉室后代
刘裕是汉高祖弟弟刘交的后代，吕雉诛杀刘氏一族时，刘交幸而逃脱了吕雉的诛杀，也因为刘交原本在皇室中，是属于低调行事之人，默默无闻从来不参与争权夺利。所以，逃跑后并没有被继续追杀。
从此，躲到偏僻地区求生存，生活虽然艰难，但是过得也算安稳，一代传一代，到刘裕这一代，已经是刘交二十多代的传人了，虽然时间已经久远，但是身上留的汉室宗亲的血液并没有因为时间而被遗忘。刘裕不同于刘交，他不甘平庸，认为自己是正统的皇室后代，而司马氏得到的天下是窃取汉室的，所以当刘裕有幸登基后，自然不会放过窃取自家皇位的叛徒。
第二、以绝后患
刘裕虽然留着汉室宗亲的血液，但是毕竟不是在皇家的环境之下长大，跟随祖先成为一个平民，从小生活艰苦，受人白眼，所以，论出身，刘裕的出身毕竟卑微，无论刘裕怎强调自己身上留着皇室的血，但依然抹不去成长环境落下的烙印。
刘裕发迹，靠自己的能力登上皇帝宝座，再次把祖先开辟的江山收揽回来。也因此，刘裕考虑到自己已经是汉室二十几代的传人，都有机会夺回帝位，如果留下司马家族的后代，就是留下后患，说不定若干年后，司马家族的后人也像自己一样，来抢夺皇位，所以，干脆斩草除根。
刘裕算是一代枭雄，英勇善战，敢于开拓，作为皇帝有不少功绩，虽然对司马家族的处置过于残暴，但是这或许也是作为帝王的无奈吧。
