1402年6月，朱棣在南京奉天殿即皇帝位，取得天下后，朱棣面临最大的问题就是登基的合法性，1402年他把方孝孺等建文的旧臣召集朝堂之上，打算让大名儒方孝孺起草登基诏书，结果方孝孺到了朝堂上大哭大悲响彻整个皇宫。
朱棣看到方孝孺悲痛便上前安慰到：“先生不要自取忧苦，我的目的只是清除皇帝身边的佞臣，然后仿效周公辅佐成王。”方孝孺质问到：“成王在哪里。”朱棣说：“他自焚而死。”方孝孺又问：“为何不立成王的儿子。”朱棣说：“国家需要有成年的君王。”方孝孺进一步逼问到：“为何不立成王的弟弟？”朱棣答道：“这是我们朱家的事。”
此时怒火中烧的朱棣挥起大手示意太监把纸笔给方孝孺，结果方孝孺把笔和纸丢在朝堂上，这一下把朱棣彻底激怒了，像是一头发怒的狮子，大声吼道你不怕诛九族吗，结果方孝孺怒怼到，十族又如何，最终方孝孺被诛十足。那么方孝孺被诛十族后，他还有后人吗？
诛杀十族，连坐837人
方孝孺的刚正和注重气节的性格，十分的痛恨朱棣谋逆篡位的行为以及当时那些墙头草的大臣没有骨气，朱棣要他草诏登基诏书，其实就是看中他是建文帝的重臣，又是读书人的领袖，如果登基诏书出自方孝孺的手，那朱棣的登基合法性将大大提高，不曾想，方孝孺却大大超出了朱棣的预料，于是便有了历史上唯一一次诛十族。
1402年7月25日，朱棣下达圣旨，将方孝孺及其亲属朋友门生故吏等837人斩首于南京聚宝门外，当时南京城内，狂风不止，南京百姓无不悲痛哭泣，当天方孝孺的妻子郑氏及两个儿子方中宪、方中愈事先在家中自缢身亡。
他的两个女儿哭泣着跳进秦淮河溺亡，他的哥哥方孝闻因早年去世，但是他的儿子却也被问斩，最后，方孝孺和弟弟方孝友一起被车裂而死，死后连个收尸的都没有，最后，德庆侯廖永忠的孙子廖镛与其弟廖铭趁黑夜收拾他的遗骨，匆匆将其掩埋在聚宝门外的山上。
诛十族后，平反昭雪，嫡系后人恢复方姓
朱棣死后，他的儿子朱高炽登基为帝仅仅七个月后，亲自为方孝孺平反：“方孝孺辈皆忠臣，诏从宽典。他非常同情方孝孺等人，并且说到：“建文朝众臣，已遭处决示众”。并命礼部把他们的家属释放为民，发还他们田地。在外戍边亲属，只留下一人于戍守之处，其余释放还乡。
据《熹宗实录》记载方孝孺的小儿子因监斩官非常不忍年幼的小孩被斩，就偷偷将其送走，并改性余。1608年，南京御史杨廷筠在认定方孝孺嫡系余德宗一支，上凑朝廷允许其后裔复姓方。
1622年方孝孺十世孙方忠奕进京上书明熹宗朱由校，请求为方孝孺平反昭雪。明熹宗听到方孝孺的事迹后后非常感动，于是下旨给方孝孺一脉平反昭雪，至此，隐居浙江等地的方孝孺后人终于得到皇帝的认可，可以参加科举考试，可以做官。
方孝孺墓由于遭到天平天国的战火等多次破坏，已经破败不堪，李鸿章感念其忠贞，在任两江总督时重新修了方孝孺陵墓，民国时期，经日本侵华战争，其墓屡屡遭到破坏，时隔600年的后的2002年，方孝孺嫡系后人捐款捐物重新修缮了其陵墓。
