明永乐十一年十一月份，蒙古瓦剌部首领马哈木，因为对明王朝特意准许阿鲁台入贡一事表达了强烈的不满情绪。便带领一支大军来到了克鲁伦河，表面上扬言要去袭击阿鲁台，实际上是跑去侵犯明王朝的边疆。
于是乎，朱棣便以辅政无方为理由，把怒气都撒向了这帮东宫大臣身上，像黄淮这样的大臣，都因此而被逮捕入狱，唯有杨士奇一人暂时豁免。
朱棣听后，心气渐渐顺畅了，然而当时朝中很多大臣对于杨士奇豁免这件事情耿耿于怀，纷纷上奏表示杨士奇应该和黄淮等东宫官员一起关进监狱里，单独宽宥杨士奇一人，这明显是不公平的。为此，朱棣也觉得不妥，便下令将杨士奇逮捕入狱，但不久后便又将其给释放出来，而黄淮他们则一直被关在监狱里长达十年之，朱高炽继位为仁宗皇帝之后，才将其给释放出来。
话说回杨士奇这边，他被朱棣从监狱里释放出来后，将其提拔为翰林学士，并兼任旧职。但到了永乐十八年的时候，杨士奇再度因为辅导太子朱高炽出现失职，而被逮捕入狱，但同上一次一样，很快就被释放出来！
