有很多原因吧，但最主要的原因是年轻的万历皇帝在政治上不够成熟。
公元1582年，执掌大权十年之久的帝国首辅张居正去世，年仅19岁的万历皇帝亲政（1573年出生）。还不到20岁万历皇帝，如果按照今天的情况大概是大二的学生，那个时候已经是执掌天下万方的“万岁爷”了，年轻的皇帝野心勃勃，决定要当一个远超汉武帝、唐太宗的皇帝，为此，他愿意不辞劳苦、努力履行一个皇帝的职责。
但他此时他还远远没有体会到政治的复杂，一个勤奋努力的皇帝不见得就能成为一个好皇帝。恐怕在万年皇帝心中，政治还是以好人和坏人来划界的、是黑白分明、非黑即白的。此前万历对张居正的印象大概是：好人，但有瑕疵；而张居正的政敌从各种方面攻击张居正，包括他的跋扈、他的私德、他的贪腐等等，最终成功扭转了张居正在年轻皇帝心中的印象，让万历皇帝把张居正当成了十恶不赦的坏人，连带着也废黜了张居正的各项政策。
万历皇帝像。万历皇帝很有当一个好皇帝的志向，并且愿意为之努力，可惜没有足够的毅力，遇到挫折的时候选择了退缩。
在中国历史上，改革者历来很难有好下场，而成熟的继承者往往只是把清算的矛头对准改革者本人，而非改革者的政策。比如秦惠文王清算商鞅的时候，并没有抛弃商鞅的政策，这才是一个成熟的政治家。清算前朝的改革者，既能打击改革者因为改革而获得的权力、部下和盟友，又能争取利益被损坏的既得利益集团，还能树立自己的权威、巩固自己的权力，同时也享受改革带来的好处。这是一笔很划算的买卖。至于改革者的对与错，其实无关紧要，因为在大部分政治斗争中，都是成王败寇，很难区分对与错。
不过显然万历皇帝没有意识到这一点。等到万历经过的事情多了，发觉当初揭发、反对、攻击张居正的大臣并不是他想象中的忠臣的时候，他就已经有所后悔了。等到为了立太子一事大臣群起发难的时候，他已经意识到所有的大臣都有自己的私心，没有谁是纯粹的、忠诚的时候，他就开始罢工、不理朝政了。而且这一不理朝政就是几十年，最终导致明帝国无可挽救地衰败下去。
