洪武三十一年（1398年），七十岁的朱元璋驾崩，皇太孙朱允炆继位，上台后的朱允炆看到自己的众位叔叔，也就是各地藩王兵强马壮，开始着手削藩。朱允炆削藩的手段酷烈，采取的也是诬告之类上不得台面的手法，终于逼反了藩王中实力最强的燕王朱棣，朱棣采纳谋士姚广孝的意见，以“靖难”的名义起兵谋反，很快控制了北平城，南下进攻都城南京。
朱棣
面对自己的四叔朱棣发起的叛乱，建文帝朱允炆一边命令各地驻军抵抗，一边出动大军平乱，但大军出征时，朱允炆下了这样一道圣旨：“今尔等将士，与燕王对垒，亦须善体此意，毋使朕负杀叔父名。”这道命令恐怕让现代读明史的人错愕，要镇压叛乱，却不能对叛乱的首领下杀手，这不是相当于捆上官兵的手脚，再让他们去打仗吗？朱允炆这个举动，未免太过心慈手软，难怪最后被朱棣取而代之。
朱允炆
朱允炆是否真的心慈手软？看他在祖父朱元璋面前的表现的确如此，太子朱标去世后，朱元璋之所以没有改立其他儿子为太子，而是将朱允炆立为继承人，一个重要原因就是朱允炆的仁厚之名，当朱标病重时，才十多岁的朱允炆便衣不解带地侍候父亲，长达两年，让他赢得了仁孝的名声。朱允炆还数次上书，要求更改一些比较苛刻的律法，朱元璋自知手段酷烈，引起民间力量反弹，便有心立一位宽厚仁恕的继承人，让大明获得休养生息的机会。但继位后的朱允炆很快露出心狠手辣的一面，为了削藩，不惜劝说藩王的儿子诬告自己的父亲，手段残酷，湘王朱柏被迫全家自焚后，还给他上了一个“戾”的恶谥。他怎么会对造反的朱棣法外开恩呢？
朱元璋
根据后人的分析，建文帝的真正意思应当是，朱棣不能由我来亲自诛杀，因此朱棣可以死在战场上，可以自杀，但不能俘虏后押回南京，由朕亲自下令处决。大将们对此也是心知肚明，因此朱棣并没有因为建文帝的命令，而像赵子龙一样在战场上七进七出，反而多次差点阵亡。先锋大将平安曾经冲进燕军阵中，以马槊攻击朱棣，险些刺中；都督瞿能追杀朱棣，也是险些用大刀砍中，瞿能儿子瞿郁一箭射中朱棣头盔；济南守将铁铉诈降，用千斤闸将朱棣困在瓮城中，再命弩手齐射，要不是卫士拼死保护，朱棣已经被射成刺猬。
战场上的朱棣
可惜建文帝手下虽有众多名将，也打了不少胜仗，却因为不能彻底歼灭朱棣，而把大军的指挥权交给了李景隆。李景隆是明朝开国大将李文忠的儿子，却是个不折不扣的纨绔子弟，只有他一个人把“毋使朕有杀叔父名”这条命令当真了，下令不得伤害燕王朱棣。从此朱棣开始有如神助，甚至率领十多名骑兵窥探李景隆大营，被发现后也无人敢攻击，大军目送朱棣离开，连一个放箭的都没有（诸将皆以帝有诏，毋使朕负杀叔父名，仓卒相顾愕眙，不敢发一矢）。
靖难之役
有了护身符的朱棣轻易击败了李景隆大军，杀到南京城下。面对建文帝使者的责问，这时的李景隆还搬出“毋使朕有杀叔父名”这道圣旨，来为自己的失败辩解，自然很快被撤职，但迷惑的是，建文帝又让他负责南京城的防卫。李景隆权衡一番，认为即使守住城池，也难免被建文帝追责，不如投降燕王，立下大功，还能保住自己的荣华富贵。于是李景隆打开南京城门，迎接燕王大军，建文帝见大势已去，放火焚烧宫殿，从此下落不明。
