按照真实历史来看的话，朱允炆是不太可能打败燕王大军的。即使是打败了燕军，也不太可能杀了燕王朱棣全家。
朱允炆所掌控的大明朝军队，总体实力要远远强于燕王朱棣。而且，朱元璋也考虑到了边镇造反的问题，所以，在屠杀了大量开国功臣的情况下，还是给朱允炆留下了一个善守的耿炳文。
只要朱允炆充分信任耿炳文，而且不给耿炳文加“紧箍咒”，南北两军对峙，慢慢消耗掉朱棣的锐气，最后迫使朱棣投降，甚至是临阵杀死朱棣，都是有可能的。只是，朱允炆在耿炳文大军出征前，竟然说：“毋使朕有杀叔父名！”这句话一出，没人再敢伤朱棣半根毫毛。
朱棣得到了保命的护身符，可以大胆的临阵刺探朱允炆所派南军的情报，还敢孤军深入，绕过盛庸、平安的布防，直取南京。朱允炆根本不可能有取胜的可能。
如果朱允炆真的取胜了，而且还抓住并毫不留情的杀了燕王朱棣全家，那这个朱允炆就不是历史上的朱允炆了，而是颇有些太祖朱元璋的作派了。历史上，朱棣夺得皇位之后，都没敢公开的杀朱允炆，以及朱标一脉的后人。朱允炆敢杀燕王全家，说明这个朱允炆比朱棣还霸道。
朱棣靖难之役后迁都北京，末帝崇祯吊死煤山，民间有了“天子守国门，君王死社稷”之说。而实际上，朱棣迁都，虽然有震慑北方游牧民族，便于防御和进攻之外，主要还是因为朱棣希望自己的皇位更加显得名正言顺。
如果朱允炆获胜了，那京城还是南京了，而陪都则是“北京”开封，中都还是朱元璋的老家凤阳。这种情况下对北方有什么影响呢？
有利的方面，北方边境巩固，农业、商业得到极大的发展。不利的方面，大运河可能不会得到太完善的维护。
一、朱允炆削藩成功，会提前建立督抚制度，有利于稳固边境。
因为有了朱棣的前车之鉴，削藩就比较容易了。朱元璋时期就已经设置了巡抚制度，没有了藩王对军事的掌控，督抚制度，可以提前建立了。这种情况，实际上有利于加强北方九个边镇之间的军事协作，毕竟总督或者巡抚可以根据情况，同时管辖多镇。
至于所说的藩镇割据，存在这种风险。但是加强监督，风险相比藩王掌兵，要小的多。毕竟异姓将领造反，要比同姓藩王造反难度大多了。历史上，明朝成祖之后，以及清朝，都是督抚制度，并没有藩镇造反。
二、朱允炆不会放弃边镇，有可能会避免明末对后金的尴尬形势。
明成祖朱棣为了答谢蒙古朵颜三卫在靖难中的功绩，主动放弃了大宁卫，交给了兀良哈部，致使辽东与宣府、大同之间互为支援的通路中断。同时，又放弃了东胜卫。到了明宣宗时期，又放弃了开平卫。
这些举措大大削弱了边防的防御纵深，造成了防线南移，让原本处于二线，可以作为支援机动力量的大同、宣化两镇，直接变为了最前线。
如果朱允炆继续主政，就不会出现这么多漏洞。建文帝应该会延续太祖朱元璋时期的边镇局势。
三、朱允炆会加强和延续朱元璋定下的边民守边境的措施。
朱元璋时期，只让生活在边境的本地士兵，或者是有罪谪戍的官员，去守边。只有战时，才会调内地或者南方的军队去支援。同时，明太祖实行屯田制，让边军尽量自给自足。这种情况下，非常类似于明末，袁崇焕在辽东实行的“辽人守辽土”策略。
因为土地和财产都是自己的，边兵就会非常尽职尽责。游牧民族想南下，越过长城抢掠，那就必须击败这些边兵。为了保护自己的财产，这些边兵，会不拼命么？无形中鼓舞了军队的士气。
四、朱允炆维护了边镇制度，还可以有效避免土地集中。
朱棣因为迁都北京，他为了加强对边境的统治力，开始实行边军轮戍制度。本地士兵不在本地驻防了，屯田的土地就要让出来。这就给了边镇藩王和军官侵占土地的机会。他们会奴役守边的士兵帮他们耕作，导致士兵士气下降，逃跑事件屡有发生。当游牧部落的军队南侵时，这些士兵的作战动力严重不足。
朱允炆在位，就不会发生这些事情。
五、朱允炆维护了边镇制度，也会维持盐引制度，保证边粮充足，减少运粮损耗。
原本，朱元璋为了解决北方边镇的粮食问题，还制定了特殊的“盐引”制度。盐商想要买卖食盐，必须有官方的“盐引”，就是许可证。太祖朱元璋规定，只能拿边粮来换盐引。这就让很多商人，招募大量的农民到边疆开荒种田。
这就导致一种情况，军队士兵屯田，粮食不足的部分，则由商人换取盐引时，所缴纳的粮食部分来补足。这套制度运行的也非常完美，边军的粮仓充足，粮饷问题解决了，战斗力自然提升。
到了朱棣时期，破坏了边镇制度，特别是宣德、正统时期，进一步打破了边镇制度。屯田集中到了藩王、军官手中，藩王和军官富裕了，那军队的粮饷呢？只能从内地，甚至是南方调拨。这个消耗是非常巨大的，原本边军可以自给自足，或者只需要补充一小部分就足够了，现在可能要调拨数倍，甚至数十倍的粮饷。同时，也滋生了军队、官吏之中的腐败。
如果朱允炆继续主政，就不会出现这些弊端。
六、因为京城在南京，游牧民族直接抢掠京津的可能性降低，有利于促进边境贸易。
不管是土木堡之变后，瓦剌也先的进攻，还是明末清军皇太极的进攻，都是想给明朝直接来一个休克死亡，这才直击都城北京。如果都城在南京，他们根本就不会这么深入长城内线这么远，也就不会给内地的百姓带来太大的损失。
游牧民族可能会抢掠长城沿线的屯垦村镇，而这又跟边兵的生活息息相关。边兵会奋力抵抗，进行保护。明朝廷只需要适当的给与抚恤支援即可，而不至于要多次打北京保卫战。
为了解决这种状况，双方应该都会比较乐于以相对和平的方式解决问题，那就是发展边境贸易。
七、京城在南京，有利于拿南方的经济，支援北方。
北方游牧民族，一直是明朝的最大隐患。虽然定都北京，整饬了大运河，将南方的粮食大量运往北方，看似繁荣了北方的经济。而实际上，造成了每年数百万石粮食的无端损耗。
如果定都南京，因为蜀中、湖广、江浙、江淮地带，都是产粮区，而且长江等水运更加便利，路途更近，粮食问题容易解决。而北方的粮食，则可以更多留在本地。这种情况下，建文帝减少赋税，并不会对朝廷带来太大的冲击，反而更容易藏富于民。
定都南京，利于南方经济发展，也有利于减轻北方的赋税负担。灾荒之年，北方更容易得到赈济，明朝受到农民起义的冲击也会小点。
八、定都南京，明朝更不容易灭亡。
都城在南京，北方游牧民族要灭亡明朝，就要先拿下北方。但是有以长城为依托的古燕云十六州做屏障，这会是一场艰苦的战斗。明朝只要都城在，朝廷就在，就有依托长江天险，抗衡的资本。也有在北方跟游牧民族持续作战，进行回旋的余地。
不至于像旧有的明末崇祯那样子，腹背受敌，造成南方的领土还在，明朝却亡了的悲剧。
九、这一点是劣势，定都南京，北平的发展会受到一定的制约，作为战略纵深，也会对北方经济带来一定的冲击。
定都南京，那么北平的粮食需求就会急剧减少，也就降低了整饬大运河的需求。这会造成北平经济发展没有定都北平时繁荣。
同时，北方作为都城南京的战略纵深，有可能会被战术性放弃。北方遭遇兵灾的可能性增加，也会对经济造成一定的破坏。
不过，只要明朝廷比较清明，以南方的经济补北方，还是有解决办法的。而且，南京挨着长江，也许明朝会发展海洋经济，以及对外贸易。这时候，丰富了朝廷的收入，就可以有进一步降低农业赋税的空间。
在交通不发达的冷兵器时代，定都南京，获得战略的纵深，京城得到安全；同时，与民休养生息，发展起来强大的经济实力；至于军事，督抚制度下的明朝军事不会太弱；能打赢燕王，杀燕王全家的朱允炆也绝非等闲之辈，自然不会对北方游牧民族放任不管。所以，在假设的情况下，明朝可能会发展的更好。
但是，历史上的朱允炆的确过于理想化，过于宽仁，甚至迂腐，所以，他不可能打赢靖难之役。如果让这样的朱允炆执掌大明，后果的确不堪设想。至于都城么，在南京建都，还是要比在北京建都有优势，至少不会休克灭亡。
