夺门之变以后，徐有贞、石亨等嗾使其同党劾于谦、王文等谋迎立外藩襄王朱瞻墡的儿子作皇帝。在廷审时，王文辩白说：“召亲王须用金牌信符，遣人必有马牌，内府、兵部可验也。”于谦冷笑着说“亨等意耳，辩何益。”经过查对，金牌信符都在内府，但徐有贞却说：“虽无显迹，意有之。”主审的都御史萧维祯阿附徐有贞、石享，“乃以意欲’二字成狱”，判处谋逆罪，处死刑。朱祁镇还有点犹豫，说：“于谦实有功。”徐有贞对朱祁镇说：“不杀于谦，此举为无名。”爱国志士于谦和王文一起被杀，天下冤之，抄没于谦的家产时，“家无余资，独正室镉钥甚固，启视，则上(景帝)赐蟒衣剑器也”。都督范广勇而知义，得到于谦的信任，曾弹劾过石亨的不法行为，遭到石亨的嫉恨，也被杀。
徐有贞、石亨更罗织罪名打击异己，把陈循、江渊、俞士悦等充军铁岭卫。把商辂、萧镃等罢斥为民。他们把于谦推荐选用以及不附和徐有贞、石亨的文武官员列名镂板，“榜于谦党人示天下”。二月初一日，以皇太后诰谕，废景帝仍为娜王，迁之西内。十多天后，郕王死于西宫。于谦等被杀后，边防废弛，边警不断，一天，朱祁镇“忧形于色”，在一旁的恭顺侯吴瑾就说：“使于谦在，当不令寇至此。”
于谦在土木之败以后力撑危局，在北京保卫战中功最高在其任兵部尚书期间，“号令明审，虽勋臣宿将小不中律，即请旨切责，因此得罪了一批官僚。徐有贞原名徐理，以议南迁，遭到于谦的申斥。景泰时，徐有贞想求得祭酒的官职，但景帝朱祁钰说：“此议南迁徐理邪！为人倾危，将坏诸生心术。”当场表示不同意。当时用人多决于于谦，徐有贞以为是于谦在压抑他。徐有贞谄附陈循，送陈循玉带，讨好说：“公带将玉矣。”
不久陈循果升为少保，就屡次推荐他。陈循又建议他把原来的名字改掉，遂改名有贞，瞒过了景帝，方得到任用。后因治河作出了成绩，被提升为左副都御史他复辟有功，进入内阁，自然切齿痛恨于谦。石亨原是经于谦推荐而得到重用，“总兵十营”，被封为侯。石亨感到在京师保卫战中的功绩不及于谦，而自己独得侯爵，感到惭愧，想讨好于谦，上疏推荐于谦的长子于冕，遭到于谦的拒绝。
于谦说：“国家多事，臣子义不得顾私恩。且亨位大将，不闻举一幽隐拔一行伍微贱以裨军国，而独荐臣子，于公议得乎？臣于军功，力杜侥幸决不敢以子滥功。”“纵臣欲为子求官，自当乞恩于君父，何必假手于石享。”石享听到了这些话语，恼羞成怒，仇恨于谦朱祁镇能够回归明朝，主要是因于谦的力主抗战，挫败了瓦剌英宗军，使也先的要挟不能得逞；另外也由于于谦对景帝的劝说，才使景帝遣使去迎还朱祁镇。
但在“土木之败”以后，于谦“不主和议”，常说：“社稷为重，君为轻。”所以朱祁镇也就怨恨于谦。至于都督张軏和太监曹吉祥也都因受到过于谦的劾奏而仇恨于谦。于谦为人刚直，他也知道有人在嫉恨他，所以遇事有不如意时，往往扪胸浩叹：“此一腔热血，竟洒何地？”于谦就在这样批君臣的合谋下被杀害了。于谦被害的那天，“行路嗟叹"”，“天下无不怨之”。有一个指挥朵儿，原系曹吉祥部属，用酒哭祭于谦被杀的地方，“吉祥怒扶之，明日复酹奠如故。都督同知陈逵被于谦的忠义所感，冒着风险，“收遗骸殡之”。
后来，于谦的女婿朱骥把于谦的灵柩归葬到他的故乡杭州西湖边。青山埋忠骨，西湖于谦墓，千百年来，一直为人们所凭吊。正如他自己的诗：粉身碎骨浑不怕，要留清白在人间。明末抗清志士张苍水，在他的绝命词里高歌：“国破家亡欲何之，西子湖头有我师；日月双悬于氏墓，乾坤半壁岳家祠。”表达了人们对于谦的敬仰。
