1367年11月，朱元璋派了一支军队侵入华北平原。到了1368年年中，这支军队攻占了北京，把元朝廷赶到了内蒙古。与此同时，在陆上入侵的配合下，一支水军讨伐队降服了广东、福建和浙江沿海。正当这些战役进行的时候，朱元璋宣布在1363年新年之初建立他的新王朝在计划北伐的过程中看得出朱元璋和他的将军们之间有些意见不一致的地方。常遇春一向有些爱冲动和过分自信，他主张直取北京；明军可以“破竹之势”摧毁任何反抗。
朱元璋没有批准，而是强制执行一个分四阶段的作战计划，即只有在每一片新占领区被充分巩固以后才能使明军开向下一个目标战区。首先应攻克山东，次及河南(包括通向陕西的潼关要隘)，然后再拿北京地区，最后则拿下山西和陕西。从军事方面讲，打击主要敌军本来更有意义，但对于朱元璋和他的同时代人来说获得领土被放在第一位，而朱元璋在征服吴时已经遵循这样的战略。可是就这一次来说，结局是明军摧毁了扩廓帖木儿的对手们，并且把元朝皇帝赶入扩廓手中；扩廓幸而保住了自己又带他未受损伤的军队退入了蒙古：他在这里构成了14世纪70年代明帝国的严重的威胁。
可是，在发动他们的主要军事战斗之前，明军首先攻打方国珍；后者失信，不肯在杭州陷落以后投降。朱亮祖率领一支军队从陆上进军，于10月攻下了浙江的台州，又于下月攻下了温州。在这同时，汤和也带了一支强大的水军把方国珍本人赶出宁波，迫使他逃往海上，在此之前方国珍的下属都已奉汤和之命投降。方国珍本人也在12月份投降了1367年11月13日朱元璋正式发布明军同时南征与北伐的命令。
徐达和常遇春照常统领25万人的主力军去征服北方；同时胡美由陆路进入福建，汤和和廖永忠所带的水军则沿中国海岸南驶，从海上进攻福建和广东。此情此景真是“势如破竹”。胡美的军队拿下了绍武(12月28日)。水军开抵福州(1368年1月18日)并攻下该城，然后沿闽江上驶去接受陈友定的投降(2月17日)，这样就完全拿下了福建。廖永忠和朱亮祖然后把大部分水军再向南开进。他们在4月18日到达广州，然后，为元朝据守广州十余年的何真也迅速投降。
明军沿西江而上，在5月26日攻占了梧州。在这以后，广西的命运是不言而喻的了，虽然明军还必须再打两个月的仗一包括杨靖从湖广发动的陆上进攻在内——才能最后占领全省。在北方，徐达和常遇春在1367年12月28日拿下了济南，然后又花了两个月的时间一步步地减少山东的抵抗；这个过程以1368年3月1日东昌的攻克而完成。然后，当邓俞从南方侵入河南并拿下南阳时，徐达和常遇春也从东边进军。他们包围了开封，使开封在4月16日投降。
扩廓于25日在洛阳附近的野战中战败之后就撤退了，洛阳也因此易手。元军的抵抗往往很顽强，但无甚效果，因为他们的抵抗不能协调。冯胜于5月13日拿下潼关，这样就按计划结束了他们第二阶段的北伐。明军在春天的耕种季节里进行休整或者劳动。已经称帝的朱元璋此时北上开封，给他的将领们交代了下一阶段北伐的任务。可是，他并没有改变计划，而元军在战事停顿时期也并无意于反攻。在8月份的收获之后，明军跨过了黄河。徐达在9月20日进入北京，军纪严明，城市无恙，所以像通常那样受到了朱元璋的表彰。妥懽贴睦尔、爱猷识里达腊和一些朝臣仅能及时免于被俘，逃到了内蒙古。朱元璋把大都的名字改为北平，以象征这个以南方为基地的明政权的永久胜利。两个星期以后，明军进入山西。
在此期间，朱元璋在阴历正月初四(138年1月23日)已正式被拥戴为明王朝的开国皇帝。在异乎寻常地偏离沿用了1500多年的历法的情况下，1367年被称为“吴元年”。由于在中国人的世界体系中，采用某种历法是政治效忠的最明显的表示，朱元璋这一步骤的效果就是向他的同时代人表示此时需要岀现一位新皇帝。显然，朱元璋此刻已别无其他选择，他在他的文官们的劝进之下，搞了一系列仪式之后登极。他的大多数士兵还远离南京。
他定1368年为洪武元年，这个名称暗示开国之前的盛大的武功到了138年年中，明帝国已成了有权继承中华帝国悠久传统的值得信赖的政体。蒙古人还有待于赶岀陕西和甘肃，四川要到1381年才能被征服，另外，云南——前元帝国的非汉族组成部分——也要到1382年才被征服。明王朝的势力要到很久以后才扩张到满洲，而且，尽管明朝作了种种尝试，其势力从未扩大到蒙古。可是，中国本部的大部分都承认明朝的统治，这表现在整个明领土上的行枢密院使和也是军人编制的同佥们也都是拥戴它的。
虽然还要打一些仗，但武力统一的主要阶段已经完结，而且明朝处于奇特的状态已经征服了中国，但尚未建立起明确的实体。它从一个叛乱运动中产生；这个叛乱运动的基础是中国的秘密会社传统和外来的宗教形式。在反叛元帝国的时候，它在某种程度上采用了世袭的和穷兵黩武的蒙古人和色目人统治阶级的世界观。只是在后来它才想到要争取文人学士，才对儒家传统让步。这三个传统之间的紧张关系仍需要时间来加以解决。
