自然是杀戮或者打压。
早在刘裕掌权时期，就发生过宗室司马休之等人的叛逃，这一举动，自有其权力被削除的原因，但更重要的是为自身命运的担忧。待到宗室反抗力量被扫清之后，刘裕实现了真正意义上的大权在握。这便是打压。
在刘裕称帝前，他已累积起了自己的资本，如平桓玄、卢循、刘毅之乱，灭南燕、谯蜀、后秦，降服仇池国，击破北魏等等，使东晋的版图延伸至河北地区，实现了前人桓温等所未能取得的巨大成就。
凭借着巨大的声名，刘裕于419年初指使亲信缢杀了在位已久的晋安帝，立其弟司马德文，即恭帝。自此开始了朝代更迭的过渡期。420年，刘裕登上帝位，请下了凳子都还没坐热的司马德文。
在禅代之处，刘裕沿袭了前代礼遇前朝君王的惯例，只把司马德文降封为零陵王，派人紧密监守而已。但在一年后，刘裕便撕下了伪善面具，派亲信引开了此前一直在保护司马德文的褚皇后，亲兵随之而入，闷死了司马德文。
刘裕的举动，破坏了两百年来新王朝君主努力维持的和谐形象，造成了他本人都不一定想到的恐怖后果。史学家胡三省在注《资治通鉴》时，在这段内容后作出如下评价：自是之后，禅让之君，罕得全矣。
而首先受到报应的，便是刘裕的子孙宋顺帝，以至于大将王敬则在说了“官（宋顺帝）先取司马家亦如此”后，顺帝已知自己离死不远，发出了“愿后身世世勿复生天王家”的悲鸣。
当然，话说回来，作为前任君主的司马德文，与晋安帝都遭遇了同样的悲剧。但作为他们之下的司马氏宗室，似乎并没有被赶尽杀绝。比如司马德文的皇后褚氏，在司马德文死后，仍是零陵王妃。司马德文之女司马茂英，也成为了刘裕的媳妇（宋少帝之皇后）。
总而言之，在朝代更迭之际，受到毁灭的是司马氏的核心人物（这样说或许有问题），而作为宗室疏支或者说是没有威胁的女眷（男性似乎也并非不能保全），仅是失去了权利，大部分还是得以保全性命的。
