建文四年（1402年）六月己巳，朱棣在南京奉天殿即皇帝位，革除建文年号，改当年为洪武三十五年，宣布建文帝是非法政权。
建文帝下落不明和官员们的不合作让朱棣心神不定，登基之后，朱棣要做的第一件大事就是巩固皇权正义性。
朱棣起兵的名义是“清君侧”，君没了，“君侧”还在，这是不能被允许的。为了强调正义性，必须指出这些人是万恶之源，是害死建文帝真正的凶手，放过谁也不能放过他们。
为了正义，朱棣必须对他们展开清算。
除了齐泰、黄子澄、铁铉以及众多建文遗臣，朱棣的清算名单上还有一位重要人物——方孝孺。
在这次大清算中，方孝孺的惨剧更令人触目惊心。
如果说黄子澄、齐泰被杀是自取其祸，方孝孺本不应该死。
方孝孺，是因空印案被杀的济南知府的方克勤之子，从小就是个神童。方孝孺的特长是读书，当初宋濂被太祖称赞为第一文臣，宋濂之后如果还有第一文臣，那就是方孝孺。
宋濂对这位学生推许有加，并曾预言：再过二十年，你们就会相信我，这小子将来一定会成为一代文宗。
方孝孺是朱元璋留给子孙的遗产，早在洪武十五年，方孝孺就被举荐到京城，当时他已名满天下，但老朱并没有重用他，只是丢给他一个汉中教授的职位打发他离开了。
这并不是朱元璋不识货，反而是他对人才的保护。在洪武朝，老朱以猛治国，他的政治策略是先霸后王——“上方心在赏罚，未遑教化”，这个时候重用方孝孺是不合适的，很可能害了他。
老朱并非不认可仁政，只是他认为皇权有力，君威彰显后方可以德治国，述行仁义。他把仁政寄托到了朱标身上，一天他对朱标说：我给你留了个人才，现在我把他安排在蜀中磨炼他的棱角，到你当了皇帝再重用他，一定能给你很多帮助。
朱标早死，朱允炆启用方孝孺为翰林学士，负责为他排疑解难。方孝孺才47岁，已是海内一代大儒。朱棣的首席谋士，黑衣僧人姚广孝很敬佩他的才华，特地让人给朱棣带话：攻下北京后，方孝孺一定不肯投降，您千万不能杀他。
道衍还着重加了一句：杀孝孺，天下读书种子绝矣。
方孝孺也是坚定的削藩派，但在这次靖难战争里，他并不算建文帝决策天团的核心成员，主要工作是批答文书，起草文件，朝廷讨伐燕王的诏令、檄文都出自方孝孺的手笔。
也是由于这点，当朱棣需要一个人帮他起草登基诏书时，方孝孺成了最好的人选。
宣召方孝孺时，朱棣一身明黄色龙袍，端坐龙椅，好似睥睨天下，俯视万生。
方孝孺人未到声先至，全身缟素，披麻戴孝，大哭进殿。
朱棣好不尴尬又不便立即发作，两人进行了如下一番对话。
朱棣说：“先生不要错怪我，我只是想效法周公辅成王啊。”
方孝孺问：“成王安在？”
“已经自焚了。”
“为啥不立建文帝之子？”
“国家乱了，需要年长的皇帝。”
“为啥不立建文帝之弟？”
朱棣绷不住了：“这是我们的家事！”
他命左右递上纸笔：“这封诏书，非得先生来写不可。”
方孝孺接过笔来投之于地，边哭边骂：“死即死耳，诏不可草。”
方孝孺果然厉害，几句话把朱棣问得哑口无言，朱允炆就算死了，他还有儿子，还有弟弟啊。按照你老爸定下的规则，也该立其子或其弟，而不是你朱老四坐上龙椅吧。周公辅成王之类的鬼话就不要说了，天下人都知道你是狼子野心。
朱棣大怒，命将方孝孺磔于市，姚广孝的叮嘱早就被抛到了九霄云外。
关于方孝孺的死，还流传着诛十族的说法。
朱棣恼羞成怒问道：“你就不怕我灭了你九族？”
方孝孺大义凛然：“便十族奈何！”
历史上从没诛十族的说法，为了凑满十族，朱棣将他弟子朋友也算为一族，一并诛之，从此流传下诛十族这个触目惊心的典故。
诛十族可能是后来人们的传说，但根据记载，方孝孺族人受牵连被杀者达到847人，十族还是九族区别已经不太大了。
往小了说，方孝孺全族被戮只是受战争波及的一个数字，与一场战争动辄数十万人伤亡相比微乎其微。
往大了说，方孝孺被杀的意义远不止如此。
知识改变命运，不管改朝换代，沧海桑田，读书求知永远是人间真理。方孝孺这样的人才百年也难出一个，被称为“读书种子”的他“工文章，醇深雄迈。每一篇出，海内争相传诵”。
出家人道衍从不打诳语。“杀孝孺，天下读书种子绝矣”，所谓“天下读书种子”并不光是字面意思，怪杰道衍识人鉴才自有独到之处。方孝孺不只是个读书人，他更是个政治思想家，文章第一只是其次，道衍所看重的是方孝孺当世楷模的道德精神。
方孝孺正是一代雄主朱元璋在重法建君威时，特意为后世子孙所保留的道统传人，寄望于他发扬士人志行，儒家道统。
开国君臣的特别器重虽然视角不同，却有着相似的关注思路，无论是君王的仁政构想．还是儒者的明道寄托，方孝孺已被定位为有明一代，承续道统，昌明圣学的历史传人。
方孝孺之志向，首选在于将终生积学推广于世。其次在于整理圣人之成法，著之在书，以为来世之准绳。
可见读书种子的精神不仅在于读书，更重要的在于学以用世，得君行道。《明史》称方孝孺“恒以明王道、致太平为已任”。
以这个标准，“读书种子”出仕是为了“行道”而非为利禄。要求固守价值理想，以之作为参与政治社会活动的准则。
所以“读书种子”的含义就是儒家“修已以安百姓”，内圣而外王的理想人格。
老朱千算万算，没算到老四会和大孙子干架。方孝孺亦如他所料，坚持儒家道统，坚决不承认篡位者朱棣为合法。
道衍早已看到这点，故此叮嘱朱棣，切不可杀方孝孺。
堂堂大明皇帝，就容不下一个书呆子？朱棣大可表现得高风亮节一点，就算他不想让方孝孺说话，也不必用诛九族十族这样极端的方式。杀方孝孺成为他一生洗不去的污点，今天的人谈起那段历史，仍旧不寒而栗。
道衍一语成箴，我们都知道唐诗、宋词是古典诗文的最高峰，为啥恢复华夏文化的明朝没出现过这种复兴。有明一朝昌盛的是小说等通俗文学，正统诗文质量下滑明显，除了文学本身的发展趋势，与王朝本身对艺术的导向也有关系。
方孝孺这样的读书种子被杀，天下读书人噤若寒蝉，谁还敢学方孝孺。
那么读书种子之死给明代士人造成什么影响呢?
明末清初学界的公认意见是，明之亡，士人清谈与疏佞是重要原因之一。何以出现清谈孔孟、不谙世务这种现象？
在明末大儒刘宗周、顾亭林等人认为，正是因为明末士大夫缺少了关心世用的精神，其学术活动才沦丧为放荡的话语形式。
刘宗周弟子黄宗羲又说，这种现象为“讲学而不修德”，所以为了针砭时弊，他们师徒都极力推崇方孝孺。
失去了儒家的入世精神，明代士大夫的政治生活沦为空泛的讲学活动，正所谓“讲学之风，至明季而极盛，亦至明季两极弊”。
士大夫们或创寺修庙，施田立碑；或接纳高僧、谈禅说理；或披剃空山、著书立说等等，其盛况远超唐宋士大夫，直可与魏晋玄谈相媲美。
在整个社会失去价值担当者的情况下，不独士大夫自己已经无法挽救自已命运与理想，整个时代离悲剧性的结局也为时不远了。
讲明代之亡，归之于儒生士大夫们的袖手清谈，纵然过于绝对，却也难以否认它是一种事实。
而探讨这种清谈之风的动因，只能从绝对皇权对“读书种子”方孝孺的屠戮说起。
钱穆先生说，方孝孺“身系道统之重，天下士心所为向慕，然中道催折，更为罹不世之祸”。
胡适更是说“甚至留有方孝孺片纸只字也是有罪的，这是明成祖要毁灭方孝孺的政治思想。所以以后明朝200年，再没有政治思想家。”
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