1402年，朱允炆在皇帝的宝座上刚刚工作了4年。7月13日，朱元璋的四儿子朱棣率领军队，兵临南京城下。守卫南京城金川门的大将朱橞和李景隆，打开金川门把朱棣迎入城中。朱棣率领士兵们匆匆往皇宫赶去。他们突然看见皇宫方向浓烟滚滚，一瞬间辉煌壮丽的皇宫陷入一片火海。冲进皇宫的朱棣对朱允炆生不见人，死不见尸。
但是，以“清君侧”发动靖难之役的朱棣，有个皇帝梦，这个梦今天就要实现了！怎么才能让自己名正言顺当皇帝呢？只有朱允炆死了，才可以。于是朱棣立即命人在残垣断壁中寻找朱允炆的尸体。无论如何他要找到“朱允炆的尸体”，然后指着尸体向天下万民宣告，朱允炆的确死了，这样他就能顺理成章地登上皇位了。
“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中”——《明史》
不一会儿，两个士兵果然抬着一具烧焦的尸体放在朱棣面前。
朱棣让一个奴颜婢膝的太监上前指认尸体。那太监战战兢兢地朝那个黑乎乎的面目全非的尸体看了一眼。
“看清楚！这是皇上吗？”朱棣问。
“奴才看清楚了，正是皇上！”察言观色的太监很快领会了朱棣的用意。
朱棣扑倒在尸体旁，嚎啕大哭，边哭边说：“你个傻小子，怎么这么傻啊！”身边的人无不为之动容。
在燕兵攻陷京师后，朱允炆）“遂阖宫自已焚燃。上望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！”——《明太宗实录第九卷》
六月二十日，朱棣率领朝中大臣，用天子的礼仪，将朱允炆安葬下陵。
其实朱棣的野心和雄心在朱允炆当皇太孙时就已经很明显了。举一个小小的例子：
有一天，太祖朱元璋出了一副对联让朱允炆和朱棣来对。他出：“风吹马尾千条线“
朱允炆对曰：“雨打羊毛一片膻。”
朱棣则对曰：“日照龙鳞万点金。”
朱棣的对子气度不凡，令朱元璋十分满意。而朱允炆的对子则显得很平庸。
最终朱棣夺取了江山，上面的对联却成为二人命运的谶语。
但，建文帝毕竟是正统皇帝，他的苦难遭遇引发很多人的同情。他的性情十分仁厚，在位期间增强文官在国政中的作用，宽刑省狱，严惩宦官，同时改变其祖父朱元璋的一些弊政，给黎民百姓带来不少福利。人们宁愿相信他没有被烧死，而是乔装打扮成和尚隐身了。
关于朱允炆踪迹这个事很多人都认为是个谜，因为并不知道他在靖难之役后去了哪里，又或者是否真的死在了那场战役中。就连历史上对他的记载也是“下落不明”这四个字，那么失去皇位的他到底去了哪里呢？
朱允炆之所以能当上这个皇帝是因为他父亲朱标早死，而他身为前太子的儿子又深得朱元璋的喜爱，从而得以顶替父亲的位置。都是削藩不当惹的祸，刺激了当时的朱棣，于是便有了后来的靖难之役。
朱棣以“清君侧”的名义发动兵变，实则想要逼迫朱允炆退位，朱允炆自然也明白其中的道理，便在朱棣兵临城下之时火烧宫殿，随后消失的无影无踪。
对于朱允炆究竟去了哪里至今没有一个明确的说法，但传闻却有很多。
一，有说法是朱允炆在靖难之役时被朱棣杀了。
这种说法显然是假的，朱棣当时打的口号是清君侧，所以他的军队根本就没有进到宫殿里面，而是在宫殿外面驻守，想要逼朱允炆退位，朱允炆当然也会心有不甘所以用火烧了宫殿。
二、还有一种说法认为朱允炆其实在烧宫殿的时候就选择了自杀，并且有人在焚烧殆尽的皇宫里发现了穿着黄袍的尸体。这个结论很快遭到了其他人的反驳，认为可能是朱允炆的一个手下穿他的衣服故意掩人耳目。其实这个说法也并不是很可信，因为朱棣在登上皇位之后还曾多次派人去寻找朱允炆，那就证明他知道朱允炆并没有死于那场大火。
三、朱允炆去寺庙当了和尚。相比之下这个说法就可信多了。据说，朱棣在登上皇位后一直心有不安，害怕他的侄子有一天突然出现抢夺他的皇位，毕竟他当初是以清君侧的名义发兵的，皇位来的也不是很光明，如果朱允炆真的回来了，他也没有占着皇位的理由了。所以他就一直派人去寻找朱允炆的下落。据说郑和下西洋其实真正的目的就是为了寻找朱允炆，看看他是否逃到了国外。另外一个负责寻找朱允炆的人是胡濙，他打着寻找仙人的幌子实则是在国内寻找朱允炆。
直到多年后的一天，胡濙突然回来向朱棣复命，并被朱棣授予尚书一职从此以后就留在朝堂上不再外出。这大概也是因为他完成了朱棣给他的任务了吧。据说，胡濙当时和朱棣进行了长时间的谈话，大致内容就是朱允炆在一个寺庙里剃发为僧了，现在的他年纪也已经很大了，不想着再回去抢夺皇位什么的。而朱棣在听到这个消息后也放弃了对朱允炆的寻找，让他安心在寺庙度过晚年。
在1440年末，据清代吴乘权《纲鉴易知录》一书记载，有一个90岁的来自云南的老和尚，来到朝廷，他骗朱祁镇说，自己就是以前的皇帝朱允炆，但因年龄不符，他的谎言被很快揭穿，被砍了脑袋，天下皆知。可这件事仅仅过了几天，又有一个和尚说他是建文帝。他60岁和朱允炆活到当时的年龄完全吻合。朱祁镇忙叫来五朝老太监吴刚进行辨认。太监从他脚下长有一颗大黑痣辨认出他的确是建文帝。这样说来第一个和尚应该是专门为朱允炆去死的。
还有一说，朱允炆逃离京城后，历尽艰辛，终于逃脱了追杀。他在湄江的观音崖（也有称是陕西城固观音崖）一带隐姓埋名，青灯古佛相伴了却了一生，著名的藏君洞也因此而得名。
三，朱允炆跑到了国外。
这一点也不是没有可能，毕竟他一个皇帝逃走的时候肯定会带很多银两，而这些钱也足够他跑到国外去开始新的生活。但是总的来说还是第二种可能更可信些。
