明末，明朝内忧外患，与明朝势力衰落相反的是西南土司，特别是川贵土司拥有大量军事作战能力强的土兵，势力膨胀。饱受压迫的土司、土民与明朝的关系恶化，在压迫与抗争的过程中矛盾不断升级，直到奢安之乱的爆发冲击得明朝在西南的控制几近崩馈。
朱燮元正是在这种时局背景之下，临危授命、力挽狂澜，组织领导官军的平叛行动，及战争善后处理。朱燮元治理西南时就巧妙运用了分化牵制策略解决了奢安叛乱问题。
一、借力打力，分化敌盟
西南地区实行土司制度，土司头目世守其土，其实就是在臣服明朝的前提下的各自为王。彼此之间多有姻亲血缘关系，以血缘为纽带以利益为导向决定彼此和平友好还是相互仇杀，因此出现了当目标一致时，结果是一土司起乱，诸土司皆蜂起。
在奢崇明于天启元年占据重庆后，“播州遗孽及诸亡命奸人起应之”，“近日诸苗乘衅生事，在保县屡以生番围城告，在建昌则以蔺目蠢动告，遵义两次被占，建武为贼门户“一呼得二十万众分道进成都”，“蔺贼之敢于狂逞，其蓄谋原非一日，而诸苗与之同类，其余各苗悉以水西为领袖，连鸡之势既定，封豕之毒弥张，故蜀与齡有一处战胜，则相结益深。
有一处不利，则狂逞弥甚。或乘雨雾之朝，或伏深林之内，伺我之突然而出”在奢安之乱占主导地位的少数民族是彝族，他们大多来自同一支种族流传的血脉，“经典彝文古籍《西南彝志》、《彝族源流》记述，战国时期蜀地逃避洪水的由于战国时期蜀洪水泛滥，彝族先民迁徙到乌蒙山腹地的今云南东川一带。
在这里，武、乍、糯、旦、布、默六祖分支后来在奢安事件中发挥了最重要作用的恒、默两支系分别向川南、贵州发展”明太祖亦言明川默交界土司的种族血缘关系“东川、芒部诸夷，种类皆出于罗罗。
厥后子姓蕃衍，各立疆场，乃异其名曰东川、乌撒、乌蒙、芒部、禄肇、水西”，就因为这种血缘关系，他们之间往往是“无事则互起争端，有事则相为救援”除开种族血缘关系，他们多世代联姻，“乌撒与永宁、乌蒙、沾益、水西诸土官，境土相连，世戚亲厚”因此在奢安之乱中乌撒、镇雄、沾益等地土司跟随奢崇明与安邦彦反。
贼首永宁奢氏与水西安氏亦世为姻亲，嘉靖、隆庆年间，永宁宣抚使奢效忠的妻子是贵州宣慰使安万全的女儿，万历年间贵州宣抚使安壳臣的妻子奢社辉又是奢效忠的女儿、奢崇明的妹妹。在奢崇明反叛之后贵州的局势随即紧张，当天启二年二月“或传崇明陷成都，邦彦遂挟安位反，自称罗甸王”，“安、奢世为婚姻，同谋己久，奢寅寇蜀，邦彦即寇齡”，永宁、水西互为犄角相互援助。
镇雄土司亦与永宁土司有姻亲关系，奢崇明将弟妇配与安官保，安官保是乌撒土司安云龙的妻子陳氏的儿子，而陳氏是镇雄州女土官者氏的女儿。乌撒与水西关系紧密，“四川土酋安效良者，水西肺腑之亲也，其顺与逆，惟水西为视”，乌撒安效良的妻子安氏是水西安位的姐姐。
与沾益之间种族同源“虽滇、蜀异辖，而宗派一源，故彼绝此继，通为一家”。从贼的乌撒土司安效良是沾益土司安绍庆的次子，安绍庆死后安效良兼乌撒府事，乌撒地处云南、四川咽喉，沾益是曲靖的门户，两地战略位置重要，“壤地相接，无他郡县上司以隔绝钤制之。”安效良对牵制云贵川平叛军队起到重要重要：乌撒、东川、寻甸之间也有联系，“东川者，乌撒之一气也，寻甸马火头与东川酋目世为婚姻，又东川之一气也”“东川仰乌撒之鼻息，而乌撒又占水、蔺之风候”气奢安之乱中诸土司因为种族血缘关系，以姻亲为纽带，以共同利益为导向联合反叛，正如当时的云南巡抚沈儆价所言：“水、蔺相通，谋结连同叛，计谓奢贼攻蜀、安贼攻龄，而东川、乌撒及沾益叛酋，纠合寻、武悼夷攻滇，一时蜂起”但是这种关系并不稳定，诸苗土司之间亦是矛盾重重，主要有以下几种矛盾：
１、争夺辖地，宣德七年（１４３２），乌蒙、乌撒的土官禄昭、尼禄等人因争夺地盘相互仇杀，万历年间奢崇明的儿子奢寅与水西已故土司的妻子奢社辉争夺领地，甚至四川、贵州土的抚按官都无法节制他们，由中央裁决；２、争夺土官世袭权，万历年间沾益土司安绍庆次子安效良在乌撒土司安云龙死后，继承乌撒图支付的职位，但安云龙的妻子陳氏（镇雄女土官者氏之女）的儿子安保官与安效良争位最终失败。水西与镇雄之间也有嫌隙，水西安亮臣（安位之父）入赘镇雄土司禄墨家，想要侵占其官职财产最终失败。
乌撒安效良的妻子安氏（水西安位之姐）与妾设白不和，设白之子安其爵碍于水西安位不敢违逆安氏，后崇祯元年，明朝将乌撒土司之位传于安其爵，两方交恶；３、世仇，“奢酋者苗属也，世居蔺州为蜀外徼，与龄徼安氏为界皆爵宣慰而世相警杀”水西土司安国亨杀死安信，安信之兄安智勾结永宁土司奢效忠报仇，水西、永宁交恶，奢效忠死后，其妻世统、奢效忠兄长奢崇明与妾世续、庶子奢崇周争夺宣抚之位，水西安疆臣、安务臣支持妾世续、庶子奢崇周，彼此关系进一步恶化。
因利益驱使而结盟也会因利益而解体，所以当奢崇明、安邦彦失利，平叛军队占据上峰的时候，苗夷“降者相继”，而西南官兵失利时，诸苗又伺机叛乱。在水西未乱之前，朱燮元就认识到灭首恶奢氏之后，临近诸苗皆臣服，“蜀安而邻省皆保，蜀存而常赋自充，安危得失所系匪细。蔺贼既平则诸边又易抚，哉西南半壁可复睹太平景象矣”，采用怀柔政策翦除叛贼党羽，叛乱就可以很快结束。
奢崇明土兵不过数千，其余皆驱率胁从，张其声势，诚使得智勇之将统节制之兵不过一二万人，益以土司之效顺者奋勇长驱，稍用高仁厚策传输解散逆首必可殲也。朱燮元提出了以利益为诱导，利用诸苗内部矛盾，翦除叛贼羽翼，孤立水西、永宁，“但其部下能擒逆贼崇明父子者，郎准世袭宣抚，仍加厚爵，两得者两分其地。
则内外四里百姓皆感圣恩之浩荡，而且恨贼之贻累，必爭先效力以保身家而取富贵，何患苗氛之不靖也”气朱燮元不仅以利益诱导，还注意土司之间的相互牵制。如朱燮元利用黎州土司的袭替之争，扶植忠诚于明朝的马应干，牵制与水西交好的瞿氏，利用乌撒土司之争牵制安臣，减少水西安氏的助力。
万历十九年安抚马祥无后，其妻瞿氏与其侄马应龙争位，明朝乘机改土削爵，黎州土司内部部分人对明朝有所嫌隙，后马应龙与水西联姻，死后安氏与其弟马应干因从贼、灭贼意见相左。安氏不仅与水西有血缘关系，其次女又嫁给奢崇明为妾，当时安氏己有反叛之心，朱燮元接受地方官和诸土官的主张扶植马应干，驱逐安氏，“安氏谋为不轨，罪在不赦，若不逐安氏则马氏之雠不深，商酋不无望援，久之又恐再生他虞”并借此“一借颇知忠顺应加风励，二可借苗心归附听其钤束，三可寝土妇之谋消诸苗观望之志”。
崇顿二年，朱燮元收复沾益、乌撒，欲利用乌撒安氏、沾益土官安边与安其爵、安其禄争夺土司之位的嫌隙。当时安其爵掌控乌撒，安其禄担任沾益知州，朱燮元建议分乌撒让安边任知州，既安抚安边避免激化矛盾再起兵戈，又使之与安其爵、安其禄两兄弟相互牵制，使得沾益和乌撒能够分幵。
最终这个建议被云南巡抚谢存仁否决，安边恼羞成怒借兵安位，占领沾益，在安氏、安边死后，安其爵、安其禄两兄弟联手占领乌撒、沾益，自此日渐衰落的明朝再也无力控制此地了。朱燮元从诸苗内部矛盾入手，主张利用利益诱惑分化叛贼党羽，这是朱變元惯用的攻心伎俩，减少了明朝在西南的伤亡与压力，这也是在明朝势力渐衰的情况下不得不釆用的柔和攻势和怀柔技巧。
二、分官世守与众建诸蛮
明朝在西南地区承袭元制，采取土司制度，这是一种带有一定程度的自治管理体制，效仿中原分文武官员体系，武职土司：宣慰司、宣抚司、招讨司、安抚司、长官司；文职土司：土知州、土知府、土知县、等，“以劳绩之多寡，分尊卑之等差，而府州县之名亦往往有之。
袭替必奉朝命，虽在万里外，皆赴阙受职”其用意在于用世袭爵禄驱使西南诸苗“彼大姓相擅，世积威约，而必假我爵禄，宠之名号，乃易为统摄，故奔走惟命”，土司制度只是明朝针对西南土目“世积威约”而实行的权宜之计，“然调遣日繁，急而生变，恃功怙过，侵扰益深，故历朝征发，利害各半”其原则在于因俗制宜、以夷治夷，其策略要点“在于抚绥得人，恩威兼济，则得其死力而不足为患”气明朝在西南坚持土司制度作用十分明显。虽然明朝在西南地方进行小规模的改土归流，但是一直未动摇土司制度的根本。
直到清康熙年间鄂尔泰大力推行改土归流，到雍正九年大规模改土归流基本结束，土司制度才逐渐淡出了历史舞台。土司制度从元代持续到清初，它的长期存在证明了其合理性。朱燮元在针对水西的战争善后处理措施中，亦认可保留土司的温和策略，“改土必尽去夷不可胜诛，而费饱必大。若分官尚可留善，不但止武而施仁，亦是以诸夷畏威怀德”明王朝在西南地区改土归流的方式以征剿为主，需要强大的军事实力为后盾，而这也是当时的明廷最为缺乏的。
因此，朱燮元认为保留水西的土司对明朝来说是维护西南地区稳定的最好选择。因此，朱變元认可保留土司制度，在水西故地分官世守。但是，土司制度也存在明显的弊端，土司保留了相当大的政治、经济、军事特权，在自己的领地内往往“肆无忌惮地压迫人民，壮大自己的实力，或者相互兼并，乃至发动叛乱，与朝廷对抗”气因此，在保留土司制度的前提下，如何遏制土司实力的发展是明朝急需解决的最大难题。
沿用明朝对西南诸苗的传统政策，坚持因俗制宜的土司政策，是根据实际情况做出的战略性妥协，但是鉴于土司“叛服不常”，朱變元在坚持保留土司的原则上，分割大土司的辖地，分裂土司的势力。这个方针在水西的善后措施体现得最为明显。起初，针对水西的善后措施，中央与地方官员及各土司各有打算，安位投降后，朝中对于水西是改土归流，还是保留土司，意见不一。西南地方官员由于个人恩怨亦对永宁、水西的领土管制策略等原因对朱燮元多有不解。而朱燮元对改土归流持反对观点。
朱燮元决定效仿云南定番土司的管理方法采用分化政策，认为“地大者践扈之资，势弱者保世之策。今臣分水西地，授之酋长及有功汉人，咸俾世守。虐政苟敛，一切除，参用汉法，可为长久计”。针对水西问题提出“裂疆域，众建诸蛮”的方法：
１、减少水西土司控制的辖地，将水西宣慰所辖之土即水西自河以外六目九司之地收归朝廷，各土司的私有土地仍归原有，划定疆界、登记户口、征收赋税；２、在大方、西溪、谷里、北那要害之地，筑城戌兵，其目的＂既有拖项附背之势，当为深根固本之谋”；３、赐予有功将领土地，使其世代驻守震慑水西诸苗。４、废除苟捐杂税和残暴政治，参照汉法。并上疏分邦裂土众建土司的就种好处：
１、不设郡县置军卫，顺应当地习俗，土汉和平相处；２，开垦土地，繁衍子息，明确疆界，抑制土著头目兼并土地，同时一定程度上减少因领地所属而起的争端；３、实现贵州的自给自足，减免运输粮食之苦；４、给予有功将领土地，“有功各将久任世守，不惟鼓舞激励用为酬劝之资，且因以劳来安集永杜窥何之渐”、可以避免因为赏赐金钱而加剧国库空虚和赏赐爵位而导致爵称贬低；５、以土地诱导有功将领及各土著把头臣服；
６、各土著把头之间及其与有功将领之间相互牵制；７训练民兵，对残贼进行武力震慑；８、寓兵于农，自力更生；９、“军耕抵饱，民耕输粮，以屯课耕不拘其籍，以耕聚人不世其伍，使各乐其业”。朱燮元力排众议，实施“分邦裂土，众建土司”的策略，其要领在于“于疏节阔目之中寓锄强存弱之计，使其和或斗而我皆操其柄”，削弱实力强大的土司，留下弱小的土司，而明朝能够稳坐钩鱼台。
在不激化水西土司的情况下逐渐蚕食其实力，从此安氏土司走向衰落，贵州的控制权重新回到了明朝手中。但可惜的是朱變元的“分邦裂土，建土司”的策略缺少强大的军事实力作为后盾，在明朝内忧外患，无法对西南地区实行强有力的控制的情况下，土司实力强大后仍然会再度反抗朝廷。
（崇補）十年（１６３７），化沙、构佐、阿乌蒙复叛，围大方城。方国安诱斩化沙，然贼势方盛，国安乃渍围而遁，城堡尽陷。燮元坐暖一秩。四月，复进兵抚定之。燮元及巡按御史冯晋卿亲至大方，相其形势，乃罢十二州及诸城堡，仍令万全之孙世，袭职为延恩知府。虽然朱變元的措施实施的效果没有达到预期预想，但是对于西南的稳定仍然起到了重要作用，对后世清廷的改土归流提供了宝贵的经验。
三、总结
朱燮元在平定奢安之乱的战争中，以利益为诱导，利用土司内部矛盾，分化了叛乱土司的结盟，并根据西南地区的地理条件、民风民情、经济因素、政治环境等，提出在水西等地保留土司，仍“分官世守”，而非派遣流官接收该地的统治权。这种政策沿袭了明朝在西南地区一贯的“以夷制夷”的手段，是通过利用土司之间的矛盾，使其相互冲突，削弱力量，达到相互牵制的一种平衡术。
其思想核心是鮮相争，渔翁得利”。保留土司制度，是“因俗制宜”减少土司反抗的手段，是一种必要的、适当的妥协，但是朱燮元采取“分邦裂土，建土司”的策略，分化大土司的实力，变大为小，小土司之间相互牵制，听命于中央，这样西南地区的主导权就又回到明朝的手中。
