明朝建立之后，为了加强对民间思想钳制，巩固皇权，提高朝廷威信，曾经进行过一场拆毁淫祠行动，行动规模之大，持续时间之长，以及历代明朝皇帝的重视程度，在历史上都极为罕见，几乎贯穿了整个明朝。拆毁淫祠的首倡者，就是明朝开国皇帝，明太祖朱元璋。
封建时代非常重视祭祀之礼，但对祭祀的对象却大有讲究。《礼记》中明文记载，“非其所祭而祭之，名曰淫祀”，进行淫祀的场所，即所谓“淫祠”。简而言之，除了朝廷规定的天地、山川、河海、儒、释、道、列祖列宗、以及经过朝廷认可的古代英烈人物等，可在祭祀之列，其他民间自行滥建的神庙，供奉乱七八糟的所谓“神灵”，都属于淫祠。从今天眼光来看，拆毁淫祠的行动还有一定的破除迷信的先进性。
淫祠的危害主要有两点，一是民间愚夫愚妇盲目崇信淫祠，对之布施捐献，极容易被骗子奸人利用，“剥削小民脂膏”，成为他们敛财获利的工具。更让皇帝们心存忌惮的是，历史上的农民起义，很多都是利用百姓迷信思想，以聚众“烧香拜神”为开端，如东汉末年张角利用“太平道”，元朝末年刘福通宣传“明王降世”，最终都发展成惊天动地的大起义。朱元璋亲身经历了元末农民起义，对其中利害自然心如明镜。
《明史》记载，早在开国不久的洪武三年，朱元璋就对淫祠表现出明确的反对态度，“天下神祠不应祀典者，即淫祠也，”不在朝廷祀典之内的都应当予以取缔。洪武六年，朝廷颁布《禁淫祠制》，下令拆毁民间私自滥建的淫祠，掀开了这次行动的大幕。此后，很多明朝皇帝纷纷效仿，“不系礼典所载，宜撤其庙宇，毁其像设”，大规模拆毁各地淫祠。
嘉靖皇帝在位期间，崇信道教，对于打击取缔淫祠更是不遗余力。嘉靖皇帝一上台，立即起用了年逾七旬的老臣林俊。不为别的，就因为林俊在拆毁淫祠方面是一位急先锋。《明史》记载，早在弘治元年，林俊在云南按察使任上，就曾一次性“毁淫祠三百六十区，皆撤其材修学宫”，把拆下来的砖瓦木料全都用来修建学堂，一时天下知名。
《明史纪事本末》记载，嘉靖六年，嘉靖皇帝为了号召天下，身体力行，命令“遍察京师诸淫祠，悉拆毁之”，先扫除“灯下黑”，下旨把京师周围的淫祠全都拆毁。谁知行动一开始，就碰了个硬钉子。当时京师西山有一座神秘的“皇姑寺”，之所以说它神秘，是因为两个原因。
首先这座庙里供奉的“皇姑”，非佛非道，谁也说不清她是哪路毛神。既然叫皇姑，貌似与皇族有点关系，但遍察明朝宗人府的皇室成员生平记录，查不到任何皇族成员在此出家的记录。其次，皇姑寺“不知所始”，什么时间建成的，谁主持修建的，都没有任何头绪。
明朝官修史书中没有提及此寺庙的由来，野史中倒是有不少记载，《帝京景物略》记载，皇姑寺是“英宗睿皇帝复辟建也”，是那位曾经被瓦剌人活捉的明英宗朱祁镇所建立，而《宛署杂记》则记载，皇姑寺始建于弘治十二年六月，是由明孝宗下旨所建立，谁是谁非，莫衷一是，难有定论。
庙里供奉的“皇姑”身份可疑，不在朝廷祀典之内，神庙又来历不明，自然被嘉靖给列入黑名单。更为让嘉靖皇帝恼火的是这座庙的名字。《万历野获编》记载，嘉靖皇帝曾经对内阁大臣说：“皇姑者尤不好听，言我皇家之姑也。故朕深忌之。因与卿密知之”。
于是，嘉靖皇帝正式下旨，“近因桂萼奏已下行矣。今若皇姑寺仍留，是不去其根也”，命令地方官吏着手平毁皇姑寺。然而，圣旨发出去三四天了，皇姑寺却依旧安然无恙。原来不知谁把这件事给告诉了嘉靖的亲妈，章圣慈仁皇太后蒋太后。蒋太后立即传下七个字懿旨：“孝宗所建，不可毁”。
太后认定皇姑寺是当年明孝宗所建立，不能毁掉。其实是不是孝宗皇帝建立的她也说不清楚，真实原因是“此寺乃皇亲内宦供给信施”，太后也经常光顾此地，带着皇族女眷们去这里进香。嘉靖皇帝无奈，被迫收回成命。可见古代皇帝也不是人们想象中那样，天上地下唯我独尊，想干点正事还真不容易。
