靖难之役成功后，朱棣对建文一朝的“遗产”展开了一场大清洗，试图将建文帝在大明帝国历史上的痕迹全部抹去。建文帝一朝得势得宠的大臣如方孝孺、齐泰、黄子澄等接二连三被铲除，方孝孺居然被诛十族，此乃前所未有之酷刑；曾经在济南与朱棣鏖战的建文忠臣铁铉被削去五官后扔进油锅，其妻女均被没入教坊司为官（女支），猛将盛庸虽投降，但余生都被朱棣打压。甚至连建文的年号，都被朱棣废除，朱棣下令，凡是提及建文执政四年之年号，均以朱元璋洪武年号，建文元年即洪武三十二年。
朱棣的大清洗，并没有让自己安心。叛军在内奸李景隆的配合之下攻入南京城后，皇宫突然烧起一场大火，火扑灭后，两句烧焦的遗体呈现在朱棣面前，有人说这是建文帝和马皇后。但朱棣似乎并不相信建文帝就这样去世，他认为，建文帝必是通过某种秘密途径逃出皇宫，流落民间甚至外国，招兵买马，时刻准备颠覆他的政权。在登基之后的二十多年中，朱棣似乎一直在寻找建文帝的踪影，他想要彻底消除心头之患。
与建文帝一同消失的，还有七岁的太子朱文奎。朱棣终其一生，都没有能够找到丝毫关于朱允炆和朱文奎的线索。而当时年仅两岁的建文帝次子朱文圭，则落在了朱棣手上。如果说朱棣以清君侧之名起兵，还能从朱元璋的《皇明祖训》中找到一定合法性的话，那么他取代建文帝则完全是篡逆，既然他所定义的齐泰、黄子澄、方孝孺等所谓的奸臣已经伏法，皇位自然应当回到太子朱标一系手中。建文帝和朱文奎不知所踪，那么理应由两岁的朱文圭继承皇位。
野心勃勃的朱棣自然不会放弃权力，他不顾众多大臣反对，囚禁了朱文圭，将其称之为建庶人，而后自立为帝。此后的五十多年，朱文圭一直在高墙之中度过，向来以宽仁著称的朱高炽和朱瞻基，都没有对他的管控有所放松。直到明英宗发动夺门之变后，突然想到自己这位叔叔，联系到自己被软禁在南宫中八年的不易，于是下令将建庶人释放出来，给予他自由。但朱文圭在幽闭和恐惧中已活过了五十多个春秋，早已身心俱疲，在得到自由之后不久，便撒手人寰。
因为历史上并没有建庶人留下子嗣的记录，所以，如果当年朱文奎一并葬身火海，那么建文帝一系便在明朝彻底断绝。
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