张居正死后遭到全盘清算的原因很简单——他真把自己当万历皇帝的爹了。某种意义上，张居正家族的悲剧是他作法自毙，活该倒霉。这么说并不是对张居正和李太后的关系有所暗指，而是说张太岳对待万历皇帝和对待自己打的儿子一模一样——谆谆教导，悉心培养，听话奖励，不听话就教训。前几点都正常，问题就出现在“教训”上。张居正仗着自己对李太后和万历母子的“恩情”和李太后对他的信任，毫不客气地将朝政大权悉数归于自己，他的排场和威望甚至超越了皇帝。当然，张居正本人断然没有谋逆的心思，但他的的确确非常享受无边权力给自己带来的快感。在他心目中，他得到的这一切理所应当。另一方面，他又不希望万历皇帝永远当一个唯唯诺诺的皇帝，他极力将万历培养成一代圣明之君，于是乎在李太后的支持下，他充当了万历皇帝“父亲”的角色。身为内阁首辅的张居正不仅在百忙之中亲自为万历皇帝编定《直解四书》的教材并亲自讲解，更是对万历的道德品质和生活作风锱铢必较。万历皇帝年幼时对书法比较感兴趣，常常抽空临摹名家作品。按说培养点儿兴趣爱好很正常，更何况书法也是体现帝王“全能”的重要方面——比如后来清朝的皇帝们书法普遍很好。
张居正得知此事后，立即上书告诫万历，别整天搞这些有的没的，历史上的明君无一人喜欢书法，反倒是喜欢书法的梁武帝、宋徽宗等最终都亡国了。之后又讲了一大段大道理。小皇帝很无奈啊，心说我就培养点儿兴趣爱好，你居然搁着上纲上线。但由于张居正此时在万历的心中已经是“严父”的形象，即便身为“九五之尊”，他也不敢有半句怨言。于是乎，无助的皇帝只能向张居正认错，并在奏章上朱批：“先生说的是，朕知道了。”这事儿就这么不了了之了，但对于刚刚进入叛逆期的万历而言，肯定给他留下了深刻的负面印象。张居正在给万历编订的教材中，大讲特讲如何用人，如何驾驭群臣，如何治理国家的“帝王之术”，最重要的是，他始终跟万历皇帝强调，“上下尊卑的秩序很重要”“君主必须要有强硬的手腕，不可被群臣架空”。
结合张居正的所作所为，他明显是在作死。老张自己的行为已经逾越了君臣之礼，而他又告诉皇帝君臣之礼，上下秩序是不可触碰的底线。万历迷惑了，张先生这波是“我反对我自己”？紧接着他悟了，你张居正原来是个道貌岸然的伪君子！随着张居正对万历教育的深入，他自己在万历心中的形象也一点点下坠，万历对他的态度也由尊重逐渐转变为厌恶。最终，张居正死后，万历皇帝毫不留情地抄了他的家，流放了他的后代，差点灭了他的族。只能说，张居正败就败在了自己定力不足上。但凡他别太张扬，万历皇帝也不至于如此仇恨他。所以，很多教科书上说张居正被清算是因为“变法得罪了大地主、大官僚”，不可否认确实有这方面原因，比如张居正搞考成法，按照绩效对官员进行奖惩，这使得很多习惯于摸鱼混日子的朝廷命官大为不满；再比如他查封学校，禁止讲学，让江南那帮吃饱了没事干就喜欢吹两句牛的心学弟子大受打击。
但关键是，以张居正的地位，即便他人没了，这些人凭自己的力量也根本无法撼动张居正的地位。古代社会，能随意决定一个人生死荣辱的，只有皇帝。如果不是万历想报复张居正，就凭一帮书生和小官僚，根本掀不起大浪。因此，说张居正是作法自毙，一点也不为过。一个整天向皇帝传授“上下之礼不可僭越”这般君王之术的权臣，注定会遭到反噬。不过他泉下有知应该会感到高兴——他的爱徒万历皇帝，终于“出师了”。作法自毙
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